Instalacja w domu
- Pobieramy właściwą wersję na stronie: https://www.knime.com/downloads/download-knime (dla windows - installer)
- Instalujemy (tu nie powinno być problemu)
- Uruchamiamy; na wszystkie ewentualne pytania odpowiadamy domyślnie
- Instalujemy rozszerzenia niezbędne do zajęć - klikamy w File->Install Knime extensions
Zaznaczamy:
- KNIME Base Chemistry Types & Nodes
- Marvin Chemistry Extensions (donated by Infocom & Chemaxon)
- KNIME Community Extensions - Cheminformatics
⚠️ UWAGA: proszę uważać, żeby nie zaznaczyć tych elementów z dopiskiem "sources"
- Klikamy dalej, instalujemy. Jeśli knime chce się uruchomić ponownie, to go uruchamiamy.
- Sprawdzamy, czy wszystko zostało zainstalowane. W lewym dolnym rogu, w okienku "Node repository", wpisujemy rdkit. Powinny pojawić się odpowiednie węzły, jak na obrazku:
Analogicznie sprawdźmy, czy jest węzeł "sdf reader" (poniżej, ostatni na liście):
i czy jest węzeł "MarvinSketch" (poniżej, ostatni na liście):
Jeśli wszystko jest i działa, to komputer jest gotowy do zajęć :+1:
- Pobieramy plik https://github.com/filipsPL/CADD-PW/raw/master/csv/JAK2-clean.csv i zapisujemy na dysku.