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Atelier du 2 avril 2020 - Notes / Matière brute

Présents : @ClementMayer, @bowni, @natct10, @SaboniAmine, @celinejacques, Anne-Sophie Cissey, Timothée Faucon, Cédric Meurée, Jeremie Abiteboul, Raphaelle Bertrand, Augustin Durivault, Anabelle Blangero, Timothé Delion, Grégory Chatel

Merci à tou.te.s !

Retrouvez les slides de la présentation.

Introduction et contexte

Substra Foundation

Démarche Data Science Responsable et de Confiance

Présentation aiVision et retour d'expérience

Présentation par Cédric Meurée, aiVision.

Présentation aiVision

  • Plateforme de télémédecine pour ophtalmologistes et orthoptistes
  • Solutions basées sur de l'intelligence artificielle pour l'aide au diagnostic (rétinopathie diabétique, DMLA, glaucome)

Pourquoi rejoindre les ateliers ?

  • Domaines d'activité
  • Convictions et intérêts personnels
  • Croissance de l'équipe aiVision : bon moment pour s'interroger sur bonnes pratiques à mettre en place
  • Visibilité et crédibilité pour l'entreprise : atout dans ce secteur d'activité

Revue des mesures

Revue de deux mesures par thème (afin de ne pas parcourir tout le référentiel) et de l'évaluation de ces données.

L'évaluation est sur une échelle de 0 à 5 - Les niveaux de maturité :

  • 0 : Mesure non implémentée / Pratique inexistante ou incomplète
  • 1 : Mesure en cours d'implémentation / Pratique informelle
  • 2 : Mesure implémentée nécessitant amélioration / Pratique répétable et suivie
  • 3 : Mesure implémentée / Processus défini
  • 4 : Mesure implémentée et contrôlée / Processus contrôlé
  • 5 : Mesure implémentée, contrôlée et optimisée / Processus en amélioration continue

Question : Sur l'utilisation de dataset de données publiques : quelles informations sont disponibles sur comment ils ont été élaborés ? Manière de prendre les photos, technologies, époques... ?

Des informations sont prises sur le dataset, beaucoup sont récents avec de l'information sur comment ils ont été constitués. Sur des dataset plus anciens, images segmentés à la main : moins d'informations disponibles.

Question : L'âge des patients est-il disponible sur toutes les données ?

Pour les jeux de données publiques, ils viennent souvent d'Amerique du nord et d'Indes : information disponible sur l'éthnie par exemple mais pas nécessairement l'âge.

L'information est présente sur les dataset d'études cliniques nécessaires pour valider les dispositifs médicaux. --> l'information est disponible plus facilement sur les datasets de test que d'entraînement.

Fairness metrics (BIA-03) : Certaines mesures ne sont pas pertinentes en fonction du domaine de l'organisation. Certaines mesures sont rédigées de manière trop ambiguë et il n'est pas facile de s'évaluer.

Question : DON-3 - évaluation d'aiVision de 4/5 : êtes vous en capacité de déterminer ce qu'il vous faut faire pour passer d'un processus défini à un processus contrôlé ?

Aujourd'hui, l'accompagnement est extérieur pour le projet. Nécessité d'internaliser la compétence / de s'approoprier les outils. Trop de dépendance à l'accompagnement.

Référence essentielle : Continous delivery for machine learning

Cette référence a été utilisée pour traiter un certain nombre de mesures.

Processus vs. Formalisation : Certaines mesures sont bien mises en place mais pas toujours documentées.

Réutilisation de modèle (exemple : transfer learning) : nécessité d'avoir la généalogie des modèles qui sont transférés. Forte complexité. Beaucoup de recherche et outil sur le sujet en cours.

Question : Avez-vous implémentés une boucle de feedback pour récupérer les retours des médecins/experts sur les prédictions?

En amont : validation de l'outil : besoin d'avoir plusieurs médecins qui notent les mêmes images puis croisement des résultats. Application de l'outil --> rapprochement entre le retour des médecins et l'outil. Cela est obligatoire pour validation réglementaire du dispositif.

Une fois que le modèle existe et mis en prod : pas de vérification mise en place à ce stade.

Référence intéressante : Calcul de l'impact CO2 en fonction de la plateforme, de la région - ML CO2 impact

Intérêt de l'exercie d'auto-évaluation

Points forts d'aiVision :

  • Démarrage dynamique CI/CD en ML : s'inscrire dans l'esprit des mesures de type généalogie des modèles
  • Mesures les plus avancées : suivi de projets individuels

Points d'amélioration :

  • Généraliser la documentation, au niveau de l'entreprise
  • Identifier et définir plus clairement les chaînes de responsabilités

=> aiVision considère que le bilan est très positif pour eux.

Question : Votre modèle principal étant du deep learning, qu'en est-il de l'interprétabilité / explicabilité des décisions ?

Inclure les probabilités de décisions - fournir les probas par classe en plus du diagnostique Mettre en place l'explication : quelle zone de l'image a aidé à faire le diagnostique. Travail également sur des analyses d'images plus classiques

Enseignements

L'outil est déjà utile ! Les points d'amélioration sont détaillés dans la présentation : certaines mesures vont être revues afin de résoudre ces différents problèmes.

Prochaines étapes et ouverture

D'autres organisations souhaitent s'auto-évaluer ? Dites-le-nous !

Retour d'aiVision sur l'auto-évaluation : cela permet de prendre du recul, de voir où on en est.

Temps pour réaliser l'évaluation : environ une demi-journée (vs x10h sur le référentiel de l'initiative de l'Union Européenne !)

La plateforme de self-assessment est en cours de travail.

Références à exlorer :

  • Initiative "Model Cards" de Google. Souvenir de toutes les étapes de la création d'un modèle --> à creuser pour les ressources.

  • Dataset Version Control Versioning de vos performances / datasets Outil de versioning de dataset pour la data science. Tagguer certains modèles en fonction des datasets utilisés.

Question : Les outils du framework open source Substra permettent-ils "par construction" d'obtenir de bonnes cotations selon le référentiel ? Quelles dimensions en particulier ?

Framework Substra : une des ressources parmi les nombreuses utiles pour les approches responsable et de confiance :

  • Tracabilité complète de toutes les opérations dans les projets : généalogie de bout en bout, historique intéressant pour l'audit / certification
  • Protection de la confidentialité de la donnée : projet de DS sans que les données ne bougent, uniquement les modèles et les algos. Risque pas zéro mais diminution de la surface d'exposition et de la nature du risque.
  • Performance : cadrage de la performance, nécessité de rentrer sa metric de performance + la séparation training test. Plus compliquer de p-hacker / data dredging.

Merci à tou.te.s

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Logs du tchat pendant l'atelier :

Nathanaël Cretin14:04 Bonjour tout le monde

Clément Mayer14:04 Hello :)

GREGORY CHATEL14:06 bonjour à tous

Clément Mayer14:06 Salut Grégory, on démarre dans une minute

Clément Mayer14:10 C'est par içi !

Nathanaël Cretin14:12 La prise de note est par ici : https://video.etherpad.com/p/9fv0-adsrc3?lang=fr

Nathanaël Cretin14:15 Les depots Github : https://github.com/SubstraFoundation

Nathanaël Cretin14:19 Le dépot du projet DSRC : https://github.com/SubstraFoundation/referentiel-ds-responsable-confiance

Nathanaël Cretin14:20 Documentation : https://substrafoundation.github.io

Nathanaël Cretin14:27 aiVision : https://www.aivision.health/

Vous14:28 Est-ce qu'il y a des questions pour Cédric sur aiVision ?

Annabelle Blangero14:29 c'est très clair

Vous14:29 Ok !

Nathanaël Cretin14:31 Le référentiel : https://github.com/SubstraFoundation/referentiel-ds-responsable-confiance/blob/master/referentiel_evaluation.md

Vous14:34 Les niveaux de maturité : 0 : Mesure non implémentée / Pratique inexistante ou incomplète 1 : Mesure en cours d'implémentation / Pratique informelle 2 : Mesure implémentée nécessitant amélioration / Pratique répétable et suivie 3 : Mesure implémentée / Processus défini 4 : Mesure implémentée et contrôlée / Processus contrôlé 5 : Mesure implémentée, contrôlée et optimisée / Processus en amélioration continue

Amine Saboni14:35 Pouvez vous déterminer quelles seraient les étapes pour arriver à 4/5? 4 sur 5 *

Clément Mayer14:37 je note la question pour en rediscuter dans la partie enseignement

Annabelle Blangero14:40 Tous les ages de patients dans les données?

GREGORY CHATEL14:40 Il me semble qu'il est possible de déterminer plusieurs informations démographique comme le genre, l'age, le body mass index. Un modèle pourrait apprendre à discriminer selon ces critères. Avez-vous pris ce genre d'information en compte dans votre étude ?

GREGORY CHATEL14:47 merci pour la réponse

Clément Mayer14:49 https://martinfowler.com/articles/cd4ml.html Continuous Delivery for Machine Learning

Annabelle Blangero14:50 merci pour le lien

Annabelle Blangero14:53 Vous avez implémentés une boucle de feedback pour récupérer les retours des médecins/experts sur les prédictions?

GREGORY CHATEL14:56 À quel point cette démarche de suivi de la construction du modèle et des dataset d'entrainement est couverte par l'initiative "Model Cards" de Google ? (https://modelcards.withgoogle.com/about)

Nathanaël Cretin14:56 Très clair !

Annabelle Blangero14:57 oui pour l'instant :) mais c'était aussi pour la mise en prod

GREGORY CHATEL14:57 (on peut aborder ma question plus tard durant les discussions, c'est un petit peu spécifique)

Annabelle Blangero14:58 ok!

Amine Saboni14:58 Même question que Grégory pour le versioning de vos performances / datasets : https://dvc.org

Nathanaël Cretin14:59 Looks good!

Vous14:59 Ok, merci pour ces références. Prenons un temps pour que vous en disiez chacun un mot tout à l'heure

Clément Mayer15:03 https://mlco2.github.io/impact/. mesure de l'impact du machine learning sur le CO2

Amine Saboni15:09 Bravo pour cet effort d'auto évaluation, ces retours sont très intéressants, merci à vous

Céline Jacques15:09 Bravo!! Super retour d'expérience !

Annabelle Blangero15:09 Votre modèle principal étant du deep learning, qu'en est-il de l'interprétabilité / explicabilité des décisions ?

Annabelle Blangero15:13 ok! merci

Tim F15:13 Merci Cédric!

Clément Mayer15:13 Merci Cédric !

Nathanaël Cretin15:13 Super présentation !

Nathanaël Cretin15:31 Du coup, combien de temps dure une évaliation ? *évaluation

Ok !

Timothé Delion15:33 Les outils du framework open source Substra permettent-ils "par construction" d'obtenir de bonnes cotations selon le référentiel ? Quelles dimensions en particulier ?

Amine Saboni15:37 Pour préciser ma question sur votre évaluation du DON-3 : êtes vous en capacité de déterminer ce qu'il vous faut faire pour passer d'un processus défini à un processus contrôlé ?

Nathanaël Cretin15:38 pas spécialement de mon côté

Amine Saboni15:40 Ok, merci

GREGORY CHATEL15:42 Merci pour l'organisation !

Nathanaël Cretin15:42 Vivement que l'on se retrouve irl

Annabelle Blangero15:42 c'était très intéressant merci beaucoup. Ma connection aujourd'hui n'est pas suffisamment bonne pour prendre la parole, mais on aura d'autres occasions :)

Cédric Meurée15:42 Merci de nous avoir proposé ce 1er test, et pour les questions

Jeremie Abiteboul15:43 merci pour l'organisation, et en espérant un atelier "physique" en juin

Nathanaël Cretin15:43 Pensez à mettre des étoiles sur Github \o/

Timothé Delion15:43 Merci beaucoup !

Amine Saboni15:43 Merci à vous, à bientôt !

Tim F15:43 Merci à toute l'équipe