From 934013b2eb3bc3f10a9469865e3928d8031da496 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Haoyu (Daniel) Yang" Date: Fri, 30 Aug 2024 14:01:32 +0800 Subject: [PATCH] Replace HTTP URLs with HTTPS, avoid `from pytest import raises/mark` (#4021) * replace http with https, all committed changes verified * replace more http with https * replace expired abinit urls * replace scipy expired url * update NIST url and w3.org * update netCDF4 doc url * replace some http with https in unit test * remove debug leftover * add missing build doc dependency * rebuild docs * add invoke to docs dependency * Revert "rebuild docs" as it makes it impossible to review This reverts commit 47e4d59a61dbd1a81814f861ffcd987e6fc4e05c. * revert replace on io.exciting * revert replacement for structureNL metadata * fix from pytest import raises or mark * directly access MonkeyPatch when pytest is already imported * regenerate documents --- ADMIN.md | 2 +- CITATION.cff | 2 +- dev_scripts/nist_codata.txt | 2 +- docs/apidoc/pymatgen.util.testing.rst | 11 - docs/modules.html | 211 +- docs/pymatgen.alchemy.html | 154 +- ...ymatgen.analysis.chemenv.connectivity.html | 154 +- ...onments.coordination_geometries_files.html | 16 +- ...sis.chemenv.coordination_environments.html | 790 ++--- docs/pymatgen.analysis.chemenv.html | 16 +- docs/pymatgen.analysis.chemenv.utils.html | 346 +- docs/pymatgen.analysis.diffraction.html | 99 +- docs/pymatgen.analysis.elasticity.html | 210 +- docs/pymatgen.analysis.ferroelectricity.html | 56 +- docs/pymatgen.analysis.gb.html | 16 +- docs/pymatgen.analysis.html | 1938 +++++------ docs/pymatgen.analysis.interfaces.html | 98 +- docs/pymatgen.analysis.magnetism.html | 149 +- docs/pymatgen.analysis.solar.html | 145 +- ...ymatgen.analysis.structure_prediction.html | 182 +- docs/pymatgen.analysis.topological.html | 24 +- docs/pymatgen.analysis.xas.html | 38 +- docs/pymatgen.apps.battery.html | 238 +- docs/pymatgen.apps.borg.html | 64 +- docs/pymatgen.apps.html | 16 +- docs/pymatgen.cli.html | 74 +- docs/pymatgen.command_line.html | 182 +- docs/pymatgen.core.html | 2815 ++++++++-------- docs/pymatgen.electronic_structure.html | 2865 ++++++++++------- docs/pymatgen.entries.html | 492 ++- docs/pymatgen.ext.html | 96 +- docs/pymatgen.html | 249 +- docs/pymatgen.io.abinit.html | 768 ++--- docs/pymatgen.io.aims.html | 532 +-- docs/pymatgen.io.aims.sets.html | 227 +- docs/pymatgen.io.cp2k.html | 754 ++--- docs/pymatgen.io.exciting.html | 40 +- docs/pymatgen.io.feff.html | 196 +- docs/pymatgen.io.html | 1352 +++++--- docs/pymatgen.io.lammps.html | 337 +- docs/pymatgen.io.lobster.html | 413 +-- docs/pymatgen.io.pwmat.html | 173 +- docs/pymatgen.io.qchem.html | 190 +- docs/pymatgen.io.vasp.html | 1408 ++++---- docs/pymatgen.io.xtb.html | 30 +- docs/pymatgen.optimization.html | 54 +- docs/pymatgen.phonon.html | 436 ++- docs/pymatgen.symmetry.html | 713 +++- docs/pymatgen.transformations.html | 311 +- docs/pymatgen.util.html | 298 +- docs/pymatgen.util.testing.html | 127 +- docs/pymatgen.vis.html | 162 +- pyproject.toml | 2 +- src/pymatgen/analysis/bonds_jmol_ob.yaml | 2 +- src/pymatgen/analysis/local_env.py | 2 +- src/pymatgen/analysis/molecule_matcher.py | 4 +- src/pymatgen/analysis/wulff.py | 2 +- src/pymatgen/cli/pmg_config.py | 2 +- src/pymatgen/command_line/bader_caller.py | 2 +- src/pymatgen/core/operations.py | 2 +- src/pymatgen/core/periodic_table.py | 2 +- src/pymatgen/core/units.py | 2 +- src/pymatgen/core/xcfunc.py | 2 +- src/pymatgen/electronic_structure/plotter.py | 2 +- src/pymatgen/ext/cod.py | 4 +- src/pymatgen/ext/optimade.py | 6 +- src/pymatgen/io/abinit/abiobjects.py | 2 +- src/pymatgen/io/abinit/netcdf.py | 2 +- src/pymatgen/io/babel.py | 2 +- src/pymatgen/io/packmol.py | 2 +- src/pymatgen/io/prismatic.py | 4 +- src/pymatgen/io/vasp/help.py | 2 +- src/pymatgen/io/vasp/sets.py | 4 +- src/pymatgen/io/zeopp.py | 4 +- src/pymatgen/phonon/bandstructure.py | 4 +- src/pymatgen/symmetry/analyzer.py | 2 +- src/pymatgen/util/coord.py | 2 +- src/pymatgen/util/graph_hashing.py | 4 +- tests/ext/test_matproj.py | 4 +- tests/io/vasp/test_inputs.py | 6 +- tests/io/vasp/test_sets.py | 8 +- tests/symmetry/test_analyzer.py | 4 +- tests/symmetry/test_settings.py | 2 +- tests/test_cli.py | 4 +- tests/util/test_provenance.py | 4 +- 85 files changed, 11679 insertions(+), 8694 deletions(-) diff --git a/ADMIN.md b/ADMIN.md index eaba471f2bf..5eb7579e143 100644 --- a/ADMIN.md +++ b/ADMIN.md @@ -16,7 +16,7 @@ The general procedure for releasing `pymatgen` comprises the following steps: ## Initial setup -Pymatgen uses [invoke](http://pyinvoke.org) to automate releases. +Pymatgen uses [invoke](https://pyinvoke.org) to automate releases. You will also need `sphinx` and `doc2dash`. ```sh diff --git a/CITATION.cff b/CITATION.cff index 84c4be022d7..dabb359948b 100644 --- a/CITATION.cff +++ b/CITATION.cff @@ -5,7 +5,7 @@ message: | In addition, some of pymatgen's functionality is based on scientific advances / principles developed by the computational materials scientists in our team. - Please refer to pymatgen's docs at http://pymatgen.org on how to cite them. + Please refer to pymatgen's docs at https://pymatgen.org on how to cite them. authors: - family-names: Ong given-names: Shyue Ping diff --git a/dev_scripts/nist_codata.txt b/dev_scripts/nist_codata.txt index 604cfe3021d..611eeed1ef4 100644 --- a/dev_scripts/nist_codata.txt +++ b/dev_scripts/nist_codata.txt @@ -2,7 +2,7 @@ Fundamental Physical Constants --- Complete Listing - From: http://physics.nist.gov/constants + From: https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html diff --git a/docs/apidoc/pymatgen.util.testing.rst b/docs/apidoc/pymatgen.util.testing.rst index 0ee4fd38001..f2d5a33c5b0 100644 --- a/docs/apidoc/pymatgen.util.testing.rst +++ b/docs/apidoc/pymatgen.util.testing.rst @@ -5,14 +5,3 @@ pymatgen.util.testing package :members: :undoc-members: :show-inheritance: - -Submodules ----------- - -pymatgen.util.testing.aims module ---------------------------------- - -.. automodule:: pymatgen.util.testing.aims - :members: - :undoc-members: - :show-inheritance: diff --git a/docs/modules.html b/docs/modules.html index af68fa7c007..bd685644a03 100644 --- a/docs/modules.html +++ b/docs/modules.html @@ -1,13 +1,15 @@ - + - pymatgen — pymatgen 2024.6.10 documentation - - - + pymatgen — pymatgen 2024.8.9 documentation + + + + +