Пример правок для загрузки одного файла размером до 25 МБ и до 5 файлов за раз - т.е. суммарно 25 * 5 = 125 МБ:
/etc/nginx/nginx.conf (по умолч.) или в конкретном конфиге в секции server:
client_max_body_size 125m;
/etc/php5/fpm/php.ini:
upload_max_filesize = 25M
max_file_uploads = 5
post_max_size = 125M