marvin2018_X
- Pobieramy dokument - template do odpowiedzi
- Sprawdzamy na liście obecności, jaka struktura została nam przydzielona (w formacie SMILES)
- Wypełniamy tabelę w dokumencie odpowiedzi
- Odpowiadamy na pytania.
- Odpowiedzi wysyłamy na adres:
.
⚠️ typowe wartości pH w różnych obszarach przewodu pokarmowego pokazane są na rysunku na dole tej strony; proszę przyjąć dolne wartości zakresów.- 💡 Wykonanie zrzutu ekranu: Ctrl+PrtScr
Życzę powodzenia! 👍
Dla cząsteczki, której SMILES są podane na liście obecności, proszę policzyć:
- pKa wszystkich grup których to może dotyczyć (załączyć rysunek);
- Dla wartości pH typowych dla śliny, żołądka, jelita proszę policzyć wartości logD
- Policzyć ładunki cząstkowe na poszczególnych atomach - załączyć wizualizację (wartości oraz mapowanie ładunków na powierzchnię cząsteczki)
- Wyznaczyć krzywą rozpuszczalności w wodzie w zależności od pH. Proszę zinterpretować otrzymany wynik - czy ma on sens? (wystarczą 2-3 zdania).
- Policzyć wartość PSA (TPSA)
(otrzymane w tym zadaniu pliki załączyć do maila)
- Proszę zoptymalizować trójwymiarową geometrię cząsteczki i zapisać w formacie mrv.
- Wyznaczyć kilka niskoenergetycznych konformacji cząsteczki ("conformers"), zapisać je w pliku SDF (w jednym pliku)
(Za: Review of in vitro digestion models for rapid screening of emulsion-based systems, David Julian McClements and Yan Lia, Food Funct., 2010,1, 32-59)