sprawdzian2 KNIME

KNIME - sprawdzian

Zadanie: skonstruować schemat wg poleceń:

• przeczytać dane aktywności związków na kinazę JAK1 z pliku dostępnego tutaj.

• odfiltrować kolumny tak, żeby zostały jedynie:

• CMPD_CHEMBLID (identyfikator związku)

• CANONICAL_SMILES (struktura w smiles)

• STANDARD_VALUE (% inhibicji w 1uM)

• zmienić nazwy kolumn (:bulb: tip: column rename)

• CMPD_CHEMBLID -> ID

• CANONICAL_SMILES -> smiles

• STANDARD_VALUE -> Inhibicja JAK1 @1uM

• policzyć parametry fizykochemiczne: logP, TPSA, MW (AMW)

• policzyć przenikalność przez barierę krew-mózg wg wzoru (:bulb: tip: użyć węzła math formula)

(ClogP to po prostu logP)

• policzyć pareto rank dla związków maksymalizując inhibicję JAK1 oraz minimalizując masę molową (AMW)

Dla tych danych:

1. zrobić wykres 3D:

• na osiach TPSA / logP / AMW
• punkty pokolorowane wg inhibicji JAK1
• rozmiar punktów wg logBB
• wykres zapisać jako png

2. wybrać 10 najlepszych związków w rankingu pareto (:bulb: sorter - sort by - pareto rank - ascending; potem partitioning - 10 sztuk, take from top)

• dla nich wyznaczyć murcko scaffolds
• zapisać wynik do PDFa
  • ⚠️ w Report Author wpisać swoje imię i nazwisko!

Workflow

1. Podpisać trzy pierwsze węzły (F2...)
2. Dodać adnotację do schematu (new workflow annotation) ze swoim imieniem i nazwiskiem
3. zapisać obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)

Zaliczenie

Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi trzy pliki, z imieniem i nazwiskiem jako nazwą pliku:

1. wykres 3D w pliku png
2. PDFa z tabelą
3. obrazek workflow'u jako plik svg

Wyniki

Punkty odejmowałem za:

• brak imienia lub nazwiska w PDFie
• Nie umieszczenie wszystkiego co trzeba na wykresie
• Brak rozszerzenia przesłanego pliku
• nie przesłanie tego co trzeba

Nie odejmowałem za:

• chaos w schemacie
• źle podpisane pliki
• pomniejsze błędy