EcoAnimal

Códigos, dados e tutoriais usados nas práticas da disciplina "Tópicos Avançados em Ecologia Animal" (BIE0315), oferecida para o núcleo avançado do curso de graduação em Ciências Biológicas do Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo. A disciplina é ministrada pelos professores Marco A. R. Mello e Francisco V. Dénes.

Laboratório de Síntese Ecológica (SintECO).

Autor do repositório: Marco A. R. Mello.

E-mail: marmello@usp.br{.email}.

Publicado originalmente em 02/mai/2022 e atualizado constantemente.

Feito em R version 4.4.3 (2025-02-28) -- "Trophy Case"

Avisos legais

Escopo

Este repositório contém os códigos, dados e tutoriais usados nas práticas da disciplina. Como esses tutoriais foram produzidos no formato de notebooks didáticos, não é necessário ter familiaridade com a linguagem de programação R para fazer as práticas. Basta seguir atentamente as instruções.

Precisão do conteúdo

Embora todos os esforços tenham sido feitos para garantir que os materiais fornecidos sejam precisos e consistentes, os autores não garantem a integridade ou exatidão do conteúdo do repositório. Os usuários são incentivados a validar os resultados de forma independente.

Uso e modificações

O conteúdo é compartilhado sob a licença mencionada no repositório. Os usuários são livres para usar, modificar e distribuir o código, os dados e as informações de acordo com esta licença. Os autores não se responsabilizam por resultados decorrentes do uso correto ou indevido desses materiais.

Suporte e manutenção

Este repositório é fornecido "como está", sem qualquer compromisso com manutenção ou suporte contínuos. Dúvidas ou problemas podem ser resolvidos por meio do GitHub ou de um e-mail de contato designado, mas as respostas não são garantidas.

Dependências de terceiros

O repositório pode depender de software ou bibliotecas de terceiros. Os usuários são responsáveis ​​por garantir a compatibilidade e a instalação adequada dessas dependências. Os autores não endossam nem fornecem garantias para nenhum software de terceiros.

Uso ético

Espera-se que os usuários cumpram todos os padrões éticos e legais aplicáveis ​​ao usar este repositório, especialmente em relação ao manuseio de dados confidenciais ou proprietários.

Citação

Se você usar este repositório em seu trabalho acadêmico (software, artigo, livro, capítulo, trabalho de conclusão de curso, monografia, dissertação, tese, relatório, pôster, palestra, conferência ou similar), cite o DOI para este repositório.

Antes de começar

Atualize o R e o RStudio instalados no seu computador para as respectivas versões mais novas, antes de rodar os tutoriais e fazer as análises propostas.

Instruções gerais

1. Faça download deste repositório para o seu computador, descompactando-o para o local onde deseja trabalhar;

2. Para fazer as atividades da prática escolhida, primeiro abra a respectiva pasta e familiarize-se com os arquivos contidos nela;

3. Depois, abra o respectivo tutorial (arquivo de R notebook em formato RMD), mude para o modo Visual, e dê lida geral nele, a fim de entender a proposta da prática;

4. Quando houver, examine na mesma pasta os arquivos XLSX, que contêm a versão completa dos dados e metadados, fornecendo informações valiosas sobre seu contexto. Os arquivos CSV e TXT contêm apenas os dados processados ou simplificados que serão usados diretamente nas análises;

5. Por fim, faça as análises, simplesmente seguindo os passos do tutorial na ordem proposta e clicando nos botões de ação indicados.

Traduções automáticas

Parte do conteúdo externo, usada nas práticas, foi produzida em inglês. Se você não souber ler ou ouvir fluentemente em inglês, pode usar uma ferramenta automática para te ajudar, como o Google Translate.

No caso de artigos e textos em geral, siga estes passos:

1. Visite o Google Translate;

2. Clique na aba "Documentos";

3. Clique em "Procurar no computador" e selecione o arquivo PDF, DOC ou RTF;

4. Escolha os idiomas de origem e destino;

5. Clique em "Traduzir";

6. Leia a versão traduzida online ou salve-a como PDF.

No caso de websites, siga estes passos:

1. Visite o Google Translate;

2. Clique na aba "Sites";

3. Copie a URL do site desejado e cole-a no campo "Site";

4. Escolha os idiomas de origem e destino;

5. Clique na seta azul;

6. Leia a versão traduzida online na aba aberta pelo tradutor.

No caso de vídeos do YouTube, você pode ativar legendas em português seguindo estas instruções.

Feedback

Se você quiser fazer perguntas, sugestões ou correções, por favor, abra um issue ou faça um pull request.

Agradecimentos

Agradecemos ao Prof. José Carlos Motta Jr., antigo coordenador da disciplina, a todos os outros professores que a ministraram ao longo de décadas, a todos os tutores e monitores que têm nos ajudado a aplicar estas práticas, e aos diversos colegas que nos ajudaram a desatar nós computacionais. Um salve especial vai para a comunidade do StackOverflow, onde resolvemos a maioria dos nossos dilemas de programação.