marvin cwiczenia2016
Odpowiedzi proszę wklejać do dokumentu Office, który po zakończonej pracy należy wysłać na mój adres mailowy:
Narysować cząsteczkę taką jak na rysunku. Zwrócić uwagę na atomy "na nóżkach" (rodniki? izotopy?)
Dla cząsteczki, której SMILES są podane na liście obecności, policzyć:
-
pKa wszystkich grup których to może dotyczyć (rysunek); dołączyć odpowiedni wykres udziału poszczególnych cząsteczek w zależności od pH
-
Wyszukać wartości pH typowe dla śliny, żołądka, jelita (hint: google "pH digestive tract")
-
Jakie formy (major microspecies) będą dominować przy pH w tych miejscach?
-
logP, logD (w pH śliny, żołądka, jelita) , PSA (polar surface area 2D). Podać wartości oraz załączyć odpowiednie wizualizacje (dla logP i logD)
-
rozpuszczalność w wodzie:
- do jakiej kategorii należy dany związek? (Solubility category)
- pokazać wykres zależności rozpuszczalności (w mg/ml!) od pH
- ile wynosi rozpuszczalność (mg/ml!) w pH śliny, żołądka, jelita?
-
liczbę donorów i akceptorów wiązań wodorowych (podać parametry: Donor count, Donor sites, acceptor count, acceptor sites). Dołączyć odpowiedni wykres zależności liczby HBA i HBD od pH.