METRICS 3D

Celem projektu jest implementacja miar podobieństwa dla zbioru struktur przestrzennych, przy zalozeniu identycznosci sekwencyjnej struktur.

Zaimplementowane miary RMSD, INF (WC, nWC, stacking, all), P-value, DI i Clash Score

Metryki opisano w artykule: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2743038/

• Program umozliwia obliczenie powyzszych miar po podaniu na wejsciu plikow PDB.
• Program umozliwia obliczenie miar dla fragmentow struktur ograniczonych sfera o podanym promieniu i atomie C1'
• Base pair zostaja pobrane z serwera dla istniejacych zwiazkow, uzytkownik ma jednak mozliwosc podania na wejsciu rezultatu z programu MCAnnotate.

Instrukcja uzycia

• Stworzenie obiektu fasady Metric3D.

metric = Metrics3D()

• Fasada umożliwia wywołanie następujących funkcji:

- rmsd
- clash_score
- inf (z mozliwoscia filtrowania all pairs, all (pairs + stacking), stacking, wc (pary Watson Crick), nWc (pary nie-Watson Crick), stacking
- di
- p_value

• Parametry:

- pdb_file: ścieżka do pliku pdb
- first_pdb_path: ścieżka do pliku pdb
- second_pdb_path: ścieżka do pliku pdb
- residue_seq_id: numer residuum w którym będzie wyszukany atom C1'
- first_mcannotate_path:
- second_mcannotate_path:

Use cases

Przyklady uzycia zostaly umieszczone w katalogu examples

• RMSDExample

metric.rmsd('pdb/pdb1ehz.ent', 'pdb/pdb1evv.ent')

• PvalueExample

metric.p_value('pdb/pdb1ehz.ent', 'pdb/pdb1evv.ent', residue_seq_id=56, radius=100)

• InfExample

metric.inf('pdb/pdb4tna.ent', 'pdb/pdb6tna.ent', 'base_pair_mcannotate/4tna', 'base_pair_mcannotate/6tna', bp_type="nWc")

• DIExample

metric.di('pdb/pdb1ehz.ent', 'pdb/pdb1evv.ent')

• ClashScoreExample

metric.clash_score('pdb/pdb1ehz.ent', 'pdb/pdb1evv.ent')