-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathr-linux.Rmd
168 lines (103 loc) · 7 KB
/
r-linux.Rmd
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
---
title: "Установка R и R-studio на Linux"
output:
html_document:
includes:
in_header: ga.html
after_body: gtm.html
---
В данном примере мы рассмотрим установку языка R и R-studio IDE на Ubuntu 16.04
***
## Выбор виртуальной машины
В качестве облачного сервиса, предоставляющего услуги по хостингу виртуальных машин мы выберем Google Cloud Platform с сервисом Compute Engine. Это очень удобное решение для тех, кто уже работает с другими сервисами от GCP.
Ранее я уже писал о том, как настроить и запустить VM на Google Cloud Platform через сервис Compute Engine. А сейчас перейдём к следующему шагу
***
## Подготовка к установке
Для установки языка R в операционную систему Linux нам необходимо открыть терминал и вводить команды напрямую. Чтобы открыть терминал необходимо нажать на кнопку **SSH**.
Терминал откроется в новом окне. После открытия терминала начинаем последовательно вводить команды
### Первичное обновление Linux
Необходимо обновить все пакеты, установленные в версии Ubuntu 16.04
```{r eval=FALSE}
sudo apt-get update
```
Выглядит это примерно так
### Добавление ссылки на репозиторий Cran
Установка будет производиться напрямую из репозитория Cran, поэтому необходимо добавить ссылку в файл **/etc/apt/sources.list**. Редактировать файл будем при помощи текстового редактора **nano**
```{r eval=FALSE}
sudo nano /etc/apt/sources.list
```
Откроется содержимое файла. Спускаемся в самый низ и добавляем строчку
```{r eval=FALSE}
deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/
```
После этого нажимаем сочетание клавиш Ctrl+X для сохранения изменений. Нам предложат сохранить изменения - жмём **Y**
В последнем окне жмём **Enter** сохранения изменений в тот же файл.
### Добавление публичного ключа
Ключ используется для удостоверения подлинности и надежности репозитория. И добавляется с помощью следующей команды:
```{r eval=FALSE}
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
```
которая запрашивает ключ напрямую у сервера сертификации Ubuntu — keyserver.ubuntu.com
После чего обновляем кеш всех доступных пакетов
```{r eval=FALSE}
sudo apt update
```
***
## Установка R и R-Studio
### Установка R
Теперь можем установить необходимый нам пакет R с помощью команды:
```{r eval=FALSE}
sudo apt-get install r-base -y
```
### Установка R-Studio
Помимо установки R, для удобства работы, нам нужно установить R Studio. И первым делом для этого нужно скачать установочный файл. Делаем это с помощью команды **wget**
```{r eval=FALSE}
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.136-amd64.deb
```
Теперь, для того, чтобы провести установку R Studio, устанавливаем еще один пакет — gdebi. Gdebi — программа для установки .deb пакетов.
```{r eval=FALSE}
sudo apt-get install gdebi-core -y
```
И последней командой устанавливаем R Studio со скачанного файла:
```{r eval=FALSE}
sudo gdebi rstudio-server-1.0.136-amd64.deb
```
Теперь необходимо указать порт, при обращении к которому вы будете получать доступ в R Studio. Для этого нужно внести информацию в файл /etc/rstudio/rserver.conf. Делаем это с помощью команды
```{r eval=FALSE}
sudo nano /etc/rstudio/rserver.conf
```
и добавляем в файл следующую строку:
```{r eval=FALSE}
www-port=80
```
После этого задаем пароль для доступа в R Studio командой:
```{r eval=FALSE}
sudo passwd user_name
```
где, вместо **user_name** используем имя пользователя. При вводе пароля вам будет казаться, что ничего не происходит, но на самом деле введенные символы запоминаются. После второго успешного ввода вы увидите примерно следующее:
Осталось перезапустить серверный R-Studio и можно приступать к работе.
```{r eval=FALSE}
sudo service rstudio-server restart
```
***
## Запуск R-Studio
Чтобы попасть в привычный интерфейс R-Studio нужно перейти по внешнему адресу, указанному в интерфейсе Compute Engine в колонке **External_IP**
При переходе вы скорее всего увидете ошибку:
Это происходит потому, что подключаемся мы по протоколу HTTPS через порт 443, а наш R-server работает через протокол HTTP через порт 8080.
Удалите букву **s** в URL
> https://22.222.222.22/ -> http://22.222.222.22/
И перед вами будет привычный интерфейс R-Studio с окошком для ввода логина и пароля.
Вводим логин/пароль и пользуемся R-Studio в облаке
***
## Дополнительные материалы
* [Запуск скриптов R по расписанию](http://baikulov.pro/r-cron.html)
* [Установка R-Studio через Docker](http://baikulov.pro/r-linux.html)
* [Установка R-Studio через Docker](http://baikulov.pro/r-docker.html)