projekt2_KNIME_2022C

PROJEKT

Celem projektu jest analiza danych dotyczących aktywności małocząsteczkowych inhibitorów białek. Dla pobranych danych za pomocą platformy KNIME dokonać odpowiednich analiz które mają pomóc odpowiedzieć na postawione niżej pytania.

Pytania

1. Jaka jest statystyka aktywności (pIC50) dla tych związków? Jaka jest wartość średnia, minimalna, maksymalna? (:bulb: proszę wkleić screen odpowiedniej tabeli)
2. Czy aktywność tych związków jest skorelowana z logP, TPSA, masą molową? (:bulb: wykres 3D? inny wykres? inny rysunek? - proszę wkleić i opisać obserwację jednym krótkim zdaniem)
3. Proszę pokazać strukturę 10 cząsteczek najbardziej podobnych do ibuprofenu CC(C)Cc1ccc(cc1)[C@@H](C)C(=O)O ? (:bulb: proszę wkleić screen początku tabeli wynikowej)
4. Jaka jest struktura 10 najaktywniejszych związków? (:bulb: tabela - screenshot)

💡 UWAGI:

• odpowiedzi proszę umieścić w pobranym dokumencie
• proszę pamiętać o normalizacji struktur chemicznych
• do przygotowanego workflow proszę dodać adnotację (new workflow annotation) ze swoim imieniem, nazwiskiem, nr indeksu.
• Dla wartości pIC50 - im wyższa wartość, tym związek jest bardziej aktywny. Proszę pamiętać przy sortowaniu wyników, wyłanianiu związków najbardziej aktywnych itp.
• jako logP proszę użyć zmiennej SlogP, jako masy molowej AMW lub ExactMW.
• zrzut kawałka ekranu: Ctrl+Shift+PrtScr

Odpowiedzi

Odpowiedzi należy przysłać mailem.

Należy załączyć:

• dokument z odpowiedziami w formie dokumentu LibreOffice (lub PDF)
• wyeksportowany obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)

⚠️ po wysłaniu odpowiedzi, proszę skasować pliki tymczasowe z komputera (dokument tekstowy i svg).