-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathindex.html
670 lines (498 loc) · 22.9 KB
/
index.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Rakulised onkogeenid</title>
<meta charset="utf-8">
<meta name="author" content="Taavi Päll" />
<link href="libs/remark-css-0.0.1/example.css" rel="stylesheet" />
</head>
<body>
<textarea id="source">
class: center, middle, inverse, title-slide
# Rakulised onkogeenid
## Onkobioloogia
### Taavi Päll
### 2017/09/18
---
class: inverse, middle, center
# Recap
---
## Lihtsad retroviirused
transformeerivad kana ja hiire rakke läbi insertsioonilise mutageneesi
.pull-left[
<img src="http://o.quizlet.com/i.WMzcRr-oCjtmBh2GiwwA.png" width="200" style="display: block; margin: auto;" />
]
.pull-right[
<img src="http://o.quizlet.com/xJ0AWub9I3KjpnUom79whw.png" style="display: block; margin: auto;" />
]
---
## Inimese vähid kus esineb kõrge viirusekspressioon
<img src="assets/img/ncomms3513-f1.jpg" width="852" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[Pilt: [The landscape of viral expression and host gene fusion and adaptation in human cancer](http://www.nature.com/ncomms/2013/131001/ncomms3513/full/ncomms3513.html)
]
---
## Viiruse integratsioon on seotud märklaudgeenide ekspressiooni muutustega
<img src="https://images.nature.com/w926/nature-assets/ncomms/2013/131001/ncomms3513/images_hires/ncomms3513-f5.jpg" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[
Pilt: [The landscape of viral expression and host gene fusion and adaptation in human cancer](http://www.nature.com/ncomms/2013/131001/ncomms3513/full/ncomms3513.html)
]
---
## HPV16/18 põhjustab emakakaela kasvajaid
<img src="index_files/figure-html/cervical-1.svg" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[Bosch FX, Lorincz A, Muñoz N, et al. The causal relation between human papillomavirus and cervical cancer. J Clin Path 2002; 55(4):244-265.
]
---
class: inverse, middle, center
# Kuidas seletada vähi teket inimesel
---
## Endogeensed proviirused
Kas inimese vähkide eest võiksid vastutada genoomis olevad endogeensed retroviirused?
- Lähtudes retroviiruste elutsüklist, integreeruvad genoomi **endogeensete retroviirustena**,
- satuvad idutee rakkudesse ja muutuvad pärilikuks,
- enamasti vaikeolekus, ei transkribeeri oma geene,
- juhuslik ning harv aktiveerumine.
---
## Endogeensed proviirused hiirtel
- BrdU aktiveerib Akr liini hiirtel endogeensed retroviirused (*MLV, murine leukemia virus*)
- DNA metülatsioon eemaldatakse lookusest ja vaigistamine kaob
- Akr liini hiirtel on kaks lookust kuhu on integreerunud replikatsiooni-kompetentne MLV
- MLV produktsioon viib leukeemia tekkele.
<img src="http://www.jimmunol.org/content/192/4/1343/F1.large.jpg" width="460" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[Pilt: ~5% hiire genoomist sisaldab endogeenseid retroviirus järjestusi. [Endogenous Retroviruses and the Development of Cancer](http://www.jimmunol.org/content/192/4/1343.full)
]
---
## Inimese ERV-d... FUBAR
- 8% inimese genoomist pärineb retroviirustest, kuid
- inimese kasvajatest pole leitud retroviiruseid ega jälgigi nendest (pöörd-transkriptaas),
- inimese LTR-i sisaldavad järjestused on pärit vähemalt >5M aasta tagusest ajast,
- tugevasti muteerunud,
- mittefunktsionaalsed,
- läbinud geenitriivi ja fikseerunud (populatsioonis on kõigil identne lookus).
- HERV-K alamperekonnas on lookuseid millel on kõik ORF-id intaktsed, kuid viirust neilt ei toodeta ja neid pole ka vähkides leitud.
---
class:inverse, middle, center
# Onkogeenid tekivad ka viirustest sõltumatult
---
## Kui mitte viirused, siis mis tekitab vähki? Kartsinogeenid!
- Kartsinogeenid toimivad mutageenidena ja nende toimemehhanismiks on raku kasvukontrolli geenide muteerimine.
- Sellisteks kasvukontrolli geenideks võivad olla normaalsed raku geenid, sarnaselt retroviirustest leitud protoonkogeenidega.
<img src="http://www.artrepublic.com/attachments/image/469/21469/21469_400xscale_c.jpeg" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[
Pilt: artrepublic.com
]
---
## Keemilised kartsinogeenid kutsuvad esile kasvajaid
.pull-left[
<div class="figure" style="text-align: center">
<img src="http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/36/Yamagiwa.JPG/300px-Yamagiwa.JPG" alt="Katsusaburō Yamagiwa" height="320" />
<p class="caption">Katsusaburō Yamagiwa</p>
</div>
]
.pull-right[
- `\(1915.\)` aastal demonstreeris pigi kartsinogeense toime
- pintseldas küüliku kõrvu igapäevaselt pigiga,
- mitu kuud hiljem moodustus lamerakuline kartsinoom.
]
---
## Kartsinogeenid toimivad mutageenidena
- Tugevalt mutageensed ühendid on ka tugevalt kartsinogeensed (nt. aflatoksiin B1, benso(a)püreen).
- Füüsilise või keemilise kartsinogeeni poolt transformeerunud rakud kannavad muteerunud geene e. onkogeene, mis rikuvad normaalse kasvukontrolli.
---
## DNA transfektsioon võimaldas isoleerida mitte-viraalsed onkogeenid
.pull-left[
- Hiire C3HT1/2 rakke transformeeriti 3-metüülkolantreeni (3-ME, MCA) abil,
- transformeerunud rakkudest isoleeriti genoomne DNA,
- eraldatud DNA transformeeriti mitte-tumorigeensetesse NIH3T3 rakkudesse,
- isoleeriti kolooniad mis olid transformeerunud ja tumorigeensed.
- *Sama loogika toimib ka inimese vähirakkudest eraldatud DNA korral.*
]
.pull-right[
<img src="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK190612/bin/ch6fu3.jpg" height="320" style="display: block; margin: auto;" />
]
.footer[Pilt: Sue Weil, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
]
---
## DNA transfektsioon võimaldas isoleerida mitte-viraalsed onkogeenid, järg
Kas transformeerunud raku DNA-ga transformeerumisel läheb retsipientrakku sisse üks või mitu onkogeeni?
- Transformeerunud rakkude genoomse DNA fragmentide transfekteerimisel läheb rakku sisse 0.1% doonor DNA-d.
- Tõenäosus, et kaks lingitud geeni satuvad ühte rakku on $$10^{-3} \times 10^{-3} = 10^{-6} $$
- Selline tõenäosus on piisavalt väike väitmaks, et "1 onkogeen = 1 transformeerunud rakk/koloonia"
---
## Retroviiruste poolt aktiveeritud onkogeenid on samad mis mitte-viraalsete kartsinogeenide aktiveeritud
- Harvey roti sarkoomiviiruse H-ras proov hübridiseerub inimese kusepõie kartsinoomi DNA-ga transfekteeritud NIH3T3 rakkude genoomsele DNA-le ([Parada et al., 1982](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6283357): paremal).
.pull-left[
<img src="http://missinglink.ucsf.edu/lm/molecularmethods/images/blotting_clip_image001.gif" width="240" style="display: block; margin: auto;" />
]
.pull-right[
<img src="http://o.quizlet.com/xr9WvHaD36Lp0zMgy4XrtQ_m.png" style="display: block; margin: auto;" />
]
---
## Inimese vähkide retroviraalsed onkogeenid
<table class="table table-striped" style="font-size: 12px; ">
<thead><tr>
<th style="text-align:left;"> Viirus </th>
<th style="text-align:left;"> Liik </th>
<th style="text-align:left;"> Onkogeen </th>
<th style="text-align:left;"> Onkovalk </th>
<th style="text-align:left;"> Inimese kasvaja </th>
</tr></thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Rousi sarkoom </td>
<td style="text-align:left;"> kana </td>
<td style="text-align:left;"> src </td>
<td style="text-align:left;"> mitte-retseptor TK </td>
<td style="text-align:left;"> käärsoole vähk </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Abelsoni leukeemia </td>
<td style="text-align:left;"> hiir </td>
<td style="text-align:left;"> abl </td>
<td style="text-align:left;"> mitte-retseptor TK </td>
<td style="text-align:left;"> CML </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Lindude erütroblastoos </td>
<td style="text-align:left;"> hiir </td>
<td style="text-align:left;"> erbB </td>
<td style="text-align:left;"> retseptor TK </td>
<td style="text-align:left;"> mao-, kopsu- ja rinnavähk </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> McDonough' kassi sarkoom </td>
<td style="text-align:left;"> kass </td>
<td style="text-align:left;"> fms </td>
<td style="text-align:left;"> retseptor TK </td>
<td style="text-align:left;"> AML </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Hardy-Zuckerman kassi viirus </td>
<td style="text-align:left;"> kass </td>
<td style="text-align:left;"> kit </td>
<td style="text-align:left;"> retseptor TK </td>
<td style="text-align:left;"> GI strooma vähk </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Hiire sarkoom 3611 </td>
<td style="text-align:left;"> hiir </td>
<td style="text-align:left;"> raf </td>
<td style="text-align:left;"> Ser/Thr kinaas </td>
<td style="text-align:left;"> kusepõie kartsinoom </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Simian sarcoma </td>
<td style="text-align:left;"> ahv </td>
<td style="text-align:left;"> sis </td>
<td style="text-align:left;"> kasvufaktor (PDGF) </td>
<td style="text-align:left;"> erinevad vähid </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Harvey' sarkoom </td>
<td style="text-align:left;"> hiir/rott </td>
<td style="text-align:left;"> H-ras </td>
<td style="text-align:left;"> väike G-valk </td>
<td style="text-align:left;"> kusepõie kartsinoom </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Kirsten'i sarkoom </td>
<td style="text-align:left;"> hiir/rott </td>
<td style="text-align:left;"> K-ras </td>
<td style="text-align:left;"> väike G-valk </td>
<td style="text-align:left;"> erinevad vähid </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Lindude erütroblastoos E26 </td>
<td style="text-align:left;"> kana </td>
<td style="text-align:left;"> ets </td>
<td style="text-align:left;"> transkriptsioonifaktor </td>
<td style="text-align:left;"> leukeemia </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Lindude müelotsütoom </td>
<td style="text-align:left;"> kana </td>
<td style="text-align:left;"> myc </td>
<td style="text-align:left;"> transkriptsioonifaktor </td>
<td style="text-align:left;"> erinevad vähid </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> Retikuloendotelioos </td>
<td style="text-align:left;"> kalkun </td>
<td style="text-align:left;"> rel </td>
<td style="text-align:left;"> transkriptsioonifaktor </td>
<td style="text-align:left;"> lümfoom </td>
</tr>
</tbody>
</table>
---
## erbB2/neu onkogeeni amplifikatsioon rinnakasvajates
- `\(1987.\)` a. kirjeldati, seos erbB2/neu geeni amplifikatsiooni ja rinnavähi elulemuse ning relapsi vahel.
.pull-left[
<img src="assets/img/erbB2_amplif_Slamon1987.png" width="200" style="display: block; margin: auto;" /><img src="assets/img/erbB2_surv_Slamon1987.png" width="200" style="display: block; margin: auto;" />
]
.pull-right[
<img src="http://o.quizlet.com/4hKzpWIbUoXVlJBgORKAdQ.png" width="260" style="display: block; margin: auto;" />
]
.footer[
Slamon DJ, Clark GM, Wong SG, Levin WJ, Ullrich A, McGuire WLHuman breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the HER-2/neu oncogene. Science 235: 177-182.
]
---
class: inverse, middle, center
# Kuidas saab normaalsest valgust onkogeen?
---
## Protoonkogeenide aktivatsioon
Protoonkogeenide aktivatsioon toimub läbi kahte tüüpi geneetiliste muutuste:
- valguekspressiooni mõjutavad muutused
- valgu struktuuri mõjutavad muutused
---
## Valguekspressiooni mõjutavad muutused
- Normaalsetes rakkudes on protoonkogeeni ekspressioon kas alla või ülesse reguleeritud omaenda promootori poolt vastusena füsioloogilistele signaalidele
- Retroviirusega seotud onkogeenide puhul läheb geen raku kontrolli alt viiruse kontrolli alla
- c-myc ekspressioon on füsioloogilistes tingimustes kasvufaktorite kontrolli all
- AMV (Avian Myeoloblastosis Virus) genoomis hakatakse aga v-myc järjestust konstitutiivselt kõrgelt ekspresseerima, sõltumata füsioloogilistest signaalidest mis seda geeni varem reguleerisid.
---
## Valgu struktuuri mõjutavad muutused
.pull-left[
- H-ras isoleeriti inimese kusepõie kartsinoomist,
- H-ras ei olnud amplifitseerunud!,
- sekveneerimine näitas somaatilist G->T punktmutatsiooni, mis oli täiesti piisav et H-ras onkogeeniks muuta
- Vähides esinev mutatsioon koodonites 12 või 61 (G12V) muudab Ras-i konstitutiivselt aktiivseks rikkudes Ras-i GTPasse aktiivsuse
]
.pull-right[
<img src="assets/img/ha-rasG12V.png" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
]
.footer[Clifford J. Tabin, Scott M. Bradley, Cornelia I. Bargmann, Robert A. Weinberg, Alex G. Papageorge, Edward M. Scolnick, Ravi Dhar, Douglas R. Lowy & Esther H. Chang. Mechanism of activation of a human oncogene. Nature 300, 143 - 149 (11 November 1982); doi:10.1038/300143a0
]
---
## Ras perekonna geenid on vähkides ühed sagedamini muteerunud
<table class="table table-striped" style="font-size: 12px; ">
<thead><tr>
<th style="text-align:left;"> Vähipaige/tüüp </th>
<th style="text-align:left;"> % muteerunud RAS geeniga (homoloog) </th>
</tr></thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align:left;"> kõhunääre </td>
<td style="text-align:left;"> 90 (K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> kilpnääre (papillaarne) </td>
<td style="text-align:left;"> 60 (H,K,N) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> kilpnääre (follikulaarne) </td>
<td style="text-align:left;"> 55 (H,K,N) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> käärsool </td>
<td style="text-align:left;"> 45 (K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> seminoom </td>
<td style="text-align:left;"> 45 (K,N) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> müelodüsplaasia </td>
<td style="text-align:left;"> 40 (N,K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> kops (mitte-väikserakuline) </td>
<td style="text-align:left;"> 35 (K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> AML </td>
<td style="text-align:left;"> 30 (N) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> maks </td>
<td style="text-align:left;"> 30 (N) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> melanoom </td>
<td style="text-align:left;"> 15 (K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> kusepõis </td>
<td style="text-align:left;"> 10 (K) </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> neer </td>
<td style="text-align:left;"> 10 (H) </td>
</tr>
</tbody>
</table>
---
## Onkogeenide aktivatsioonimehhanismid
- Regulatoorsed (protoonkogeeni amplifikatsioon, tuumorsupressorgeeni deletsioon)
- Struktuursed (mutatsioonid)
- Regulatoorsed `\(\times\)` Struktuursed
<img src="http://www.nature.com/ng/journal/v45/n10/images/ng.2762-F2.jpg" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
.footer[
[Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers](http://www.nature.com/ng/journal/v45/n10/full/ng.2762.html)
]
---
# c-MYC aktivatsiooni mehhanismid
Kolm mehhanismi, kõik regulatoorsed:
- proviiruse integratsioon (linnud),
- geeni amplifikatsioon (inimene),
- kromosomaalsed translokatsioonid.
---
## N-MYC amplifikatsioon pärilikes neuroblastoomides
.pull-left[
Kahte tüüpi amplifikatsioone
- HSR, homogeenselt värvuvad piirkonnad
- DM, *double minutes*: kromosoomi välised partiklid
- amplifikatsioonid on bimodaalsed 10-30 koopiat ja 100-150 koopiat
- lisaks neuroblastoomidele ka teistes neuroektodermaal kasvajates, astrotsütoomid, glioomid, ka väikse-rakulises kopsukasvajas.
]
.pull-right[
*HSR* ja *double minutes* (nooled)
<img src="http://streaming.cineca.it/sestri/courses/cancgen/img/Maris/image053.jpg" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
]
---
## Sagedamini amplifitseerunud genoomipiirkonnad
.pull-left[
<img src="http://www.nature.com/ng/journal/v45/n10/images/ng.2760-F3.jpg" width="240" style="display: block; margin: auto;" />
]
.pull-right[
Top 10 korduvad koopiaarvu muutused (SCNA):
<table class="table table-striped" style="font-size: 12px; ">
<thead><tr>
<th style="text-align:left;"> Geen </th>
<th style="text-align:left;"> Funktsioon </th>
</tr></thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align:left;"> CCND1 </td>
<td style="text-align:left;"> G1 tsükliin </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> EGFR </td>
<td style="text-align:left;"> TK retseptor </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> MYC </td>
<td style="text-align:left;"> transkripts. faktor </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> ERBB2 </td>
<td style="text-align:left;"> TK retseptor </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> CCNE1 </td>
<td style="text-align:left;"> G1 tsükliin </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> MCL1 </td>
<td style="text-align:left;"> anti-apoptootiline valk </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> MDM2 </td>
<td style="text-align:left;"> p53 E3 ubikvitiini ligaas </td>
</tr>
</tbody>
</table>
]
.footer[Pan-cancer patterns of somatic copy number alteration. Travis I Zack, Steven E Schumacher, Scott L Carter, Andrew D Cherniack, Gordon Saksena, Barbara Tabak, Michael S Lawrence, Cheng-Zhong Zhang, Jeremiah Wala, Craig H Mermel, Carrie Sougnez, Stacey B Gabriel, Bryan Hernandez, Hui Shen, Peter W Laird, Gad Getz, Matthew Meyerson & Rameen Beroukhim Nature Genetics 45, 1134–1140 (2013) doi:10.1038/ng.2760
]
---
## MYC translokatsioon Burkitti lümfoomides
MYC aktivatsioon translokatsioonilise mehhanismi teel
.pull-left[
- c-myc geene translokeeritakse immunoglobuliini lookusesse kõigis BL.
- Immunoglobulin raske ahel IgH 80%,
`\(\kappa\)` või `\(\lambda\)` kerge ahel, kumbagi 10%.
<table class="table table-striped" style="font-size: 12px; ">
<thead><tr>
<th style="text-align:left;"> Translokatsioon </th>
<th style="text-align:left;"> Fuusion </th>
<th style="text-align:left;"> Sagedus </th>
</tr></thead>
<tbody>
<tr>
<td style="text-align:left;"> t(8;14)(q24;q32) </td>
<td style="text-align:left;"> IGH/MYC </td>
<td style="text-align:left;"> 80% </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> t(2;8)(p12;q24) </td>
<td style="text-align:left;"> IGK/MYC </td>
<td style="text-align:left;"> 10% </td>
</tr>
<tr>
<td style="text-align:left;"> t(8;22)(q24;q11) </td>
<td style="text-align:left;"> IGL/MYC </td>
<td style="text-align:left;"> 10% </td>
</tr>
</tbody>
</table>
]
.pull-right[
<img src="http://www.nature.com/nature/journal/v421/n6921/images/nature01409-f3.2.jpg" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
]
---
## EGFR ligand-sõltumatu signalisatsioon
Mao- ja rinna kartsinoomides, glioblastoomides
<img src="http://www.cell.com/cms/attachment/2009273090/2032282083/gr1.jpg" style="display: block; margin: auto;" />
---
## BCR-ABL translokatsioon
Leukeemiates ja lümfoomides
<img src="http://img.medscape.com/fullsize/migrated/580/426/era580426.fig1.gif" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
class: middle
## Kokkuvõte
- **Onkogeen** on geen mis võib potentsiaalselt vähki tekitada ja vähkides on nad muteerunud või ekspresseeritud ebanormaalselt kõrgel tasemel.
- **Protoonkogeen** on normaalne geen mis võib muutuda onkogeeniks.
---
class: inverse, middle, center
# Lingid teistele loengutele
---
class: middle, inverse
.pull-left[
- [Sissejuhatav loeng](http://tpall.github.io/onkobioloogia)
- [Onkoviirused](http://tpall.github.io/Onkoviirused)
- [Onkogeenid](http://tpall.github.io/Onkogeenid)
- [Retseptorid](http://tpall.github.io/Retseptorid)
- [Signaalirajad](http://tpall.github.io/Signaalirajad)
- [Tuumorsupressorgeenid](http://tpall.github.io/Tuumorsupressorid)
- [Rakutsüklikontroll](http://tpall.github.io/Rakutsyklikontroll)
]
.pull-right[
- [p53 ja apoptoos](http://tpall.github.io/p53-ja-apoptoos)
- [Immortalisatsioon](http://tpall.github.io/Immortalisatsioon)
- [Tumorigenees](http://tpall.github.io/Tumorigenees)
- [Genoomiterviklikkus](http://tpall.github.io/Genoomiterviklikkus)
- [Mikrokeskkond](http://tpall.github.io/Mikrokeskkond)
- [Metastaasid](http://tpall.github.io/Metastaas)
- [Immuunsus](http://tpall.github.io/Immuunsus)
- [Vahiravim](http://tpall.github.io/Vahiravim)
]
GitHub repo: https://github.com/tpall/Onkogeenid
</textarea>
<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
<script>var slideshow = remark.create({
"highlightStyle": "github",
"highlightLines": true,
"countIncrementalSlides": false
});
if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {window.dispatchEvent(new Event('resize'));});
(function() {var d = document, s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler"); if (!r) return; s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }"; d.head.appendChild(s);})();</script>
<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Config({
tex2jax: {
skipTags: ['script', 'noscript', 'style', 'textarea', 'pre']
}
});
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement('script');
script.type = 'text/javascript';
script.src = 'https://cdn.bootcss.com/mathjax/2.7.1/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
script.src = script.src.replace(/^https?:/, '');
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>