final archieve

.gitignore

@@ -8,3 +8,4 @@ _bookdown_files
 .vscode
 rsconnect
 timeline.md
+plots

05-method.Rmd

@@ -1,3 +1,5 @@
+\mainmatter
+
 # 方法论 {#method}
 
 为了剖析肠道菌群的研究格局、历史脉络、研究热点，我们从知名的文献数据库中采集了历史文献信息，并采用文献计量学的方法分层推进、逐步深入，由总体到局部、由概况到细节，综合采用了多种分析手段，才最终得到了本文中涉及的一些相关结论。除了文献的数量，我们还特别关注了少数重要的核心文献，用于提炼研究热点，比较研究水平等；此外，还采用文献网络分析的手段对引证关系、合作关系和共词关系进行分析和可视化。

10-introduction.Rmd

@@ -1,5 +1,3 @@
-\mainmatter
-
 # (PART) 概况 {-}
 
 # 研究概述 {#intro}

README.md

@@ -1,8 +1,14 @@
 # 肠道菌群研究二十年
 
-这是热心肠研究院出品的《肠道菌群研究二十年》一书的源代码。
+这个仓库包括了《肠道菌群研究二十年·大数据》一书的源代码。
 
+2019年11月 - 2020年10月间我在北京热心肠生物技术研究院公司工作，职位是数据科学家。在此期间，热心肠研究院谋划出一本肠道菌群研究的白皮书，于是便有了《肠道菌群研究二十年》这个项目。
 
+在写作本书的过程中，我才发现其中涉及的技术和认知难题，因此本书并没能按照最初的设想那样，成为一部包罗万象的“鸿篇巨著”，而仅仅是从文献计量学的角度分析了 2000 - 2019 年间肠道菌群相关研究的一些数据，结合自己对于肠道菌群有限的认知写成。
+
+2020年11月，由于个人发展的原因，自己离开了热心肠研究院，所以本书也就草草结尾了。虽然不尽如人意，但是本书的创作过程中我还是学习了很多东西，也有一些东西可以分享出来。同时，也希望有机会能在未来推出本书的 2.0 版本。
+
+在征得公司书面同意的前提下，应当可以公开。
 
 本书目前已经发布在：[这里](http://opendata.mr-gut.cn/gut-microbiome-20yrs/)
 

gut-microbiome-20yrs/css/style.css

@@ -0,0 +1,36 @@
+p.caption {
+  color: #777;
+  margin-top: 10px;
+  text-align: center;
+}
+.figure{
+  text-align: center;
+}
+.plotly{
+  margin: auto;
+}
+.html-widget{
+  margin: auto;
+}
+p code {
+  white-space: inherit;
+}
+pre {
+  word-break: normal;
+  word-wrap: normal;
+}
+pre code {
+  white-space: inherit;
+}
+p.flushright {
+  text-align: right;
+}
+blockquote > p:last-child {
+  text-align: right;
+}
+blockquote > p:first-child {
+  text-align: inherit;
+}
+.book .book-body .page-wrapper .page-inner {
+  max-width: 1200px !important;
+}

gut-microbiome-20yrs/libs/anchor-sections/anchor-sections.css

@@ -0,0 +1,4 @@
+/* Styles for section anchors */
+a.anchor-section {margin-left: 10px; visibility: hidden; color: inherit;}
+a.anchor-section::before {content: '#';}
+.hasAnchor:hover a.anchor-section {visibility: visible;}

gut-microbiome-20yrs/libs/anchor-sections/anchor-sections.js

@@ -0,0 +1,33 @@
+// Anchor sections v1.0 written by Atsushi Yasumoto on Oct 3rd, 2020.
+document.addEventListener('DOMContentLoaded', function() {
+  // Do nothing if AnchorJS is used
+  if (typeof window.anchors === 'object' && anchors.hasOwnProperty('hasAnchorJSLink')) {
+    return;
+  }
+
+  const h = document.querySelectorAll('h1, h2, h3, h4, h5, h6');
+
+  // Do nothing if sections are already anchored
+  if (Array.from(h).some(x => x.classList.contains('hasAnchor'))) {
+    return null;
+  }
+
+  // Use section id when pandoc runs with --section-divs
+  const section_id = function(x) {
+    return ((x.classList.contains('section') || (x.tagName === 'SECTION'))
+            ? x.id : '');
+  };
+
+  // Add anchors
+  h.forEach(function(x) {
+    const id = x.id || section_id(x.parentElement);
+    if (id === '') {
+      return null;
+    }
+    let anchor = document.createElement('a');
+    anchor.href = '#' + id;
+    anchor.classList = ['anchor-section'];
+    x.classList.add('hasAnchor');
+    x.appendChild(anchor);
+  });
+});

gut-microbiome-20yrs/libs/crosstalk/css/crosstalk.css

@@ -0,0 +1,27 @@
+/* Adjust margins outwards, so column contents line up with the edges of the
+   parent of container-fluid. */
+.container-fluid.crosstalk-bscols {
+  margin-left: -30px;
+  margin-right: -30px;
+  white-space: normal;
+}
+
+/* But don't adjust the margins outwards if we're directly under the body,
+   i.e. we were the top-level of something at the console. */
+body > .container-fluid.crosstalk-bscols {
+  margin-left: auto;
+  margin-right: auto;
+}
+
+.crosstalk-input-checkboxgroup .crosstalk-options-group .crosstalk-options-column {
+  display: inline-block;
+  padding-right: 12px;
+  vertical-align: top;
+}
+
+@media only screen and (max-width:480px) {
+  .crosstalk-input-checkboxgroup .crosstalk-options-group .crosstalk-options-column {
+    display: block;
+    padding-right: inherit;
+  }
+}