Exclusion.Rmd

---
title: "Exclusion Chartflow"
author: "Dmitrii Zhakota"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
# remotes::install_github("stopsack/khsmisc")
library(khsmisc)
library(dplyr)
```

# Load data
```{r}
df <- read.csv("data/interim/df1.csv")

```

# Exclusion Criteria
```{r}
# Подсчитывааем сколько исключено пациентов с неизвестной датой follow-up
df1_ex <- df %>% 
  dplyr::filter(is.na(Last_FU)) 

# Подсчитывааем сколько включено в следующий этап критерив исключения
df1_in <- df %>% 
  dplyr::filter(!is.na(Last_FU))

# Подсчитывааем сколько исключено пациентов с неизвестным значением UPSIZING
df2_ex <- df1_in %>% 
  dplyr::filter(is.na(Upsizing))

# Подсчитывааем сколько включено в следующий этап критерив исключения
df2_in <- df1_in %>%
  dplyr::filter(!is.na(Upsizing))


```

# Exclusion Table
```{r}
design <- tibble::tribble(
  ~left,               ~n_left, ~right,              ~n_right,
  "Study base",        nrow(df),    "Excuded outcome missing data",       nrow(df1_ex),
  "Study population",  nrow(df1_in),     "Excuded upsizing missing data", nrow(df2_ex),
  "Complete-case set", nrow(df2_in),     "",                  NA_integer_)

```

# Exclusion Flow Chart
```{r}
exclusion_flowchart(design, width = 2)
```