Materiale per il corso di "Big data e network tra fisica e biologia" del Piano lauree scientifiche 2016-2017, tenuto presso il dipartimento di Fisica dell'Università di Bologna
- Daniel Remondini
- Enrico Giampieri
In piena era post-genomica, oggigiorno è possibile accedere a enormi banche dati pubbliche contenenti informazioni genetiche e genomiche, quali la sequenza del DNA di migliaia di organismi e milioni di misure relative all’attività cellulare di geni, proteine, composti chimici sotto molteplici perturbazioni (patologie, agenti chimici e fisici). In questo panorama, il Laboratorio si propone di:
- fornire una panoramica su vari tipi di dati biologici high-throughput, descrivendo alcune delle principali questioni a cui si cerca di rispondere con essi;
- mostrare alcuni esempi pratici, descrivendo il ruolo delle metodologie fisiche e statistiche (“Big Data Analytics”, “Teoria dei Network”, “Processi Stocastici”) nel caratterizzare le proprietà di questi sistemi;
- fornire una chiave interpretativa alle analisi, inserendo i risultati in un contesto a network, e proponendo analogie con altre “strutture complesse” presenti nella vita di tutti i giorni, come il web e le reti sociali.
installare Python versione 3.5
lezione 1a - Introduzione a Python
Pensare da informatico, Versione Python; di Allen B. Downey, Jeffrey Elkner e Chris Meyers, Traduzione di Alessandro Pocaterra
http://www.python.it/doc/Howtothink/Howtothink-html-it/index.htm
- Nexus. Perché la natura, la società, l'economia, la comunicazione funzionano allo stesso modo; di Mark Buchanan
- Link. La scienza delle reti; di Albert-László Barabási
- L'atomo sociale. Il comportamento umano e le leggi della fisica; di Mark Buchanan
- Sincronia. I ritmi della natura, i nostri ritmi; di Steven Strogatz
- Caos. La nascita di una nuova scienza; di James Gleick
- La passeggiata dell'ubriaco. Le leggi scientifiche del caso; di Leonard Mlodinow e I. Katerinov