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Laura is the best

docs/src/es/alphafold.md

@@ -1,21 +1,21 @@
 > Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
 ## gget alphafold 🪢
-Predice la estructura en 3D de cualquier proteína basada sobre su secuencia de aminoácidos usando una versión simpleficada del algoritmo [AlphaFold2](https://github.com/deepmind/alphafold) de [DeepMind](https://www.deepmind.com/), originalmente producido y hecho público para [AlphaFold Colab](https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb).  
-Regresa: La estructura pedicada (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json).  
+Predice la estructura en 3D de cualquier proteína derivada de su secuencia de aminoácidos usando una versión simplificada del algoritmo [AlphaFold2](https://github.com/deepmind/alphafold) de [DeepMind](https://www.deepmind.com/), originalmente producido y publicado para [AlphaFold Colab](https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb).  
+Resultado: Predicción de la estructura (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json).  
 
 Antes de usar `gget alphafold` por primera vez, corre `gget setup alphafold` / `gget.setup("alphafold")` (ver también [`gget setup`](setup.md)).  
 
 **Parámetro posicional**  
 `sequence`  
-Secuencia de aminoácidos (str), o una lista de secuencias (*gget alphafold automaticamente usa el algoritmo de multímero si múltiple secuencias son ingresadas*), o una ruta a un archivo tipo FASTA.  
+Secuencia de aminoácidos (str), o una lista de secuencias (*gget alphafold automaticamente usa el algoritmo del multímero si múltiples secuencias son ingresadas*), o una ruta a un archivo formato FASTA.  
 
 **Parámetros optionales**  
 `-mr` `--multimer_recycles`  
-El algoritmo de multímero continuara a recyclar hasta que los prediciones paren de cambiar, hasta el limite indicado aquí. Por defecto: 3  
-Para obtener más exactitude ajusta a 20 (al costo de corridas más largas).  
+El algoritmo de multímero se reciclara hasta que las predicciones dejen de cambiar, el limite de ciclos esta indicado aqui. Por defecto: 3  
+Para obtener más exactitud, ajusta este limite a 20 (al costo de ejecuciones mas tardadas).  
 
 `-o` `--out`   
-Ruta a una carpeta para guardar los resultados de la predicción (str). Por defecto: "./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction".  
+Ruta a la carpeta para guardar los resultados de la predicción (str). Por defecto: "./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction".  
 
 **Banderas**   
 `-mfm` `--multimer_for_monomer`  
@@ -25,41 +25,41 @@ Usa el algoritmo de multímero para un monómero.
 Relaja el mejor modelo con el algoritmo AMBER.  
 
 `-q` `--quiet`   
-Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
-Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
+Uso limitado para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
+Para Python, usa `verbose=False`.  
 
 `plot`  
-Solo para Python. `plot=True` provee una visualización interactiva de la predicción con el errór de alineación en 3D con [py3Dmol](https://pypi.org/project/py3Dmol/) y [matplotlib](https://matplotlib.org/) (por defecto: True).  
+Solo para Python. `plot=True` provée una visualización interactiva de la predicción con el errór de alineación en 3D con [py3Dmol](https://pypi.org/project/py3Dmol/) y [matplotlib](https://matplotlib.org/) (por defecto: True).  
 
 `show_sidechains`  
-Solo para Python. `show_sidechains=True` incluye las cadenas laterales de proteínas en la visualización (por defecto: True).  
+Solo para Python. `show_sidechains=True` incluye las cadenas laterales de proteínas en el esquema (por defecto: True).  
 
 
-### Por ejemplo
+### Ejemplo
 ```bash
-# Predice la estructura de una proteína basada sobre su secuencia de aminoácidos
+# Predice la estructura de una proteína derivada de su secuencia de aminoácidos
 gget alphafold MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH
 
-# Encuentra secuencias similares depositadas en el PDB para análisis comparativo
+# Encuentra secuencias similares previamente depositadas en el PDB para análisis comparativo
 gget blast --database pdbaa MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH
 
-# Busca los archivos del PDB por las proteínas encuentradas con gget blast para tener algo con que comparar la predicción
+# Busca los archivos PDB de estructuras similares resultantes de gget blast para comparar y obtener una medida de calidad del modelo predecido.
 gget pdb 3UQ3 -o 3UQ3.pdb
 gget pdb 2K42 -o 2K42.pdb
 ```
 ```python
 # Python
-# Predice la estructura de una proteína basada sobre su secuencia de aminoácidos
+# Predice la estructura de una proteína derivada de su secuencia de aminoácidos
 gget.alphafold("MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH")
 
-# Encuentra secuencias similares depositadas en el PDB para análisis comparativo
+# Encuentra secuencias similares previamente depositadas en el PDB para análisis comparativo
 gget.blast("MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH", database="pdbaa")
 
-# Busca los archivos del PDB por las proteínas encuentradas con gget blast para tener algo con que comparar la predicción
+# Busca los archivos PDB de estructuras similares resultantes de gget blast para comparar y obtener una medida de calidad del modelo predecido.
 gget.pdb("3UQ3", save=True)
 gget.pdb("2K42", save=True)
 ```
-→ `gget alphafold` devuelve la estructura pedicada (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json) en una carpeta nueva ("./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction"). Este ejemplo demuestra como usar [`gget blast`](blast.md) y [`gget pdb`](pdb.md) para correr un análisis comparativo. Los archivos PDB se pueden ver en 3D con [RCSB 3D view](https://rcsb.org/3d-view), o usando programas como [PyMOL](https://pymol.org/) o [Blender](https://www.blender.org/). Para comparar múltiple archivos PDB, usen [RCSB alignment](https://rcsb.org/alignment). Python también devuelve [visualizaciónes interactivas](https://twitter.com/NeuroLuebbert/status/1555968042948915200), que también se pueden generar con los archivos PDB y JSON como describido en [gget alphafold FAQ](https://github.com/pachterlab/gget/discussions/39) Q4.
+→ `gget alphafold` produce la estructura predecida (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json) en una nueva carpeta ("./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction"). Este ejemplo demuestra como usar [`gget blast`](blast.md) y [`gget pdb`](pdb.md) para correr un análisis comparativo. Los archivos PDB se pueden ver en 3D con [RCSB 3D view](https://rcsb.org/3d-view), o usando programas como [PyMOL](https://pymol.org/) o [Blender](https://www.blender.org/). Para comparar múltiples archivos PDB, use [RCSB alignment](https://rcsb.org/alignment). Python también produce [esquemas interactivos](https://twitter.com/NeuroLuebbert/status/1555968042948915200), los cuales se pueden generar de los archivos PDB y JSON, como es describido en [gget alphafold FAQ](https://github.com/pachterlab/gget/discussions/39) Q4.
 
 <iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/4qxGF1tbZ3I?si=mEqQ5oSnDYtg2OP7" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen></iframe>
 

docs/src/es/archs4.md

@@ -1,50 +1,50 @@
-> Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
+> Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no es especificado de otra manera. Las banderas son designadas como cierto o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede obtener desde Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
 ## gget archs4 🐁
-Encuentra los genes más correlacionados a un gen de interés o encuentra los tejidos donde se expresa un gen usando la base de datos [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
-Regresa: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
+Encuentra los genes más correlacionados a un gen de interés, o bién, encuentra los tejidos donde un gen se expresa usando la base de datos [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
+Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
 
 **Parámetro posicional**  
 `gene`  
 Nombre corto (símbolo del gen) del gen de interés, p. ej. STAT4.  
-Alternativamente: usa la bandera `--ensembl` para ingresar un ID del tipo Ensembl, p. ej. ENSG00000138378.  
+Alternativamente: usa la bandera `--ensembl` para ingresar un ID tipo Ensembl, p. ej. ENSG00000138378.  
 
 **Parámetros optionales**  
  `-w` `--which`  
-'correlation' (correlación; esto se usa por defecto) o 'tissue' (tejido).  
-'correlation' regresa una tabla que contiene los 100 genes más correlacionados con el gen de interés. La correlación de Pearson se calcula sobre todas las muestras y tejidos en [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
-'tissue' regresa un atlas de expresión tisular calculado sobre todas las muestras humanas o de ratón (según lo definido usando el parámetro `--species` (especies)) en [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
+'correlation' (correlación; se usa por defecto) o 'tissue' (tejido).  
+'correlation' produce una tabla que contiene los 100 genes más correlacionados con el gen de interés. La correlación de Pearson se calcula de todas las muestras y tejidos en [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
+'tissue' produce un atlas de expresión tisular calculado de todas las muestras humanas o de ratón (según lo definido usando el parámetro `--species` (especies)) en [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
 
 `-s` `--species`  
-'human' (humano; esto se usa por defecto) o 'mouse' (ratón).   
-Define si usar muestras humanas o de ratón de [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
-(Solo aplicable para el atlas de expresión tisular.)  
+'human' (humano; se usa por defecto) o 'mouse' (ratón).   
+Define si se usan muestras humanas o de ratón de [ARCHS4](https://maayanlab.cloud/archs4/).  
+(Solo aplica para el atlas de expresión tisular.)  
 
 `-o` `--out`   
 Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).  
-Para Python, usa `save=True` para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.  
+Para Python, use `save=True` para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.  
 
 **Banderas**   
 `-e` `--ensembl`  
-Usa esta bandera si `gene` se ingresa como ID del tipo Ensembl.   
+Usa esta bandera si `gene` se ingresa como ID tipo Ensembl.   
 
 `-csv` `--csv`  
-Solo para la Terminal. Regresa los resultados en formato CSV.    
-Para Python, usa `json=True` para regresar los resultados en formato JSON.    
+Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.    
+Para Python, usa `json=True` para obtener los resultados en formato JSON.    
 
 `-q` `--quiet`   
-Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
-Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
+Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
+Para Python, usa `verbose=False` para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
 
 
-### Por ejemplo
+### Ejemplo
 ```bash
 gget archs4 ACE2
 ```
 ```python
 # Python
 gget.archs4("ACE2")
 ```
-→ Regresa los 100 genes más correlacionados con el gen ACE2:  
+→ Produce los 100 genes más correlacionados con el gen ACE2:  
 
 | gene_symbol     | pearson_correlation     |
 | -------------- |-------------------------| 
@@ -61,7 +61,7 @@ gget archs4 -w tissue ACE2
 # Python
 gget.archs4("ACE2", which="tissue")
 ```
-→ Regresa la expresión tisular de ACE2 (por defecto, se utilizan datos humanos):  
+→ Produce la expresión tisular de ACE2 (por defecto, se utilizan datos humanos):  
 
 | id     | min     | q1 |  median | q3 | max |
 | ------ |--------| ------ |--------| ------ |--------| 

docs/src/es/blast.md

@@ -1,7 +1,7 @@
-> Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
+> Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
 ## gget blast 💥
 BLAST una secuencia de nucleótidos o aminoácidos a cualquier base de datos [BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).  
-Regresa: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
+Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
 
 **Parámetro posicional**  
 `sequence`   
@@ -18,7 +18,7 @@ Por defecto: 'nt' para secuencias de nucleótidos; 'nr' para secuencias de amino
 [Más información sobre los bases de datos BLAST](https://ncbi.github.io/blast-cloud/blastdb/available-blastdbs.html)  
 
 `-l` `--limit`  
-Limita el número de resultados para regresar. Por defecto: 50.  
+Limita el número de resultados producidos. Por defecto: 50.  
 
 `-e` `--expect`  
 Define el umbral de ['expect value'](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect). Por defecto: 10.0.  
@@ -35,12 +35,12 @@ Activa el ['low complexity filter'](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD
 Desactiva el algoritmo MegaBLAST. Por defecto: MegaBLAST esta activado (solo aplicable para blastn).  
 
 `-csv` `--csv`  
-Solo para la Terminal. Regresa los resultados en formato CSV.    
-Para Python, usa `json=True` para regresar los resultados en formato JSON.  
+Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.    
+Para Python, usa `json=True` para producir los resultados en formato JSON.  
 
 `-q` `--quiet`   
-Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
-Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
+Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
+Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
 
 `wrap_text`  
 Solo para Python. `wrap_text=True` muestra los resultados con texto envuelto para facilitar la lectura (por defecto: False).   
@@ -53,7 +53,7 @@ gget blast MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQ
 # Python
 gget.blast("MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR")
 ```
-→ Regresa los resultados BLAST de la secuencia de interés. `gget blast` automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el programa BLAST en *blastp* con la base de datos *nr*.  
+→ Produce los resultados BLAST de la secuencia de interés. `gget blast` automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el programa BLAST en *blastp* con la base de datos *nr*.  
 
 | Description     | Scientific Name	     | Common Name     | Taxid        | Max Score | Total Score | Query Cover | ... |
 | -------------- |-------------------------| ------------------------| -------------- | ----------|-----|---|---|
@@ -69,6 +69,6 @@ gget blast fasta.fa
 # Python
 gget.blast("fasta.fa")
 ```
-→ Regresa los resultados BLAST de la primera secuencia contenida en el archivo 'fasta.fa'.  
+→ Produce los resultados BLAST de la primera secuencia contenida en el archivo 'fasta.fa'.  
 
 #### [Más ejemplos](https://github.com/pachterlab/gget_examples)

docs/src/es/blat.md

@@ -1,7 +1,7 @@
 > Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`.  
 ## gget blat 🎯
 Encuentra la ubicación genómica de una secuencia de nucleótidos o aminoácidos usando [BLAT](https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat).   
-Regresa: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
+Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).  
 
 **Parámetro posicional**  
 `sequence`   
@@ -13,8 +13,7 @@ Secuencia de nucleótidos o aminoácidos, o una ruta a un archivo tipo FASTA o .
 Por defecto: 'DNA' para secuencias de nucleótidos; 'protein' para secuencias de aminoácidos.  
 
 `-a` `--assembly`    
-Ensamblaje del genoma. 'human' (hg38) (esto se usa por defecto), 'mouse' (mm39) (ratón), 'zebrafinch' (taeGut2) (
-pinzón cebra),   
+Ensamblaje del genoma. 'human' (hg38) (se usa por defecto), 'mouse' (mm39) (ratón), 'zebrafish' (taeGut2) (pinzón cebra),   
 o cualquiera de los ensamblajes de especies disponibles [aquí](https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) (use el nombre corto del ensamblado, p. ej. 'hg38').  
 
 `-o` `--out`   
@@ -23,23 +22,23 @@ Para Python, usa `save=True` para guardar los resultados en el directorio de tra
 
 **Banderas**  
 `-csv` `--csv`  
-Solo para la Terminal. Regresa los resultados en formato CSV.    
-Para Python, usa `json=True` para regresar los resultados en formato JSON.  
+Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.    
+Para Python, usa `json=True` para producir los resultados en formato JSON.  
 
 `-q` `--quiet`   
-Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
-Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.  
+Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
+Para Python, usa `verbose=False` para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.  
 
 
-### Por ejemplo
+### Ejemplo
 ```bash
 gget blat -a taeGut2 MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR
 ```
 ```python
 # Python
 gget.blat("MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR", assembly="taeGut2")
 ```
-→ Regresa los resultados de BLAT para el ensamblaje taeGut2 (pinzón cebra). En este ejemplo, `gget blat` automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el tipo de secuencia (`--seqtype`) como *proteína*. 
+→ Produce los resultados de BLAT para el ensamblaje taeGut2 (pinzón cebra). En este ejemplo, `gget blat` automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el tipo de secuencia (`--seqtype`) como *proteína*. 
 
 | genome     | query_size     | aligned_start     | aligned_end        | matches | mismatches | %_aligned | ... |
 | -------------- |-------------------------| ------------------------| -------------- | ----------|-----|---|---|