rDock

(image from: rdock.sourceforge.net)

rDock is a fast and versatile Open Source docking program that can be used to dock small molecules against proteins and nucleic acids. It is designed for High Throughput Virtual Screening (HTVS) campaigns and Binding Mode prediction studies.

Adres: http://rdock.sourceforge.net/

Instalacja na zajęciach

Kompilacja i instalacja w domu

• sudo apt-get install csh gcc-4.4 g++ make libcppunit-1.13-0 libcppunit-dev libpopt0 libpopt-dev
• sudo apt install csh gcc g++ make libcppunit-1.13-0v5 libcppunit-dev libpopt0 libpopt-dev
• mkdir rdock, cd rdock
• pobieramy najnowszą wersję: svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/rdock/code-0/trunk rdock-code-0
• cd rdock-code-0/build
• kompilujemy: make linux-g++-64
• jeśli nie wydarzyło się nic strasznego, testujemy: make test
• powinien pojawić się komunikat:
• OK (55 tests) The test succeeded! The results agree with the reference ones. Have fun using rDock!! oznacza to że udało się skompilować rDocka! :-)

Dokładna instrukcja i opis instalacji: http://rdock.sourceforge.net/installation/

Dodanie do ~/.profile

export RBT_ROOT=/home/fstefaniak/progs/rDock/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$RBT_ROOT/lib:

Użytkowanie

Więcej informacji: http://rdock.sourceforge.net/docking-in-3-steps/