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Python每日一谈｜No.17.文件读写 |
Python每日一谈 |
well，我们很多基本的操作都属于I/O流
假设你只是一个黑盒子用户的话，大概只需要调取参数，获取自己所需的文件然后进行下一步操作即可
我们现在就来看下python的I/O流
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读取一个文件
我们以
1stp.pdb这个蛋白为例下载地址在这里：http://www.rcsb.org/structure/1STP
# 我们可以直接使用python自带的os函数打开
In [1]: f = open('1stp.pdb','r')
其基本形式为
f = open(文件名，打开模式)
各个参数的细节如下：
- 文件名：文件名是一个字符串值。
- 打开模式：只读（r），写入(w)，追加(w+)等。
这里有一份来源于菜鸟教程的，使用不同模式打开文件的说明
当然，你并不需要全文背诵，只需要知道几个常用值就好：
| 模式 | 描述 |
|---|---|
| t | 文本模式 (默认)。 |
| x | 写模式，新建一个文件，如果该文件已存在则会报错。 |
| b | 二进制模式。 |
| + | 打开一个文件进行更新(可读可写)。 |
| U | 通用换行模式（不推荐）。 |
| r | 以只读方式打开文件。文件的指针将会放在文件的开头。这是默认模式。 |
| rb | 以二进制格式打开一个文件用于只读。文件指针将会放在文件的开头。这是默认模式。一般用于非文本文件如图片等。 |
| r+ | 打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 |
| rb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。一般用于非文本文件如图片等。 |
| w | 打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。 |
| wb | 以二进制格式打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
| w+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。 |
| wb+ | 以二进制格式打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。 |
| a | 打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。也就是说，新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在，创建新文件进行写入。 |
| ab | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。也就是说，新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在，创建新文件进行写入。 |
| a+ | 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。文件打开时会是追加模式。如果该文件不存在，创建新文件用于读写。 |
| ab+ | 以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。如果该文件不存在，创建新文件用于读写。 |
在我们打开文本对象之后，下一步该做的就是提取字符串
In [4]: f_str = f.read()
In [5]: f_str[:300]
Out[5]: 'HEADER BIOTIN BINDING PROTEIN 12-MAR-92 1STP \nTITLE STRUCTURAL ORIGINS OF HIGH-AFFINITY BIOTIN BINDING TO STREPTAVIDIN \nCOMPND MOL_ID: 1; \nCOMPND 2 MOLECULE: STREPTAVIDIN COMPLEX WITH BIOTIN; '当执行完成操作之后记得要关闭此对象
In [6]: f.close()
此时，你便获取了一部分文字
现在就可以对其进行编辑，增加删除，然后输出
此时，我们需要再次打开一个写入对象
In [6]: f_new = open('out.pdb','w')
In [7]: f_new.write(f_str)
Out[7]: 119232
# 关闭对象
In [9]: f_new.close()