-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathr-docker.html
528 lines (438 loc) · 16.4 KB
/
r-docker.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="generator" content="pandoc" />
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EDGE" />
<title>Установка R и R-studio из Docker</title>
<script src="site_libs/header-attrs-2.11/header-attrs.js"></script>
<script src="site_libs/jquery-3.6.0/jquery-3.6.0.min.js"></script>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<link href="site_libs/bootstrap-3.3.5/css/flatly.min.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script>
<script src="site_libs/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script>
<style>h1 {font-size: 34px;}
h1.title {font-size: 38px;}
h2 {font-size: 30px;}
h3 {font-size: 24px;}
h4 {font-size: 18px;}
h5 {font-size: 16px;}
h6 {font-size: 12px;}
code {color: inherit; background-color: rgba(0, 0, 0, 0.04);}
pre:not([class]) { background-color: white }</style>
<script src="site_libs/jqueryui-1.11.4/jquery-ui.min.js"></script>
<link href="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/tocify-1.9.1/jquery.tocify.js"></script>
<script src="site_libs/navigation-1.1/tabsets.js"></script>
<link href="site_libs/highlightjs-9.12.0/default.css" rel="stylesheet" />
<script src="site_libs/highlightjs-9.12.0/highlight.js"></script>
<!-- Google Tag Manager -->
<script>(function(w,d,s,l,i){w[l]=w[l]||[];w[l].push({'gtm.start':
new Date().getTime(),event:'gtm.js'});var f=d.getElementsByTagName(s)[0],
j=d.createElement(s),dl=l!='dataLayer'?'&l='+l:'';j.async=true;j.src=
'https://www.googletagmanager.com/gtm.js?id='+i+dl;f.parentNode.insertBefore(j,f);
})(window,document,'script','dataLayer','GTM-T8VV2PC');</script>
<!-- End Google Tag Manager -->
<style type="text/css">
code{white-space: pre-wrap;}
span.smallcaps{font-variant: small-caps;}
span.underline{text-decoration: underline;}
div.column{display: inline-block; vertical-align: top; width: 50%;}
div.hanging-indent{margin-left: 1.5em; text-indent: -1.5em;}
ul.task-list{list-style: none;}
</style>
<style type="text/css">code{white-space: pre;}</style>
<script type="text/javascript">
if (window.hljs) {
hljs.configure({languages: []});
hljs.initHighlightingOnLoad();
if (document.readyState && document.readyState === "complete") {
window.setTimeout(function() { hljs.initHighlighting(); }, 0);
}
}
</script>
<link rel="stylesheet" href="style.css" type="text/css" />
<style type = "text/css">
.main-container {
max-width: 940px;
margin-left: auto;
margin-right: auto;
}
img {
max-width:100%;
}
.tabbed-pane {
padding-top: 12px;
}
.html-widget {
margin-bottom: 20px;
}
button.code-folding-btn:focus {
outline: none;
}
summary {
display: list-item;
}
pre code {
padding: 0;
}
</style>
<style type="text/css">
.dropdown-submenu {
position: relative;
}
.dropdown-submenu>.dropdown-menu {
top: 0;
left: 100%;
margin-top: -6px;
margin-left: -1px;
border-radius: 0 6px 6px 6px;
}
.dropdown-submenu:hover>.dropdown-menu {
display: block;
}
.dropdown-submenu>a:after {
display: block;
content: " ";
float: right;
width: 0;
height: 0;
border-color: transparent;
border-style: solid;
border-width: 5px 0 5px 5px;
border-left-color: #cccccc;
margin-top: 5px;
margin-right: -10px;
}
.dropdown-submenu:hover>a:after {
border-left-color: #adb5bd;
}
.dropdown-submenu.pull-left {
float: none;
}
.dropdown-submenu.pull-left>.dropdown-menu {
left: -100%;
margin-left: 10px;
border-radius: 6px 0 6px 6px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
// manage active state of menu based on current page
$(document).ready(function () {
// active menu anchor
href = window.location.pathname
href = href.substr(href.lastIndexOf('/') + 1)
if (href === "")
href = "index.html";
var menuAnchor = $('a[href="' + href + '"]');
// mark it active
menuAnchor.tab('show');
// if it's got a parent navbar menu mark it active as well
menuAnchor.closest('li.dropdown').addClass('active');
// Navbar adjustments
var navHeight = $(".navbar").first().height() + 15;
var style = document.createElement('style');
var pt = "padding-top: " + navHeight + "px; ";
var mt = "margin-top: -" + navHeight + "px; ";
var css = "";
// offset scroll position for anchor links (for fixed navbar)
for (var i = 1; i <= 6; i++) {
css += ".section h" + i + "{ " + pt + mt + "}\n";
}
style.innerHTML = "body {" + pt + "padding-bottom: 40px; }\n" + css;
document.head.appendChild(style);
});
</script>
<!-- tabsets -->
<style type="text/css">
.tabset-dropdown > .nav-tabs {
display: inline-table;
max-height: 500px;
min-height: 44px;
overflow-y: auto;
border: 1px solid #ddd;
border-radius: 4px;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active:before {
content: "";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li.active:before {
content: "";
border: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open:before {
content: "";
font-family: 'Glyphicons Halflings';
display: inline-block;
padding: 10px;
border-right: 1px solid #ddd;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li.active {
display: block;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:focus,
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li > a:hover {
border: none;
display: inline-block;
border-radius: 4px;
background-color: transparent;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs.nav-tabs-open > li {
display: block;
float: none;
}
.tabset-dropdown > .nav-tabs > li {
display: none;
}
</style>
<!-- code folding -->
<style type="text/css">
#TOC {
margin: 25px 0px 20px 0px;
}
@media (max-width: 768px) {
#TOC {
position: relative;
width: 100%;
}
}
@media print {
.toc-content {
/* see https://github.com/w3c/csswg-drafts/issues/4434 */
float: right;
}
}
.toc-content {
padding-left: 30px;
padding-right: 40px;
}
div.main-container {
max-width: 1200px;
}
div.tocify {
width: 20%;
max-width: 260px;
max-height: 85%;
}
@media (min-width: 768px) and (max-width: 991px) {
div.tocify {
width: 25%;
}
}
@media (max-width: 767px) {
div.tocify {
width: 100%;
max-width: none;
}
}
.tocify ul, .tocify li {
line-height: 20px;
}
.tocify-subheader .tocify-item {
font-size: 0.90em;
}
.tocify .list-group-item {
border-radius: 0px;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="container-fluid main-container">
<!-- setup 3col/9col grid for toc_float and main content -->
<div class="row">
<div class="col-xs-12 col-sm-4 col-md-3">
<div id="TOC" class="tocify">
</div>
</div>
<div class="toc-content col-xs-12 col-sm-8 col-md-9">
<div class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
<div class="container">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#navbar">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="index.html">Напоминалка</a>
</div>
<div id="navbar" class="navbar-collapse collapse">
<ul class="nav navbar-nav">
<li>
<a href="index.html">Главная</a>
</li>
<li>
<a href="about.html">Обо мне</a>
</li>
<li class="dropdown">
<a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">
Статьи
<span class="caret"></span>
</a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu">
<li>
<a href="r-linux.html">Установка R на Linux</a>
</li>
<li>
<a href="r-docker.html">Установка R на Linux через Docker</a>
</li>
<li>
<a href="r-cron.html">Запуск скриптов R по расписанию</a>
</li>
<li>
<a href="r-shinyproxy.html">Настройка ShinyProxy через Docker Compose</a>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
<ul class="nav navbar-nav navbar-right">
</ul>
</div><!--/.nav-collapse -->
</div><!--/.container -->
</div><!--/.navbar -->
<div id="header">
<h1 class="title toc-ignore">Установка R и R-studio из Docker</h1>
</div>
<p>Docker - это сервис, который позволяет разворачивать полностью готовые к работе приложения в виртуальной среде. С его помощью можно достаточно быстро развернуть на сервере IDE R-Studio с последней версией R.</p>
<p>Мы настроим виртуальную машину в сервисе Compute Engine с операционной системой Linux, установим на неё Docker, скачаем и запустим контейнер с R-Studio и R последней версии</p>
<hr />
<div id="настройка-виртуальной-машины" class="section level2">
<h2>Настройка виртуальной машины</h2>
<p>В качестве облачного сервиса, предоставляющего услуги по хостингу виртуальных машин мы выберем Google Cloud Platform с сервисом Compute Engine. Это очень удобное решение для тех, кто уже работает с другими сервисами от GCP.</p>
<p>Ранее я уже писал о том, как настроить и запустить VM на Google Cloud Platform через сервис Compute Engine. А сейчас перейдём к следующему шагу</p>
<hr />
</div>
<div id="подготовка-к-установке" class="section level2">
<h2>Подготовка к установке</h2>
<p>Для установки Docker нам необходимо открыть терминал и вводить команды напрямую. Чтобы открыть терминал необходимо нажать на кнопку <strong>SSH</strong>.</p>
<p><img src="images/gcp-ssh.png" /> Терминал откроется в новом окне. После открытия терминала начинаем последовательно вводить команды</p>
<div id="первичное-обновление-linux" class="section level3">
<h3>Первичное обновление Linux</h3>
<p>Необходимо обновить все пакеты, установленные в версии Ubuntu 16.04</p>
<pre class="r"><code>sudo apt-get update</code></pre>
<p>Выглядит это примерно так</p>
<p><img src="images/apt-update.png" /></p>
<hr />
</div>
</div>
<div id="установка-docker" class="section level2">
<h2>Установка Docker</h2>
<p>Для начала установим пакеты, которые позволят нам устанавливать Docker через протокол https</p>
<pre class="r"><code>sudo apt-get install \
apt-transport-https \
ca-certificates \
curl \
gnupg-agent \
software-properties-common</code></pre>
<p>Следующим шагом добавим ключ GPG Docker’а</p>
<pre class="r"><code>curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -</code></pre>
<p>Ещё одним шагом в подготовке будет добавление ссылки на стабильную версию репозитория Docker</p>
<pre class="r"><code> sudo add-apt-repository \
"deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
$(lsb_release -cs) \
stable"</code></pre>
<p>И последним действием мы обновим все пакеты и установим Docker:</p>
<pre class="r"><code>sudo apt-get update
sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io</code></pre>
<p>Теперь у нас установлен Docker и мы можем скачивать различные образы из частных или центрального репозитория Docker Hub</p>
<hr />
</div>
<div id="запуск-контейнера-с-r-studio-и-r" class="section level2">
<h2>Запуск контейнера с R-studio и R</h2>
<p>Для скачивания образа с R-Studio необходимо выполнить команду:</p>
<pre class="r"><code>sudo docker run -detach -p 8787:8080 -e PASSWORD=yourpassword --name my-rstudio rocker/rstudio</code></pre>
<p>Данная команда скачивает нужный нам образ Docker из центрального репозитория Docker Hub и запускает контейнер с R-Studio</p>
<p>Разберём команду:</p>
<ul>
<li><p><strong>sudo docker run</strong> отвечает за скачивание и запуск образа</p></li>
<li><p><strong>-detach</strong> отвечает за запуск контейнера в фоновом режиме</p></li>
<li><p><strong>-p 8787:8080</strong> говорит о том, что R-Studio будет доступна через порт 8787 на нашей VM</p></li>
<li><p><strong>PASSWORD</strong> устанавливает пароль для входа в IDE</p></li>
<li><p><strong>–name</strong> это название нашего контейнера</p></li>
<li><p><strong>rocker/rstudio</strong> это название образа в репозитории</p></li>
</ul>
<p>После запуска вам стоит перейти по External_IP адресу вашей VM с указанием порта</p>
<blockquote>
<p><a href="http://22.222.222.22" class="uri">http://22.222.222.22</a></p>
</blockquote>
<p>и убедиться в том, что IDE доступна к работе. Логин для входа <strong>rstudio</strong>, а пароль мы указали в поле PASSWORD при запуске контейнера</p>
<p><img src="images/r-enter.png" /></p>
<hr />
</div>
<div id="дополнительные-материалы" class="section level2">
<h2>Дополнительные материалы</h2>
<ul>
<li><a href="http://baikulov.pro/r-cron.html">Запуск скриптов R по расписанию</a></li>
<li><a href="http://baikulov.pro/r-linux.html">Установка R-Studio через Docker</a></li>
<li><a href="http://baikulov.pro/r-docker.html">Установка R-Studio через Docker</a></li>
</ul>
</div>
<!-- Google Tag Manager (noscript) -->
<noscript><iframe src="https://www.googletagmanager.com/ns.html?id=GTM-T8VV2PC"
height="0" width="0" style="display:none;visibility:hidden"></iframe></noscript>
<!-- End Google Tag Manager (noscript) -->
</div>
</div>
</div>
<script>
// add bootstrap table styles to pandoc tables
function bootstrapStylePandocTables() {
$('tr.odd').parent('tbody').parent('table').addClass('table table-condensed');
}
$(document).ready(function () {
bootstrapStylePandocTables();
});
</script>
<!-- tabsets -->
<script>
$(document).ready(function () {
window.buildTabsets("TOC");
});
$(document).ready(function () {
$('.tabset-dropdown > .nav-tabs > li').click(function () {
$(this).parent().toggleClass('nav-tabs-open');
});
});
</script>
<!-- code folding -->
<script>
$(document).ready(function () {
// temporarily add toc-ignore selector to headers for the consistency with Pandoc
$('.unlisted.unnumbered').addClass('toc-ignore')
// move toc-ignore selectors from section div to header
$('div.section.toc-ignore')
.removeClass('toc-ignore')
.children('h1,h2,h3,h4,h5').addClass('toc-ignore');
// establish options
var options = {
selectors: "h1,h2",
theme: "bootstrap3",
context: '.toc-content',
hashGenerator: function (text) {
return text.replace(/[.\\/?&!#<>]/g, '').replace(/\s/g, '_');
},
ignoreSelector: ".toc-ignore",
scrollTo: 0
};
options.showAndHide = true;
options.smoothScroll = true;
// tocify
var toc = $("#TOC").tocify(options).data("toc-tocify");
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML";
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>