PhytoChamber 데이터를 활용한 응용 실습 예제를 위한 환경 설정.

1. Miniforge 혹은 Anaconda 를 활용한 가상환경 구성

https://github.com/conda-forge/miniforge

(예시)

mamba create -n rda python=3.11 -y && mamba activate rda

• 아래 링크를 통해 본인의 환경에 맞는 Pytorch를 설치. (The code requires python>=3.10, as well as torch>=2.3.1 and torchvision>=0.18.1)

https://pytorch.org/get-started/locally/

Meta에서 발표한 SAM2 설치

git clone https://github.com/facebookresearch/segment-anything-2.git

cd segment-anything-2 & pip install -e .

If you are installing on Windows, it's strongly recommended to use Windows Subsystem for Linux (WSL) with Ubuntu.

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Download Checkpoints

아래의 명령어를 실행, 스크립트를 통해 모델 weight를 다운로드 받을 수 있음.

cd checkpoints && \
./download_ckpts.sh && \
cd ..

or individually from:

• sam2_hiera_tiny.pt
• sam2_hiera_small.pt
• sam2_hiera_base_plus.pt
• sam2_hiera_large.pt

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2. 추가적으로 설치해야 할 라이브러리

pip install plantcv numpy==1.26.4 kornia transformers notebook ipywidgets opencv-python timm scipy \
scikit-image tqdm prettytable huggingface_hub

3. 필요에 따라 img_src 폴더의 압축파일 해제

• './img_src/CF/cf_samples_for_additional_cal' 폴더에는 노트북 예시를 위한 이미지가 압축파일로 있습니다.