- Matematica (sintassi)
+ Matematica e formule (sintassi)
-
La sintassi per scrivere matematica è stata rubata da LaTeX (il cui strumento di render MathJax). Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata inline, racchiuderla tra i segni del dollaro.
+
La sintassi per scrivere matematichese è stata rubata da LaTeX (il cui strumento di render è MathJax). Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata inline, racchiudila tra i segni del dollaro.
- Questo: $A = \pi*r^{2}$ Diventa: \(A = \pi*r^{2}\)
-
Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata in un blocco, racchiuderla tra due segni di dollaro.
+
Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata in un blocco, racchiudila tra due segni di dollaro.
Questo: $$A = \pi*r^{2}$$
Diventa:
\[A = \pi*r^{2}\]
@@ -458,7 +458,7 @@
Collegamenti ipertestuali
Note a piè di pagina
Commenti
-
Matematica (sintassi)
+
Matematica e formule (sintassi)
Pezzi di configurazione: configurazione, immagini, grafici
Comprese le immagini
Mettere i grafici
diff --git a/docs/search.json b/docs/search.json
index 81c982c..2a222f1 100644
--- a/docs/search.json
+++ b/docs/search.json
@@ -1 +1 @@
-[{"path":"index.html","id":"benvenuto","chapter":"Benvenuto!","heading":"Benvenuto!","text":"Benvenuti nell’output di bs4 dal template di tesi cattolicadown per R Markdown.\nPer visualizzare/scaricare l’output PDF, clicca qui (o fai clic sull’immagine di copertina).\nDivertiti, ma impara!dr. Niccolò Salvini\n5 Luglio 2022","code":""},{"path":"index.html","id":"abstract","chapter":"Benvenuto!","heading":"Abstract","text":"Questo template R Markdown serve per scrivere una tesi dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di tutte le sedi, di tutti corsi di laurea.\nIl template è costruito usando il pacchetto bookdown di Yihui Xie, con una forte ispirazione da thesisdown di Chester Ismay e dal template OxThesis (più recentemente riadattato da John McManigle).Il contenuto di esempio di questo template include illustrazioni su come scrivere una tesi R Markdown e segue gran parte la struttura di questo workshop R Markdown cura di un ricercatore dell’università di Oxford, da cui ho presto molta ispirazione.Congratulazioni per aver fatto un ulteriore passo avanti nelle terre della scienza open e riproducibile utilizzando uno strumento sottovalutato che ti consente di includere modo trasparente tabelle e grafici generati direttamente dai dati sottostanti.","code":""},{"path":"index.html","id":"ringraziamenti","chapter":"Benvenuto!","heading":"Ringraziamenti","text":"È qui che normalmente ringrazierai il tuo relator* /correlator, collegh, la famiglia e gli amici, nonché finanziamenti e il supporto istituzionale. Nel nostro caso, daremo le tesseremo le lodi alle persone che hanno sviluppato le idee e gli strumenti che ci consentono di spingere la scienza aperta un piccolo passo avanti scrivendo tesi trasparenti e riproducibili R Markdown.Dobbiamo essere grati John Gruber per aver inventato la versione originale di Markdown, John MacFarlane per aver creato Pandoc (http://pandoc.org) che converte Markdown un gran numero di formati di output e Yihui Xie per aver creato knitr che ha introdotto R Markdown come un modo per incorporare il codice nei documenti Markdown e bookdown che ha aggiunto strumenti per la scrittura tecnica forma più estesa.Un ringraziamento speciale Chester Ismay, che ha creato il pacchetto thesisdown che ha aiutato molti dottorandi scrivere le loro tesi R Markdown.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"introduzione","chapter":"Introduzione","heading":"Introduzione","text":"Benvenuto cattolicadown (lyngscattolicadown2019?), un template di tesi per R Markdown che ho creato per laureandi dell’Università Cattolica del Sacro Cuore (per tutte le sedi, per tutte le lauree).\nQuesto template ti consente di scrivere tutta la tesi R Markdown, mentre formatti l’.output PDF con il bellissimo e collaudato OxThesis LaTeX template.\nQuesto è un contributo, parte adattato ed open source che si ispira thesisdown.Si spera che scrivere la tua tesi R Markdown fornisca un’interfaccia migliore per latex (OxThesis se non hai mai usato TeX o LaTeX) togliendoti l’impiccio di impararlo da capo.\nAncora più importante, R Markdown ti consente di incorporare blocchi di codice ’interno della tua tesi e generare grafici e tabelle direttamente dai dati sottostanti, evitando passaggi di copia e incolla.\nQuesto ti fa prendere l’abitudine di fare ricerche riproducibili, il che ti beneficerà lungo termine come ricercatore o analista, e aiuterà anche chiunque stia cercando di riprodurre o sviluppare tuoi risultati.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"perché-usarlo","chapter":"Introduzione","heading":"Perché usarlo?","text":"R Markdown crea un modo semplice e diretto per interfacciarsi con la bellezza di LaTeX.\npacchetti sono stati scritti R per lavorare direttamente con LaTeX per produrre tabelle e paragrafi ben formattati.\nOltre creare un’interfaccia intuitiva per LaTeX, R Markdown ti consente di leggere tuoi dati, analizzarli e visualizzarli usando R, Python o altri linguaggi e fornire documentazione e commenti sui risultati del tuo progetto.\nInoltre, consente di passare risultati dell’output del codice linea al commento dei risultati.\nVedrai di più su questo più avanti, concentrandoti su R.\nSe ti piace di più Python o qualcos’altro, puoi comunque usare R Markdown - vedi ‘language engine’ [R Markdown: Definitive Guide] di Yihui Xie (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/language-engines.html).L’uso di LaTeX insieme Markdown è più coerente dell’output di un qualsiasi altro text editor, molto meno soggetto danneggiamento o arresto anomalo e il file risultante è più piccolo di un file di Word.\nAnche se potresti non aver mai avuto problemi con Word passato, è probabile che la tua tesi sarà circa due volte più grande e complessa di qualsiasi cosa tu abbia scritto prima, mettendo dura prova le capacità di Word.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"chi-lo-dovrebbe-usare","chapter":"Introduzione","heading":"Chi lo dovrebbe usare?","text":"Chiunque abbia bisogno di utilizzare l’analisi dei dati, la matematica, le tabelle, molte cifre, riferimenti incrociati complessi o che si preoccupa solo della riproducibilità nella ricerca può trarre vantaggio dall’utilizzo di R Markdown.\nSe stai lavorando campi “più morbidi”, la natura user-friendly della sintassi Markdown e la sua capacità di tenere traccia e includere facilmente le figure, generano automaticamente un sommario, indice, riferimenti, sommario, ecc. dovrebbe comunque renderlo di grande beneficio per il tuo progetto di tesi.Inoltre se deciderai di ospitare files della tua tesi tramite git una cartella Github, offrirai al tu* relatore/correlat* la possiblità di farti fare una PR (pull request) sul codice che genera sia il testo, sia le analisi, sia la formattazione. Questo permetterà ad entrambe di tenere traccia dei cambiamenti, dello sviluppo e limitare l’antipatia del ping-pong delle versioni, come “final.docx”, “final-final.docx” e “davvero-ultimo-final.docx”","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"come-si-usa","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1 Come si usa?","text":"","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"qual-è-la-struttura-di-cattolicadown","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1 Qual è la struttura di cattolicadown","text":"","code":".\n+-- index.Rmd\n+-- _bookdown.yml\n+-- 00-introduction.Rmd\n| ...\n+-- 07-conclusion.Rmd\n+-- front-and-back-matter\n| +-- _abstract.Rmd\n| +-- 98-appendices.Rmd\n| ...\n+-- bibliography\n| +-- references.bib\n| ...\n+-- figures\n| ...\n+-- docs\n| +-- _main.pdf\n| ...\n+-- scripts_and_filters\n| +-- knit-functions.R\n| ...\n+-- templates\n| +-- template.tex\n| ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"index.rmd-opzioni-di-metadata-e-layout","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.1 index.Rmd: opzioni di metadata e layout","text":"index.Rmd setti la configurazione della tesi e.g., titolo, nome dell’autoreIn più setta percorsi che puntano al tuo abtract, abbreviazioni e bibliografia (ne puoi mettere anche più di uno di file .bib):Infine, index.Rmd è anche il luogo cui puoi personalizzare le opzioni di layout.\nAd esempio, nell’output PDF cosa dovrebbe dire l’intestazione della sezione bibliografica?\nCome devono essere posizionati numeri di pagina?\nDevono essere visualizzati numeri di riga?\nNell’output HTML, quali file CSS dovrebbero essere utilizzati per lo stile?","code":"title: |\n `cattolicadown`: \\\n An UCSC Thesis \\\n Template based on R Markdown\nauthor: Tuo Nome\ncollege: YTua Scuolaabstract: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_abstract.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\nacknowledgements: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_acknowledgements.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\ndedication: For Yihui Xie\nabbreviations: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_abbreviations.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\n\n#######################\n## bibliography path ##\n#######################\nbibliography: [bibliography/references.bib, bibliography/additional-references.bib]### citation and bibliography style ###\nbibliography-heading-in-pdf: Works Cited\n...\n\n### position of page numbers ###\nordinary-page-number-foot-or-head: foot #'foot' puts page number in footer, 'head' in header\nordinary-page-number-position: C\n...\n\nincludeline-num: false #show line numbering in PDF?\n...\n\n bookdown::bs4_book: \n css: \n - templates/bs4_style.css\n - templates/corrections.css # remove to stop highlighting corrections"},{"path":"come-si-usa.html","id":"altri-.rmd-files-nella-root-i-capitoli-della-tesi","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.2 altri .Rmd files nella root: i capitoli della tesi","text":"ogni capitolo della tua tesi dovrebbe avere il proprio file .Rmd nella directory principaleogni capitolo della tua tesi dovrebbe avere il proprio file .Rmd nella directory principalequando lavori maglia index.Rmd, questi capitoli vengono uniti ordine alfabetico, base ai nomi dei filequando lavori maglia index.Rmd, questi capitoli vengono uniti ordine alfabetico, base ai nomi dei file","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"front-and-back-matter","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.3 front-and-back-matter/","text":"questa cartella contiene il fronte e il retro della tua tesiquesta cartella contiene il fronte e il retro della tua tesiha file .Rmd per il tuo abstract, riconoscimenti, abbreviazioni e una nota di benvenuto che è inclusa nell’output HTML.\nNota come questi file iniziano con un trattino basso (ad es. _abstract.Rmd).\nCiò significa che non verranno automaticamente uniti alla tesi: sono esplicitamente inclusi index.Rmdha file .Rmd per il tuo abstract, riconoscimenti, abbreviazioni e una nota di benvenuto che è inclusa nell’output HTML.Nota come questi file iniziano con un trattino basso (ad es. _abstract.Rmd).\nCiò significa che non verranno automaticamente uniti alla tesi: sono esplicitamente inclusi index.Rmd98-appendices e 99-references.Rmd vengono automaticamente uniti nella tesi - quindi loro nomi di file iniziano con un numero alto (è una naming cinvention dei files comune R), modo che saranno inclusi alla fine (l’unione viene eseguita ordine alfabetico). Dubito tu abbia più di 99 capitoli per tesi, ma se tu ce l’avessi sentiti libero di mettere 99999999.98-appendices e 99-references.Rmd vengono automaticamente uniti nella tesi - quindi loro nomi di file iniziano con un numero alto (è una naming cinvention dei files comune R), modo che saranno inclusi alla fine (l’unione viene eseguita ordine alfabetico). Dubito tu abbia più di 99 capitoli per tesi, ma se tu ce l’avessi sentiti libero di mettere 99999999.99-references.Rmd: il suo unico scopo è impostare l’intestazione per la sezione dei riferimenti nell’output di HTML e Word.99-references.Rmd: il suo unico scopo è impostare l’intestazione per la sezione dei riferimenti nell’output di HTML e Word.","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"bookdown.yml-opzioni-di-build","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.4 _bookdown.yml: opzioni di build","text":"Imposta la directory di output per file della tua tesi (docs/ è l’impostazione predefinita, poiché semplifica la pubblicazione dell’output HTML sulle pagine GitHub)Imposta la directory di output per file della tua tesi (docs/ è l’impostazione predefinita, poiché semplifica la pubblicazione dell’output HTML sulle pagine GitHub)R Markdown dovrebbe unire automaticamente file .Rmd ordine alfabetico?\nalternativa, specificare esplicitamente quali file devono essere inclusi.R Markdown dovrebbe unire automaticamente file .Rmd ordine alfabetico?\nalternativa, specificare esplicitamente quali file devono essere inclusi.","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"scripts-and-filters","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.5 scripts-and-filters","text":"knit-function.R ha le funzioni che vengono utilizzate quando costruisci l’intera tesi facendo knit dell’ index.Rmdknit-function.R ha le funzioni che vengono utilizzate quando costruisci l’intera tesi facendo knit dell’ index.Rmdcreate_chunk_options.R ti consente di includere citazioni ’inizio di un capitolo nell’output PDFcreate_chunk_options.R ti consente di includere citazioni ’inizio di un capitolo nell’output PDFcolour_and_highlight.lua ti consente di colorare il testo o applicare il colore di sfondo al testocolour_and_highlight.lua ti consente di colorare il testo o applicare il colore di sfondo al testo","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"templates","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.6 templates","text":"template.tex è il modello LaTeX utilizzato per costruire l’intera tesi PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)template.tex è il modello LaTeX utilizzato per costruire l’intera tesi PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)brief-template.tex è il modello LaTeX utilizzato per creare un singolo capitolo PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)brief-template.tex è il modello LaTeX utilizzato per creare un singolo capitolo PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)beltcrest.pdf: il logo oxford utilizzato sulla prima pagina dell’output PDFbeltcrest.pdf: il logo oxford utilizzato sulla prima pagina dell’output PDF","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"build-dellintera-tesi","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2 Build dell’intera tesi","text":"Costruisci l’intera tesi aprendo index.Rmd e facendo clic sul pulsante ‘knit’.file di tesi generati vengono salvati nella cartella docs/Per scegliere formati di output, vai ’inizio dell’intestazione YAML di index.Rmd e modifica la riga thesis_formats <- \"pdf\"; nel formato desiderato (le opzioni sono “pdf”, “bs4”, “gitbook” e “word”)Puoi creare più formati contemporaneamente con, ad esempio, thesis_formats <- c(\"pdf\", \"bs4\", \"word\")Se vuoi personalizzare la funzione build, modifica scripts_and_filters/knit-functions.R","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"pdf-output","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.1 PDF output","text":"Quando crei l’intera tesi PDF, Latex genera un intero gruppo di file ausiliari: questi vengono automaticamente rimossi al termine del processo di creazione dalla funzione di unione personalizzata che viene utilizzata quando lavori maglia index.Rmd.Per modificare il modo cui viene eseguita questa rimozione, modifica scripts_and_filters/knit-functions.R.\nLa riga file.remove(list.files(pattern = \"*\\\\.(log|mtc\\\\d*|maf|aux|bcf|lof|lot||toc)$\")) ’interno di ( \"pdf\" %% output_format){ è quello che rimuove file dopo la generazione dell’output PDF.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"pdf\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"bs4-book-output-html","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.2 BS4 book output (HTML)","text":"NOTA: l’output del libro bs4 richiede pacchetti R downlit e bslib (installali con install.packages)Nota anche che per distribuire un libro BS4 su GitHub Pages, ci deve essere un file .nojekyll nella cartella docs/, altrimenti GitHub fa della magia nera che fa sì che alcuni percorsi di file non funzionino. Questo file è generato automaticamente dfacendo knit cattolicadown.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"bs4\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"gitbook-output-html","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.3 Gitbook output (HTML)","text":"Nota anche che per distribuire un libro gitbook su GitHub Pages, ci deve essere un file .nojekyll nella cartella docs/, altrimenti GitHub fa della magia nera che fa sì che alcuni percorsi di file non funzionino. Questo file è generato automaticamente dfacendo knit cattolicadown.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"gitbook\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"word-output","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.4 Word output","text":"Nota che l’output di Word non ha modelli dietro e molte cose non funzionano (ad es. rotazione dell’immagine, correzioni di evidenziazione). Incoraggio le richieste pull che ottimizzano l’output di Word, ad es. utilizzando gli strumenti del pacchetto officer.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"word\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"fare-build-di-un-singolo-capitolo","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.3 Fare build di un singolo capitolo","text":"Per fare knit di un singolo capitolo senza compilare l’intera tesi:aprire il file .Rmd di un capitoloaggiungi un’intestazione YAML specificando formati di output (ad es. bookdown::word_document2 per un documento Word per cui potresti voler caricare su Google Docs e ricevere il feedback de* correlator* /relator* /collaborator*)fare clic sul pulsante knit (il file di output viene quindi salvato nella cartella principale)Come mostrato nelle intestazioni YAML dei capitoli di esempio, per generare un singolo capitolo PDF, utilizzare:file templates/brief_template.tex formats chapter OxThesis style without including front matter (table contents, abstract, etc).","code":"output:\n bookdown::pdf_document2:\n template: templates/brief_template.tex\n citation_package: biblatex\ndocumentclass: book\nbibliography: references.bib"},{"path":"come-si-usa.html","id":"usare-_common.r","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.4 usare _common.R","text":"il file _common.R serve raccogliere gli script che desideri eseguire prima del knit di ciascun capitolo. Alcune scelte ricorrenti sono:il caricamento di librerie comuni tutti capitoliil tema ggplot2 ( ricorda di aggiungere anche il caricamento della dipendenza )il comportamento di default dei chunksil caricamento memoria di un dataset usato nei capitoliAttenzione questo ultimo caso, se il dataset è particolarmente pesante potrebbe rallentare la compilazione di ciascun .Rmd proporzionalmente al numero di capitoli della tua tesi.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"rmd-basics","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2 R Markdown basics","text":"Ecco una breve introduzione ’uso di R Markdown.\nMarkdown è una semplice sintassi di formattazione per la creazione di documenti HTML, PDF e MS Word e molto altro ancora.\nR Markdown offre la flessibilità di Markdown con l’implementazione di input e output R. Per maggiori dettagli sull’utilizzo di R Markdown, vedere http://rmarkdown.rstudio.com.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"sintassi-di-base-markdown","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1 Sintassi di base Markdown","text":"","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"whitespace","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.1 Whitespace","text":"Fai attenzione al distanziamento.\nSebbene lo spazio bianco sia gran parte ignorato, volte fornisce segnali su come procedere.\nCome abitudine, cerca di mantenere tutto allineato sinistra quando possibile, specialmente mentre compili un nuovo paragrafo.\naltre parole, non è necessario indentare il testo di base nel documento Rmd (effetti, se lo fai, il tuo testo potrebbe sclerare).","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"corsivo-e-grassetto","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.2 Corsivo e grassetto","text":"Corsivo si fa così ** o _this_Grassetti si fa così **** o __this__Grassetto e corsivo si fa così ******, ___this___, o (il più comprensibile) **_this_**","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-inline","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.3 Codice Inline","text":"Codice Inline si fa coi backticks, così `questo`","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"pedice-e-apice","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.4 Pedice e Apice","text":"pedice2 e apice2 sono fatti così ~2~ e ^2^","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"barrato","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.5 Barrato","text":"Barrato si fa così ~~ barrato ~~","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"escaping-aka-se-avessi-bisogno-di-un-aterisco","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.6 ‘Escaping’ (aka “se avessi bisogno di un aterisco?”)","text":"Per includere un asterisco *, _ \\, aggiungi un altro \\ prima del solito: \\*, \\_, \\\\","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"endash-emdash","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.7 Endash (–), emdash (—)","text":"– e — con -- e ---","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"blocco-citazione","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.8 Blocco citazione","text":"Fai così:Metti un > prima della linea di citazione.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"intestazioni","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.9 Intestazioni","text":"Le intestazioni delle sezioni vengono create con # di numero crescente, ad es.# Intestazione di primo livello## Intestazione di secondo livello### Etc.Nell’output PDF, un’intestazione di livello cinque si trasformerà un’intestazione di paragrafo, ad esempio \\paragraph{La mia intestazione di livello cinque}, che appare grassetto sulla stessa riga del paragrafo successivo.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"elenchi-puntati-e-numerati","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.10 Elenchi puntati e numerati","text":"Le liste senza ordine inziamo * o con -:Item 1Item 2Le liste ordinate invece iniziano con un numero.\nNota che puoi etichettare erroneamente numeri e Markdown eseguirà comunque l’ordine direttamente nell’output:Item 1Item 2Per creare una sottolista, indenta leggermente valori (almeno quattro spazi o una tabulazione):Item 1Item 2Item 3\nItem 3a\nItem 3b\nItem 3aItem 3b","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"interruzioni-linea","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.11 Interruzioni linea","text":"Il modo ufficiale Markdown per creare interruzioni di riga è terminare una riga con più di due spazi.Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Questo appare sulla stessa riga nell’output, perché non abbiamo aggiunto spazi dopo il rosso.Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Questo appare con un’interruzione di riga perché ho aggiunto spazi dopo il rosso.Trovo che questo sia fonte di confusione, quindi consiglio il modo alternativo: terminare una riga con una barra rovesciata creerà anche un’interruzione di riga:Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Per creare un nuovo paragrafo, metti una riga vuota.Pertanto, questa riga inizia il proprio paragrafo.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"collegamenti-ipertestuali","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.12 Collegamenti ipertestuali","text":"Questo è un collegamento ipertestuale google creato scrivendo il testo che vuoi trasformare un collegamento cliccabile tra [parentesi quadre seguite da ](https://hyperlink--parentheses)","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"note-a-piè-di-pagina","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.13 Note a piè di pagina","text":"Vengono creati1 scrivendo ^[testo della mia nota piè di pagina] per fornire il contenuto della nota piè di pagina linea, o qualcosa come [^-random-footnote-label] e fornendo il testo altrove nel formato mostrato sotto [^test-note]:[^-random-footnote-label]: questo è un test casuale.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"commenti","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.14 Commenti","text":"Per scrivere commenti ’interno del testo che non verranno effettivamente inclusi nell’output, utilizzare la stessa sintassi utilizzata per scrivere commenti HTML. Cioè, .","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"matematica-sintassi","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.15 Matematica (sintassi)","text":"La sintassi per scrivere matematica è stata rubata da LaTeX (il cui strumento di render MathJax). Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata inline, racchiuderla tra segni del dollaro.\n- Questo: $= \\pi*r^{2}$ Diventa: \\(= \\pi*r^{2}\\)Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata un blocco, racchiuderla tra due segni di dollaro.Questo: $$= \\pi*r^{2}$$Diventa:\\[= \\pi*r^{2}\\]Per creare equazioni numerate, mettile un ambiente ‘equazione’ e assegna loro un’etichetta con la sintassi (\\#eq:label), questo modo:Diventa:\n\\[\\begin{equation}\nf\\left(k\\right)=\\binom{n}{k}p^k\\left(1-p\\right)^{n-k}\n\\tag{2.1}\n\\end{equation}\\]Per ulteriori informazioni (ad esempio come teoremi), vedere ad es. la documentazione su bookdown.org\n## Blocchi di codice eseguibile {#code}\nLa magia di R Markdown è che possiamo aggiungere codice eseguibile ’interno del nostro documento per renderlo dinamico.Lo facciamo sia come blocchi di codice (generalmente utilizzati per caricare librerie e dati, eseguire calcoli e aggiungere immagini, grafici e tabelle) o codice linea (generalmente utilizzato per riportare dinamicamente risultati ’interno del nostro testo).La sintassi di un blocco di codice è mostrata nella figura 2.1.\nFigure 2.1: Code chunk syntax\nLe opzioni di blocco comuni includono (vedi ad esempio bookdown.org):echo: se visualizzare o meno il codice nell’output knittedeval: se o per eseguire il codice nel blocco durante il lavoro magliainclude: se includere qualcosa da un pezzo di codice nel documento di outputfig.cap: didascalia della figurafig.scap: didascalia con cifre brevi, che verrà utilizzata nell’“Elenco delle cifre” nella prima parte del PDFIMPORTANTE: non utilizzare trattini bassi nelle etichette dei blocchi - se lo fai, è probabile che venga visualizzato un errore nell’output PDF che dice qualcosa come “! Errore didascalia pacchetto: \\caption outside float”.","code":"\\begin{equation} \n f\\left(k\\right) = \\binom{n}{k} p^k\\left(1-p\\right)^{n-k}\n (\\#eq:binom)\n\\end{equation} "},{"path":"rmd-basics.html","id":"pezzi-di-configurazione-configurazione-immagini-grafici","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.16 Pezzi di configurazione: configurazione, immagini, grafici","text":"Un documento R Markdown di solito inizia con un pezzo che viene utilizzato per caricare le librerie e per impostare le opzioni di blocco predefinite con knitr::opts_chunk$set.Nella tua tesi, questo accadrà probabilmente index.Rmd e/o come parti di apertura ciascuno dei tuoi capitoli.","code":"```{r setup, include=FALSE}\n# don't show code unless we explicitly set echo = TRUE\nknitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)\n\nlibrary(tidyverse)\n```"},{"path":"rmd-basics.html","id":"comprese-le-immagini","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.17 Comprese le immagini","text":"blocchi di codice vengono utilizzati anche per includere immagini, con include_graphics dal pacchetto knitr, come Figura 2.2\nFigure 2.2: UCSC logo\nUtili opzioni di blocco per le figure includono:.width (usare con una percentuale) per impostare la dimensione dell’immaginese hai un’immagine che diventa mooolto grande nel tuo output, sarà vincolata alla larghezza della pagina impostando .width = \"100%\"","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/cattolica-logo.png\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"rotazione-figura","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"Rotazione figura","text":"Puoi usare l’opzione chunk .extra per ruotare le immagini.La sintassi è diversa per LaTeX e HTML, quindi per comodità potremmo iniziare assegnando la stringa giusta una variabile che dipende dal formato cui stai eseguendo l’output:Quindi puoi fare riferimento quella variabile come il valore di .extra per ruotare le immagini, come Figura 2.3.\nFigure 2.3: UCSC logo, rotated\n","code":"\nif (knitr::is_latex_output()){\n rotate180 <- \"angle=180\"\n} else {\n rotate180 <- \"style='transform:rotate(180deg);'\"\n}"},{"path":"rmd-basics.html","id":"mettere-i-grafici","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.18 Mettere i grafici","text":"Allo stesso modo, blocchi di codice vengono utilizzati per includere grafici generati dinamicamente.\nUsi il codice ordinario R o altri linguaggi - La figura 2.4 mostra un grafico del set di dati cars delle distanze di arresto per le auto varie velocità (questo set di dati è integrato R ).\nFigure 2.4: ggplot car stuff\nautomatico il grafico viene incluse nel tuo documento, così come le immagini. Questo succede tutte le volte che costruisci .e. buildi il libro (bookdown bookdown::serve_book()) o fai knit .e.knitr::knit un capitolo, plots vengono generati automaticamente partire dal tuo codice, poi salvati come immagini, quindi inclusi nel documento di output.","code":"\ncars %>% \n ggplot() +\n aes(x = speed, y = dist) +\n geom_point()"},{"path":"rmd-basics.html","id":"tabelle","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.19 Tabelle","text":"Le tabelle sono solitamente incluse con la funzione kable del pacchetto knitr.La tabella ?? mostra le prime righe dei dati del dataset mtcars.Gotchas: quando si utilizza kable, sottotitoli sono impostati ’interno della funzione kableIl pacchetto kable viene spesso utilizzato con il pacchetto kableExtra","code":"\ncars %>% \n head() %>% \n knitr::kable(caption = \"A knitr kable table\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"controllo-del-posizionamento","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.20 Controllo del posizionamento","text":"Una cosa che potrebbe essere fastidiosa è il modo cui R Markdown gestisce “fluttuanti” come tabelle e figure. Li chiamo fluttuanti perchè prendo prestito la notazione LaTeX che li chiama proprio così.\nNel tuo output PDF, LaTeX cercherà di trovare il posto migliore per mettere il tuo oggetto base al testo che lo circonda e finché non hai davvero finito di scrivere dovresti semplicemente lasciarlo dove si trova.generale, dovresti consentire LaTeX di farlo, ma se hai davvero veramente bisogno di una figura da posizionare dove inserisci nel documento, puoi fare modo che LaTeX tenti di farlo con l’opzione chunk fig.pos=\" H\", come Figura 2.5:\nFigure 2.5: UCSC logo LaTeX try place position text\nCome sa chiunque abbia provato giocare manualmente con il posizionamento di figure un documento di Word, questo può avere effetti collaterali tipo spaziatura extra su altre pagine, ecc.\nPertanto, generalmente non è una buona idea farlo - fallo solo quando hai davvero bisogno di assicurarti che un’immagine segua direttamente sotto il testo dove ti riferisci ad essa (questo documento, dovevo farlo per Figure @ref( fig:latex-font-sizing) nella sezione 4.1.4).\nPer maggiori dettagli, leggi la sezione pertinente del R Markdown Cookbook.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/cattolica-logo.png\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-in-linea-eseguibile","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.2 Codice in linea eseguibile","text":"“Codice linea” significa semplicemente inclusione di codice ’interno del testo.\nLa sintassi per farlo è `r R_CODE`\nAd esempio, `r 4 + 4` produrrà 8 nel tuo testo.Di solito lo utilizzerai nelle parti della tua tesi cui riporti risultati: leggi dati o risultati un blocco di codice, archivia le cose che vuoi segnalare una variabile, quindi inserisci il valore di quella variabile nel tuo testo.\nAd esempio, potremmo assegnare il numero di righe nel dataset cars una variabile:Potremmo quindi scrivere:\n“Nel set di dati cars, abbiamo osservazioni `r num_car_observations`.”Che genererebbe:\n“Nel set di dati cars, abbiamo osservazioni 50.”","code":"\nnum_car_observations <- nrow(cars)"},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-eseguibile-in-linguaggi-diversi-da-r","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.3 Codice eseguibile in linguaggi diversi da R","text":"Se desideri utilizzare linguaggi diversi da R, come Python, Julia C++ o SQL, consulta la sezione pertinente del R Markdown Cookbook.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"cites-and-refs","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","text":"","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"citazioni","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1 Citazioni","text":"Il modo per includere le citazioni un documento R Markdown è inserire riferimenti un file di testo normale con estensione .bib, formato BibTex.2\nQuindi fai riferimento al percorso di questo file nell’intestazione YAML di index.Rmd con bibliography: example.bib.La maggior parte dei gestori di referenze può creare automaticamente un file .bib con le tue referenze.\nTuttavia, il di gran lunga miglior gestore di riferimento da utilizzare con R Markdown è Zotero con il plug-Better BibTex, perché il plugin citr per RStudio (vedi sotto) può leggere riferimenti direttamente dalla tua libreria Zotero!\nAh, dimenticavo, Rmarkdown sistema da sola ordine alfabetico le referenze ogni volta che fai knit e ne fai riferimento nel testo. Puoi dare un’occhiata anche mybib, molto comodo e ti permette di esportare nel formato che più preferisci.Ecco un esempio di una voce un file .bib:questa sezione evidenziata, ‘Shea2014’ è l’identificativo di citazione.\nIl modo predefinito per citare una voce nel testo è con questa sintassi: [@citation-identifier].Quindi potrai citare alcune referenze così (Lottridge et al., 2012; Mill, 1965 [1843]; Shea et al., 2014).","code":"@article{Shea2014,\n author = {Shea, Nicholas and Boldt, Annika},\n journal = {Trends in Cognitive Sciences},\n pages = {186--193},\n title = {{Supra-personal cognitive control}},\n volume = {18},\n year = {2014},\n doi = {10.1016/j.tics.2014.01.006},\n}"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"citation-appearance","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1.1 Aspetto delle citazioni e della sezione dei riferimenti (pandoc)","text":"Per una impostazione predefinita, cattolicadown consente Pandoc di gestire il modo cui le citazioni vengono inserite nel testo e nella sezione dei riferimenti.\nPuoi modificare l’aspetto di citazioni e riferimenti specificando un file CSL (Citation Style Language) nel campo dei metadati csl di index.Rmd.\nPer impostazione predefinita, “cattolica” dell’American Psychological Association APA (7a edizione).Con questo stile, è utile conoscere una serie di variazioni sulla sintassi della citazione:Metti nomi degli autori fuori parentesi\nQuesto: @Shea2014 dice bla.\nDiventa: Shea et al. (2014) dice bla.\nQuesto: @Shea2014 dice bla.Diventa: Shea et al. (2014) dice bla.Includere solo l’anno di citazione (tra parentesi)\nQuesto: Shea et al. dice bla [-@Shea2014]\nDiventa: Shea et al. dice bla (2014)\nQuesto: Shea et al. dice bla [-@Shea2014]Diventa: Shea et al. dice bla (2014)Aggiungi testo e riferimenti pagine o capitoli alla citazione\nQuesto: [vedi @Shea2014, pp. 33-35; anche @Wu2016, cap. 1]\nDiventa: bla bla (vedi Shea et al., 2014, pp. 33–35; anche Wu, 2016, cap. 1).\nQuesto: [vedi @Shea2014, pp. 33-35; anche @Wu2016, cap. 1]Diventa: bla bla (vedi Shea et al., 2014, pp. 33–35; anche Wu, 2016, cap. 1).Se invece vuoi uno stile di citazione con numero, prova csl: bibliography/transactions--computer-human-interaction.csl o sfoglia semplicemente il Zotero Style Repository cercando uno che ti piace.\nPer comodità, puoi impostare l’interlinea e lo spazio tra le voci bibliografiche nella sezione di riferimento direttamente dall’intestazione YAML index.Rmd.Se preferisci usare bilatex o natbib per gestire riferimenti, vedi questo capitolo.\n","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"inserisci-facilmente-i-riferimenti-con-leditor-visivo-di-rstudio","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1.2 Inserisci facilmente i riferimenti con l’editor visivo di RStudio","text":"Per inserire facilmente le citazioni, usa il [Visual Editor] di RStudio (https://rstudio.github.io/visual-markdown-editing/citations.html).\nAssicurati di avere l’ultima versione di RStudio: l’editor visivo originariamente era davvero buggato, specialmente relazione ai riferimenti, ma v2022.02.0 è fantastico!","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-incrociati","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2 Riferimenti incrociati","text":"Possiamo fare riferimenti incrociati sezioni ’interno del nostro documento, nonché figure (immagini e grafici) e tabelle.La sintassi generale per riferimenti incrociati è \\@ref(label)","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-alla-sezione","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.1 Riferimenti alla sezione","text":"Alle intestazioni viene assegnata automaticamente un’etichetta di riferimento, che è il testo maiuscolo separato da trattini. Ad esempio, # header viene assegnata automaticamente l’etichetta -header. Quindi # header può essere referenziato con \\@ref(-section)Ricordi cosa abbiamo scritto nella sezione ???Possiamo anche usare la sintassi del collegamento ipertestuale e aggiungere # prima dell’etichetta, anche se questo è garantito che funzioni correttamente solo nell’output HTML:Quindi se scriviamo Ricordi cosa abbiamo scritto nella [sezione precedente](#citations)?Diventa Ricorda cosa abbiamo scritto nella sezione precedente?","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"creazione-di-etichette-personalizzate","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.1.1 Creazione di etichette personalizzate","text":"È un’ottima idea creare etichette personalizzate per le nostre sezioni. Questo perché le etichette assegnate automaticamente cambieranno quando cambiamo titoli delle sezioni - per evitare ciò, possiamo creare noi stessi le etichette e lasciarle intatte se cambiamo titoli delle sezioni.Creiamo etichette personalizzate aggiungendo {#label} dopo un’intestazione, ad es. # La mia sezione {#-label}.\nVedi il titolo del nostro capitolo per un esempio. Quella era la sezione 3.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-a-figure-immagine-e-grafico.","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.2 Riferimenti a figure (immagine e grafico).","text":"Per fare riferimento figure (ovvero immagini e grafici) utilizzare la sintassi \\@ref(fig:label)NB: le figure e le tabelle devono avere didascalie se desideri fare un riferimento incrociato.Aggiungiamo un’immagine:\nFigure 3.1: marvel-lous meme\nCi riferiamo questa immagine con \\@ref(fig:capitano).\nQuindi la figura 3.1 è questa immagine.E nella figura 2.4 vediamo cars plot.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/captain.jpeg\")"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-a-tabelle","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.3 Riferimenti a tabelle","text":"Per fare riferimento alle tabelle, utilizzare la sintassi \\@ref(tab:label)Adesso includiamo la tabella:Ci riferiamo questa tabella con \\@ref(tab:cars-table2).\nQuindi la tabella ?? è questa tabella.E nella tabella ?? abbiamo visto più o meno la stessa tabella delle auto.","code":"\nknitr::kable(cars[1:5,],\n caption=\"Stopping cars\")"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"numeri-di-pagina","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.4 Numeri di pagina","text":"Infine, nell’output PDF potremmo anche voler includere il numero di pagina di un riferimento, modo che sia facile trovarlo nell’output fisico stampato.\nLaTeX ha un comando per questo, che assomiglia questo: \\pageref{fig/tab:label} (nota: parentesi graffe, non parentesi)Quando eseguiamo l’output PDF, possiamo utilizzare LaTeX non elaborato direttamente nei nostri file .Rmd. Quindi se volessimo inserirenil grafico della auto alla pagina potremmo scrivere:Questo: Figura \\@ref(fig:cars-plot) nella pagina \\pageref(fig:cars-plot)Diventa: Figura 2.4 nella pagina ","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"numeri-di-pagina-solo-nelloutput-pdf","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.4.1 Numeri di pagina solo nell’output PDF","text":"Un problema qui è che comandi LaTeX non vengono visualizzati nell’output HTML, ma anche nell’output di gitbook, da cui osserveremo “Figure 2.4 page”.Un modo per aggirare questo problema è utilizzare il codice inline per inserire il testo e utilizzare un’istruzione ifelse per controllare il formato di output e quindi inserire il testo appropriato solo se conforme al formato desiderato.Quindi: `r ifelse(knitr::is_latex_output(), \"Figure \\\\@ref(fig:cars-plot) page \\\\pageref{fig:cars-plot}\", \"\")`Inserisci questo (verifica che sia solo PDF output):Si noti che è necessario eseguire l’escape della barra inversa con un’altra barra inversa qui per ottenere l’output corretto.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"scrittura-collaborativa","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.3 Scrittura collaborativa","text":"Le migliori pratiche per la collaborazione e il rilevamento delle modifiche quando si utilizza R Markdown sono ancora una questione aperta.\nNel post del blog One year dissertate di Lucy D’Agostino, che consiglio vivamente, l’autorice unisce file .Rmd un documento di Word, quindi utilizza il pacchetto “googledrive” R per inviarlo Google Drive per commenti / revisioni dai coautori, quindi incorpora suggerimenti di Google Drive mano nel sorgente .Rmd File.\nQuesto approccio è un po’ goffo e ci sono discussioni corso tra gli sviluppatori di R Markdown su quale sia il modo migliore per gestire la scrittura collaborativa (vedi numero #1463 su GitHub, dove CriticMarkup è tra suggerimenti).Per ora, questa è una domanda aperta nella comunità degli utenti di R Markdown.\nSpesso lavoro un formato che può essere facilmente importato Google Docs per commenti, quindi esamino le revisioni suggerite e le reinserisco manualmente nei file di origine .Rmd.\nPer gli articoli, volte carico una bozza quasi definitiva su Overleaf, quindi apporto modo collaborativo le modifiche finali al file LaTeX lì.\nSospetto che qualche grande soluzione sarà sviluppata un futuro non troppo lontano, probabilmente dal team di RStudio.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"risorse-addizionali","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.4 Risorse addizionali","text":"R Markdown: Definitive Guide - https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/R Markdown: Definitive Guide - https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/R Data Science - https://r4ds..co.nzR Data Science - https://r4ds..co.nz","code":""},{"path":"tables.html","id":"tables","chapter":"4 Tabelle","heading":"4 Tabelle","text":"","code":""},{"path":"tables.html","id":"fare-in-modo-che-le-tabelle-latex-si-comportino-bene","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1 Fare in modo che le tabelle LaTeX si comportino bene","text":"Gestire le tabelle LaTeX può essere disgustoso.\nQuesta sezione spiega principali trucchi di cui hai bisogno per evitare di accumulare stress.(Nota: se stai guardando la versione ebook, non vedrai molte differenze questa sezione, poiché è rilevante solo per l’output PDF!)","code":""},{"path":"tables.html","id":"rendere-bella-la-tua-tabella","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.1 Rendere bella la tua tabella","text":"Quando usi kable per creare tabelle, quasi sicuramente vorrai impostare l’opzione booktabs = TRUE.\nQuesto già e sufficiente renderla presentabile:Dai un’occhiata q questa con lo stile predefinito, è orribile:","code":"\nlibrary(knitr)\nlibrary(tidyverse)\n\nhead(mtcars) %>% \n kable(booktabs = TRUE)\nhead(mtcars) %>% \n kable()"},{"path":"tables.html","id":"se-il-tuo-tavolo-è-troppo-largo","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.2 Se il tuo tavolo è troppo largo","text":"Potresti scoprire che la tua tabella si espande oltre margini della pagina, come le tabelle sopra.\nRisolvi questo problema con la funzione kable_styling dal pacchetto kableExtra:Questo ridimensiona la tabella per adattarsi alla larghezza della pagina.","code":"\nlibrary(kableExtra)\n\nhead(mtcars) %>% \n kable(booktabs = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"scale_down\")"},{"path":"tables.html","id":"se-la-tabella-è-troppo-lunga","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.3 Se la tabella è troppo lunga","text":"Se la tua tabella è troppo lunga per stare su una singola pagina, imposta longtable = TRUE nella funzione kable per dividere la tabella su più pagine.Quando lo fai, probabilmente vorrai fare modo che l’intestazione si ripeta su nuove pagine.\nFallo con la funzione kable_styling di kableExtra:Sfortunatamente, non possiamo usare l’opzione scale_down con una longtable.\nQuindi, se una longtable è troppo larga, puoi regolare manualmente la dimensione del carattere o mostrare la tabella formato orizzontale.\nPer regolare la dimensione del carattere, usa l’opzione font_size di kableExtra:Per mettere la tabella modalità orizzontale, usa la funzione “landscape” di kableExtra:","code":"\na_long_table <- rbind(mtcars, mtcars)\n\na_long_table %>% \n select(1:8) %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE)\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\")\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(font_size = 9, latex_options = \"repeat_header\")\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\") %>% \n landscape()"},{"path":"tables.html","id":"max-power","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.4 Max power: regola manualmente l’output grezzo di LaTeX","text":"Per una flessibilità totale, puoi regolare l’output grezzo di LaTeX da kable/kableExtra che genera la tabella.\nConsideriamo il caso di regolazione della dimensione del carattere quando la tabella è troppo larga:\nLatex ha una serie di comandi standard che impostano una dimensione approssimativa del carattere, come mostrato di seguito nella Figura 4.1.\nFigure 4.1: Font sizes LaTeX\nPuoi usarli per regolare manualmente la dimensione del carattere nel tuo longtable due passaggi:Avvolgere l’ambiente longtable, ad esempio, un ambiente scriptsize, sostituendo una stringa nell’output di kable/kableExtraAggiungi gli attributi che fanno capire R Markdown che la tabella è una tabella (sembra che R li rilasci quando eseguiamo la sostituzione della stringa)","code":"\nour_adjusted_table <- a_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\") %>% \n # wrap the longtable in a tiny environment\n str_replace('\\\\\\\\begin\\\\{longtable\\\\}', \n '\\\\\\\\begin\\\\{scriptsize\\\\}\\n\\\\\\\\begin\\\\{longtable\\\\}') %>%\n str_replace('\\\\\\\\end\\\\{longtable\\\\}', \n '\\\\\\\\end\\\\{longtable\\\\}\\n\\\\\\\\end\\\\{scriptsize\\\\}')\n\n#add attributes to make R Markdown treat this as a kable LaTeX table again\nour_adjusted_table %>% \n structure(format = \"latex\", class = \"knitr_kable\")"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customizzazioni-ed-estensioni","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5 Customizzazioni ed estensioni","text":"Questo capitolo descrive una serie di suggerimenti e trucchi aggiuntivi, nonché possibili personalizzazioni alla tesi di cattolicadown.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"cache-di-chunk-e-la-cartella-_bookdown_files","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.1 cache di chunk e la cartella ** _bookdown_files**","text":"Se si imposta cache = true un blocco di codice, per memorizzare nella memorizzazione la memorizzazione dei risultati se richiede tempo per eseguire, consultare [la documentazione R Markdown] (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/cache. HTML), quindi file per la memorizzazione nella cache sono archiviati nella cartella **_bookdown_files**.Se non usi la memorizzazione nella cache e desideri semplicemente avere la cartella ** _ bookdown_files ** eliminata dopo il completamento del processo di build, impostare abilit_cache = false index.rmd .Cioè, il tuo yaml dovrebbe assomigliare questo:","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"pdf\";\n \n source(\"scripts_and_filters/knit-functions.R\");\n knit_thesis(input, thesis_formats, allow_cache = FALSE, ...)\n })"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"fronte-pagina","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2 Fronte Pagina","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"accorcia-le-didascalie-mostrate-nellelenco-delle-figure-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2.1 Accorcia le didascalie mostrate nell’elenco delle figure (PDF)","text":"Potresti voler che il tuo elenco di cifre (che segue il contenuto del contenuto) abbia descrizioni di figure più brevi (o semplicemente diverse) rispetto alle didascalie alla figura effettiva.Fallo usando l’opzione chunk Fig.scap (‘didascalia breve’), ad esempio{R Captain-Image, fig.cap = \"Una didascalia molto lunga e descrittiva (e potenzialmente noiosa) che non si adatta alla Elenco delle figure, ma aiuta il lettore capire cosa comunica la figura. \", fig.scap =\" Una descrizione concisa per l'elenco delle figure \"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"abbrevia-le-didascalie-visualizzate-nellelenco-delle-tabelle-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2.2 abbrevia le didascalie visualizzate nell’elenco delle tabelle (PDF)","text":"È possibile che l’elenco delle tabelle (che segue l’elenco delle figure nel frontespizio della tesi) abbia descrizioni delle tabelle più brevi (o semplicemente diverse) rispetto alle didascalie delle tabelle stesse.Se stai usando knitr::kable per generare una tabella, puoi farlo con l’argomento caption.short, ad esempio:","code":"\nknitr::kable(mtcars,\n caption = \"Una didascalia molto lunga e descrittiva (e potenzialmente\n noioso) che non si adatta all'elenco delle figure,\n ma aiuta il lettore a capire cosa la figura\n comunica.\",\n caption.short = \"Una descrizione concisa per l'elenco delle tabelle\")"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"accorciare-lintestazione-di-corsa-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.3 Accorciare l’intestazione di corsa (PDF)","text":"Potresti voler l’intestazione nel mezzo di un capitolo (ovvero l’intestazione che mostra il titolo ’interno dell’attuale capitolo nella parte superiore della pagina) è più breve (o semplicemente diversa) rispetto al titolo del capitolo effettivo.Fallo aggiungendo il comando latex \\ capitolo {la mia versione più corta} dopo il titolo del capitolo.Ad esempio, il capitolo (ref?) (cittadini e refs) è semplicemente “cita e cross-refs”, perché inizia così:","code":"# Citations, cross-references, and collaboration {#cites-and-refs} \n\\chaptermark{Cites and cross-refs}"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"capitoli-non-numerati","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.4 Capitoli non numerati","text":"Per rendere capitoli non numerati (normalmente lo fai per l’introduzione e/o la conclusione), far seguire l’intestazione del capitolo {-}, ad es. # Introduzione {-}.Quando lo fai, ricordati che devi anche mettere questi due comandi LaTeX:Altrimenti il mini-sommario del capitolo e l’intestazione mostreranno il capitolo precedente.","code":"\\adjustmtc\n\\markboth{The Name of Your Unnumbered Chapter}{}"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"capitoli-iniziali-con-citazioni-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.5 Capitoli iniziali con citazioni (PDF)","text":"Il modello di LaTeX di Oxthesis ti consente di includere anche un blocco di tipo savequote ’inizio dei capitoli.\nPer farlo, usa la sintassi {block type = 'savequote'} ``.3Aggiungi la referenza della citazione con l’opzione chunk quote_author =\" il mio nome autore \".\nTi consiglio anche di aggiungere l’opzione chunk include = knitr::is_latex_output() modo che le citazioni siano incluse solo nell’output PDF.Non è possibile utilizzare la sintassi di Markdown ’interno delle opzioni di chunk, quindi se si desidera ad es. corsivo un nome del libro usa ‘Testo Reference’: crea un pezzo di testo chiamato con ‘(rif: etichetta) il mio testo’, quindi indica questo nell’opzione chunk con quote_author = '(rif: etichetta)'.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"evidenziazione-delle-correzioni-html-e-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6 Evidenziazione delle correzioni (HTML e PDF)","text":"Quando arriva il momento di fare correzioni, potresti voler evidenziare le modifiche apportate corretta agli esaminatori modo che possano verificare rapidamente di le cose cambiate\nPuoi farlo così:","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"correzioni-in-linea-brevi","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.1 correzioni in linea brevi","text":"Evidenzia correzioni brevi e inline facendo [come questo] {.correction} — Il testo tra le parentesi quadrate verrà quindi evidenziato blu nell’output.Si noti che Pandoc potrebbe essere confuso da citazioni e riferimenti incrociati ’interno delle correzioni linea.\nparticolare, potrebbe essere confuso da \" [cosa ha detto @shea2014] {.correction} \" che diventa (cosa ha detto shea2014?) {. Correzione}\ntali casi, è possibile utilizzare direttamente la sintassi lattice.\nL’evidenziazione della correzione usa il pacchetto [Soul] (https://ctan.org/pkg/soul), quindi puoi fare così:Se si utilizza BiBLATEX per riferimenti, usa ` hl { textCite {Shea2014} detto}}Se si utilizza Natbib per riferimenti, usa ` hl {cosa cite {shea2014} detto}}L’uso di LaTeX grezzo ha lo svantaggio delle correzioni, quindi non viene visualizzata nell’output HTML, ma potresti comunque preoccuparti dell’evidenziazione della correzione nel PDF per gli esaminatori!","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"blocchi-di-materiale-aggiunto-o-modificato","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.2 blocchi di materiale aggiunto o modificato","text":"`.]\nCosì:\nPer blocchi più grandi, come questo paragrafo o addirittura intere\nfigure, è possibile utilizzare il tipo di blocco “Correction”. Questo\nambiente mette evidenza blocchi di dimensioni del paragrafo e\npiù grandi con lo stesso colore blu.\nSi noti che blocchi di correzione non possono essere inclusi nell’output delle parole.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"che-interrompe-le-correzioni-da-essere-evidenziate","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.3 che interrompe le correzioni da essere evidenziate","text":"Per disattivare l’evidenziazione della correzione, vai ’intestazione YAML di ** INDICE.RMD **, quindi:Output PDF: Imposta Correzioni: Falseoutput HTML: rimuovi o commenta - modelli/corrections.css","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"applicare-il-colore-del-carattere-personalizzato-ed-evidenziazione-a-testo-html-e-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.7 Applicare il colore del carattere personalizzato ed evidenziazione a testo (HTML e PDF)","text":"Il filtro LUA che aggiunge la funzionalità per evidenziare le correzioni aggiunge altri due trucchi:\nPuoi applicare la tua scelta di colore per evidenziare il testo o cambiare il colore del carattere.\nLa sintassi è la seguente:Ecco [qualche testo posa evidenziazione] {evidenziazione =\" rosa \"}\nDiventa: ecco [alcuni testi evidenza rosa] {evidenziazione = “rosa”}.[Ecco un po 'di testo con font blu] {color =\" blu \"}\nDiventa: [Ecco un po ’di testo con font blu] {color = “blu”}Finalmente — Mai e poi mai realtà questo-[Ecco un po 'di testo con evidenziazione nera e carattere giallo] {evidenziazione =\" nero \"color =\" giallo \"}\nDiventa: [Ecco un po ’di testo con evidenziazione nera e carattere giallo] {evidenziazione = “nero” color = “giallo”}Il file ** Scripts_and_filters/Colour_and_highlight.lua ** implementa questo, se si desidera armeggiare con esso.\nFunziona con output PDF e HTML.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"aggiunta-di-un-secondo-astratto-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.8 Aggiunta di un secondo astratto (PDF)","text":"Potresti aver bisogno di due abstract nella tua tesi, se ad es. Ho bisogno sia di un astratto inglese che di qualche altra lingua.Puoi aggiungere un secondo abstract ** index.rmd ** come: così:","code":"abstract-second-heading: \"Resumé\"\nabstract-second: \"This is the second abstract, for example in beautiful French.\" "},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"incluso-un-altro-documento-nella-tesi---incorporare-un-documento-pdf-embed--pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.9 incluso un altro documento nella tesi - Incorporare un documento PDF {#embed -pdf}","text":"Potresti voler incorporare documenti PDF esistenti nella tesi, ad esempio se il tuo dipartimento consente una tesi di stile “Portfolio” e devi includere una pubblicazione di composizione esistente come capitolo.Nell’output di GitBook, puoi semplicemente usare Knitr :: Include_Graphics e dovrebbe includere un PDF scorrevole (e scaricabile).\nProbabilmente vorrai impostare le opzioni di chunk .width = '100%' e .height = '1000px':Nell’output lattice, tuttavia, questo approccio può causare comportamenti strani.\nPertanto, quando si crea la tesi su PDF, dividere il PDF una sequenza alfanumericamente ordinata di ** file pdf ** pagina singola ** (puoi farlo automaticamente con il pacchetto pdftools). È quindi possibile utilizzare il comando lattice appropriato per inserirli, come mostrato di seguito (per brevità, nel contenuto di esempio di Oxforddown PDF stiamo includendo solo due pagine).\nSi noti che l’opzione chunk risultati = 'asis' deve essere impostata.\nÈ inoltre possibile rimuovere margini dai file PDF, che puoi fare con Adobe Acrobat (versione pagamento) e probabilmente altri software.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/Lyngs2020_FB.pdf\")\n# install.packages(pdftools)\n# split PDF into pages stored in figures/sample-content/pdf_embed_example/split/\n# pdftools::pdf_split(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/Lyngs2020_FB.pdf\",\n# output = \"figures/sample-content/pdf_embed_example/split/\")\n\n# grab the pages\npages <- list.files(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/split\", full.names = TRUE)\n\n# set how wide you want the inserted PDFs to be: \n# 1.0 is 100 per cent of the oxforddown PDF page width;\n# you may want to make it a bit bigger\npdf_width <- 1.2\n\n# for each PDF page, insert it nicely and\n# end with a page break\ncat(stringr::str_c(\"\\\\newpage \\\\begin{center} \\\\makebox[\\\\linewidth][c]{\\\\includegraphics[width=\", pdf_width, \"\\\\linewidth]{\", pages, \"}} \\\\end{center}\"))"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"incluso-un-altro-documento-nella-tesi---r-documento-figlio-markdown-embed--rmd","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10 incluso un altro documento nella tesi - r documento figlio markdown {#embed -rmd}","text":"volte vuoi includere un altro documento che stai attualmente scrivendo come capitolo della tua tesi.\nSopra (ref?) (embed-pdf), abbiamo descritto il modo più semplice per farlo: includere l’altro documento come PDF.\nTuttavia, alcuni casi invece si desidera includere la sorgente di markdown R da questo documento e farlo compilare ’interno della tesi.\nQuesto è un po ’più complicato, perché è necessario tenere traccia attenta dei percorsi dei file, ma è possibile tramite [incluso il documento di un bambino] (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/child -Document.html).\nCi sono quattro passaggi principali:Includi il documento di carta come bambinoRendi percorsi di file compatibili con il lavoro maglia l’articolo da solo, nonché quando include nella tesiRendi corretti livelli di intestazioneRendi corretti le larghezze della figura","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"un-documento-di-esempio-in-unaltra-cartella","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.1 Un documento di esempio in un’altra cartella","text":"Prendi questo semplice esempio (file per questo sono [questo repository github] (https://github.com/ulyngs/oxforddown-external-article)):Come suggerisce il grafico, hai un’altra cartella, ** Paper_to_include/** che vive nella stessa cartella contenente della cartella di tesi.\nNella cartella ** paper_to_include , il file my_paper.rmd ** è dove scrivi la carta.\n** my_paper.rmd , hai letto un file CSV che si trova nella sottocartella Data/Cats.csv ** e anche un’immagine della sottocartella ** Figures/Cat.jpg **.","code":"|--paper_to_include\n| |--my_paper.Rmd\n| |--data\n| | |--cat_salt.csv\n| |--figures\n| | |--cat.jpg\n|\n|--thesis"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-1-includere-la-carta-come-documento-figlio","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.2 PASSAGGIO 1: includere la carta come documento figlio","text":"Nella cartella di tesi, crea un file RMD per il capitolo cui si desidera includere un altro documento.\nAggiungi uno o più blocchi di codice che includono file di markdown r da quel documento come documenti figlio:","code":"# Including an external chapter \n\n```{r child = \"../paper_to_include/my_paper.Rmd\"}\n```"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-2-rendi-compatibili-percorsi-di-file","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.3 Passaggio 2: Rendi compatibili percorsi di file","text":"Utilizzare [Parametri] (https://rmarkdown.studio.com/lesson-6.html) per regolare il percorso del file delle immagini base ai valori impostati nell’intestazione YAML di un file di markdown R.\n** my_paper.rmd **, crea un parametro chiamato altro_path e impostalo su una stringa vuota:** my_paper.rmd **, mettilo ’inizio di FilePath quando leggi dati o includi immagini:Infine, nel file ** indice.rmd ** della cartella tesi, crea anche il parametro Altro_Path.\nMa qui, impostalo su dove la cartella ** paper_to_include/** è relativa alla cartella di tesi:","code":"---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\n---\nlibrary(tidyverse)\nlibrary(knitr)\n\ncat_data <- read_csv(str_c(params$other_path, \"data/cats.csv\"))\ninclude_graphics(str_c(params$other_path, \"figures/cat.jpg\"))params:\n other_path: \"../paper_to_include/\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"nota-sulloutput-html","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.4 NOTA sull’output HTML","text":"Nota che se si desidera ospitare una versione HTML sulla tesi online, dovrai includere la grafica nel contenuto che ospiti online - Internet ovviamente non sarà grado di vedere filepath che si riferiscono cose un’altra cartella il tuo computer!","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-3-assicurarsi-che-i-livelli-di-intestazione-siano-corretti","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.5 Passaggio 3: assicurarsi che i livelli di intestazione siano corretti","text":"meno che il documento che desideri includere non sia anche scritto come libro, probabilmente livelli di intestazione saranno fuori.\nCioè, le intestazioni di livello 1 (# alcune intestazioni) che usi per le sezioni principali nell’altra carta si trasformano titoli di accompagnatore se incluse nella tesi.Per evitare questo, prima increment tutti livelli di intestazione di uno ** paper_to_include/my_paper.rmd ** (# qualche intestazione -> # # Qualche intestazione).\nQuindi ** paper_to_include/** Crea un [filtro Lua] (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/lua-fiterters.html#lua-filters) che riduce livelli di intestazione di uno: creare un file di testo , salvalo come ** ridotto_header_level.lua ** e dargli il contenuto di seguito.Nell’intestazione Yaml di ** Paper_to_include/my_paper.rmd **, usa questo filtro:Ora, livelli di intestazione saranno corretti sia quando si lavora da sola e quando è incluso nella tesi.Nota: potrebbe non essere necessario utilizzare un filtro LUA per spostare l’intestazione-Sembra che potresti semplicemente usare Pandoc_args: [\"-Shift-Heading-level-= -1 \"] (vedi https: // pandoc. org/manual.html#lettore-opzioni)","code":"function Header(el)\n if (el.level <= 1) then\n error(\"I don't know how to decrease the level of h1\")\n end\n el.level = el.level - 1\n return el\nend---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\noutput:\n pdf_document: \n pandoc_args: [\"--lua-filter=reduce_header_level.lua\"]\n---"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-4.-assicurarsi-che-le-larghezze-della-figura-siano-corrette","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.6 Passaggio 4. Assicurarsi che le larghezze della figura siano corrette","text":"Potrebbe essere che le larghezze della tua figura quando si lavorano maglia da sola e, quando lo includi nella tesi, debbano essere diversi.\nÈ possibile utilizzare nuovamente parametri per impostare le larghezze delle figure.Immagina di volere che la larghezza della figura sia l’80% della larghezza della pagina quando si lavora da sola, ma al 100% nella tesi.\n** paper_to_include/my_paper.rmd **, prima aggiungi un parametro che potremmo chiamare out_width e impostarlo sulla stringa” 80%“:Quindi, assicurati di utilizzare quel parametro per impostare la larghezza dell’uscita quando si includono le figure ** paper_to_include/my_paper.rmd **:Infine, crea il parametro out_width nella tua tesi ’** indice.rmd ** File:Ora, la larghezza di output della tua cifra sarà dell’80% quando si è maglia il tuo documento da solo e al 100% quando lo fa lavorare come documento per bambini della tesi.","code":"---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\n out_width: \"80%\"\noutput:\n pdf_document: \n pandoc_args: [\"--lua-filter=reduce_header_level.lua\"]\n---```{r, out.width=params$out_width, fig.cap=\"A very funny cat\"}\ninclude_graphics(str_c(params$other_path, \"figures/cat.jpg\"))\n```params:\n other_path: \"../paper_to_include/\"\n out_width: \"80%\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customising-citations","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11 Personalizzazione di citazioni e riferimenti","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"utilizzo-di-un-file-.csl-con-pandoc","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.1 Utilizzo di un file .csl con pandoc","text":"Vedere la sezione ??.L’unico svantaggio di lasciare che pandoc gestisca le citazioni è che () non supporta le bibliografie dei capitoli, (ii) se sei un veterano di LaTeX, potresti essere più tuo agio con bilatex o natbib.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"bilatex-custom","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.2 Utilizzo di bilatex","text":"Per utilizzare biblatex per gestire le citazioni, prima decommenta questo index.Rmd, YAML header:Quindi dì R Markdown di usare biblatex quando inserisci le citazioni, impostando citation_package: biblatex:Per personalizzare l’aspetto delle citazioni, cambia bib-latex-options. Ad esempio, per ottenere citazioni numeriche, con riferimenti ordine di apparizione nel testo, impostarlo su","code":"use-biblatex: true\nbib-latex-options: \"style=authoryear, sorting=nyt, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\"output:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: biblatexbib-latex-options: \"style=numeric-comp, sorting=none, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"aggiunta-di-bibliografie-di-capitoli","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.2.1 Aggiunta di bibliografie di capitoli","text":"Se desideri bibliografie di capitoli, prima aggiungi “refsection=chapter” alle opzioni biblatex, ad esempio questo modo:secondo luogo, imposta il parametro insertHeadingInPDF: false index.Rmd, per eliminare l’inclusione di un’intestazione ‘Riferimenti’ alla fine della tesi.Infine inserisci questa riga alla fine di ogni capitolo, per stamparvi le bibliografie:","code":"bib-latex-options: \"refsection=chapter, style=authoryear, sorting=nyt, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\"params:\n insertHeadingInPDF: false\\printbibliography[segment=\\therefsection,heading=subbibliography]"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"natbib-custom","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.3 Utilizzo di natbib","text":"Per utilizzare natbib per gestire le citazioni, prima decommenta questo index.Rmd, YAML header:Quindi dì R Markdown di usare natbib quando inserisci le citazioni, impostando citation_package: natbib:Per personalizzare l’aspetto delle citazioni, cambia il file .bst cui punti natbib-bibliography-style.","code":"use-natbib: true\nnatbib-citation-style: authoryear #for science, you might want numbers,square\nnatbib-bibliography-style: templates/ACM-Reference-Format.bst #e.g. \"plainnat\", unsrtnat, or path to a .bst fileoutput:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: natbib"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customizing-the-page-headers-and-footers-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.12 Customizing the page headers and footers (PDF)","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"personalizzazione-delle-intestazioni-e-dei-piè-di-pagina-di-pagina-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.13 Personalizzazione delle intestazioni e dei piè di pagina di pagina (PDF)","text":"Questo può ora essere fatto direttamente nell’intestazione YAML di ** Index.rmd .\nSe sei un esperto di lattice e hai bisogno di ulteriore personalizzazione che ciò che è attualmente fornito, è possibile modificare le sezioni pertinenti di modelli/template.tex ** - Il codice pertinente è sotto la linea che inizia \\ usepackage {FancyHdr}.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"immergersi-nel-modello-di-lattice-di-oxthesis-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.14 immergersi nel modello di lattice di Oxthesis (PDF)","text":"Per le persone di mentalità lattice, puoi leggere ** modelli/template.tex ** Per vedere quali opzioni di personalizzazione aggiuntive sono disponibili e ** modelli/ociamthesis.cls ** che fornisce la classe base.\nAd esempio, ** Template.tex ** fornisce un’opzione per le comunicazioni di laurea Master, che modifica le informazioni identificative al numero del candidato e include un conteggio delle parole.\nAl momento della stesura, è necessario impostarlo direttamente ** template.tex ** anziché dall’intestazione Yaml ** INDICE.RMD **.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"personalizzazione-in-unaltra-università","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15 personalizzazione in un’altra università","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"il-percorso-minimo","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15.1 il percorso minimo","text":"Se la questione anteriore nel modello di lattice di Oxthesis è adatta alla tua università, personalizzare Oxforddown alle tue esigenze potrebbe essere semplice come mettere il nome della tua istituzione e il percorso per il logo della tua università ** Index.rmd **:","code":"university: University of You\nuniversity-logo: figures/your-logo-here.pdf"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"sostituzione-dellintera-pagina-del-titolo-con-il-contenuto-richiesto","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15.2 Sostituzione dell’intera pagina del titolo con il contenuto richiesto","text":"Se hai un file . Tex con una questione frontale richiesta dalla tua università che si desidera sostituire del tutto la pagina del titolo del modello di oxthesis, puoi fornire un filepath questo file ** index.rmd **.\nIl contenuto di esempio di `Oxforddown include ed esempio di questo — Se usi lo yaml di seguito, la questione anteriore sarà così:\n","code":"alternative-title-page: front-and-back-matter/alt-title-page-example.tex"},{"path":"risoluzione-dei-problemi.html","id":"risoluzione-dei-problemi","chapter":"6 Risoluzione dei problemi","heading":"6 Risoluzione dei problemi","text":"Questo capitolo descrive gli errori comuni che potresti incontrare e come risolverli.","code":""},{"path":"risoluzione-dei-problemi.html","id":"errore-impossibile-creare-la-bibliografia-tramite-biber","chapter":"6 Risoluzione dei problemi","heading":"6.1 Errore: impossibile creare la bibliografia tramite biber","text":"Questo può accadere se hai avuto una build non riuscita, forse relazione ’arresto improvviso di RStudio.Prova fare questo:digita make clean-knits nella scheda del terminale (o esegui file.remove(list.files(pattern = \"*.(log|mtc|maf|aux|bbl|blg|xml)\")) la console R) per ripulire file generati da LaTeX durante una buildriavvia il computerSe ciò non risolve il problema, prova utilizzare il pacchetto LaTeX natbib invece di biblatex per la gestione dei riferimenti.\nPer fare ciò, vai su index.Rmd eimposta use-bilatex: false e use-natbib: trueimposta citation_package: natbib sotto","code":"output:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: natbib"},{"path":"conclusioni.html","id":"conclusioni","chapter":"Conclusioni","heading":"Conclusioni","text":"Se non vogliamo che “Conclusioni” abbia un numero di capitolo accanto, possiamo aggiungere l’attributo {-}.","code":""},{"path":"conclusioni.html","id":"ulteriori-informazioni","chapter":"Conclusioni","heading":"Ulteriori informazioni","text":"Ed ecco alcune altre informazioni casuali:\nil primo paragrafo dopo il titolo di un capitolo o l’intestazione di una sezione non dovrebbe essere rientrato, perché rientri devono dire al lettore che stai iniziando un nuovo paragrafo.Questo paragrafo, al contrario, sarà rientrato come dovrebbe perché non è il primo dopo il titolo “Maggiori informazioni”.\nCiao LaTeX. (Se stai leggendo la versione HTML, non vedrai alcun rientro - dai un’occhiata alla versione PDF per capire di cosa diavolo sta parlando questa sezione).","code":""},{"path":"prima-appendice.html","id":"prima-appendice","chapter":"A Prima Appendice","heading":"A Prima Appendice","text":"Questa prima appendice include un pezzo R nascosto nel documento (usando l’opzione chunk echo = FALSE) per facilitare la leggibilità:02-rmd-basics-code.RmdAnd ’s another one chapter, .e. Chapter ??:","code":"\nlibrary(tidyverse)\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/chunk-parts.png\")"},{"path":"la-seconda-appendice-per-ischerzo.html","id":"la-seconda-appendice-per-ischerzo","chapter":"B la Seconda Appendice, per ischerzo","heading":"B la Seconda Appendice, per ischerzo","text":"","code":""},{"path":"references.html","id":"references","chapter":"References","heading":"References","text":"","code":""}]
+[{"path":"index.html","id":"benvenuto","chapter":"Benvenuto!","heading":"Benvenuto!","text":"Benvenuti nell’output di bs4 dal template di tesi cattolicadown per R Markdown.\nPer visualizzare/scaricare l’output PDF, clicca qui (o fai clic sull’immagine di copertina).\nDivertiti, ma impara!dr. Niccolò Salvini\n5 Luglio 2022","code":""},{"path":"index.html","id":"abstract","chapter":"Benvenuto!","heading":"Abstract","text":"Questo template R Markdown serve per scrivere una tesi dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di tutte le sedi, di tutti corsi di laurea.\nIl template è costruito usando il pacchetto bookdown di Yihui Xie, con una forte ispirazione da thesisdown di Chester Ismay e dal template OxThesis (più recentemente riadattato da John McManigle).Il contenuto di esempio di questo template include illustrazioni su come scrivere una tesi R Markdown e segue gran parte la struttura di questo workshop R Markdown cura di un ricercatore dell’università di Oxford, da cui ho presto molta ispirazione.Congratulazioni per aver fatto un ulteriore passo avanti nelle terre della scienza open e riproducibile utilizzando uno strumento sottovalutato che ti consente di includere modo trasparente tabelle e grafici generati direttamente dai dati sottostanti.","code":""},{"path":"index.html","id":"ringraziamenti","chapter":"Benvenuto!","heading":"Ringraziamenti","text":"È qui che normalmente ringrazierai il tuo relator* /correlator, collegh, la famiglia e gli amici, nonché finanziamenti e il supporto istituzionale. Nel nostro caso, daremo le tesseremo le lodi alle persone che hanno sviluppato le idee e gli strumenti che ci consentono di spingere la scienza aperta un piccolo passo avanti scrivendo tesi trasparenti e riproducibili R Markdown.Dobbiamo essere grati John Gruber per aver inventato la versione originale di Markdown, John MacFarlane per aver creato Pandoc (http://pandoc.org) che converte Markdown un gran numero di formati di output e Yihui Xie per aver creato knitr che ha introdotto R Markdown come un modo per incorporare il codice nei documenti Markdown e bookdown che ha aggiunto strumenti per la scrittura tecnica forma più estesa.Un ringraziamento speciale Chester Ismay, che ha creato il pacchetto thesisdown che ha aiutato molti dottorandi scrivere le loro tesi R Markdown.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"introduzione","chapter":"Introduzione","heading":"Introduzione","text":"Benvenuto cattolicadown (lyngscattolicadown2019?), un template di tesi per R Markdown che ho creato per laureandi dell’Università Cattolica del Sacro Cuore (per tutte le sedi, per tutte le lauree).\nQuesto template ti consente di scrivere tutta la tesi R Markdown, mentre formatti l’.output PDF con il bellissimo e collaudato OxThesis LaTeX template.\nQuesto è un contributo, parte adattato ed open source che si ispira thesisdown.Si spera che scrivere la tua tesi R Markdown fornisca un’interfaccia migliore per latex (OxThesis se non hai mai usato TeX o LaTeX) togliendoti l’impiccio di impararlo da capo.\nAncora più importante, R Markdown ti consente di incorporare blocchi di codice ’interno della tua tesi e generare grafici e tabelle direttamente dai dati sottostanti, evitando passaggi di copia e incolla.\nQuesto ti fa prendere l’abitudine di fare ricerche riproducibili, il che ti beneficerà lungo termine come ricercatore o analista, e aiuterà anche chiunque stia cercando di riprodurre o sviluppare tuoi risultati.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"perché-usarlo","chapter":"Introduzione","heading":"Perché usarlo?","text":"R Markdown crea un modo semplice e diretto per interfacciarsi con la bellezza di LaTeX.\npacchetti sono stati scritti R per lavorare direttamente con LaTeX per produrre tabelle e paragrafi ben formattati.\nOltre creare un’interfaccia intuitiva per LaTeX, R Markdown ti consente di leggere tuoi dati, analizzarli e visualizzarli usando R, Python o altri linguaggi e fornire documentazione e commenti sui risultati del tuo progetto.\nInoltre, consente di passare risultati dell’output del codice linea al commento dei risultati.\nVedrai di più su questo più avanti, concentrandoti su R.\nSe ti piace di più Python o qualcos’altro, puoi comunque usare R Markdown - vedi ‘language engine’ [R Markdown: Definitive Guide] di Yihui Xie (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/language-engines.html).L’uso di LaTeX insieme Markdown è più coerente dell’output di un qualsiasi altro text editor, molto meno soggetto danneggiamento o arresto anomalo e il file risultante è più piccolo di un file di Word.\nAnche se potresti non aver mai avuto problemi con Word passato, è probabile che la tua tesi sarà circa due volte più grande e complessa di qualsiasi cosa tu abbia scritto prima, mettendo dura prova le capacità di Word.","code":""},{"path":"introduzione.html","id":"chi-lo-dovrebbe-usare","chapter":"Introduzione","heading":"Chi lo dovrebbe usare?","text":"Chiunque abbia bisogno di utilizzare l’analisi dei dati, la matematica, le tabelle, molte cifre, riferimenti incrociati complessi o che si preoccupa della riproducibilità nella ricerca può trarre vantaggio dall’utilizzo di R Markdown e da questo template.\nSe stai lavorando campi “più morbidi”, la natura user-friendly della sintassi Markdown e la sua capacità di tenere traccia e includere facilmente le figure, generano automaticamente un sommario, indice, riferimenti, sommario, ecc. dovrebbe comunque renderlo di grande beneficio per il tuo progetto di tesi.Inoltre se deciderai di ospitare files della tua tesi tramite git una cartella Github, offrirai al tu* relatore/correlat* la possiblità di farti fare una PR (pull request) sul codice che genera sia il testo, sia le analisi, sia la formattazione. Questo permetterà ad entrambe di tenere traccia dei cambiamenti, dello sviluppo e limitare l’antipatia del ping-pong delle versioni, come “final.docx”, “final-final.docx” e “davvero-ultimo-final.docx”","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"come-si-usa","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1 Come si usa?","text":"","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"qual-è-la-struttura-di-cattolicadown","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1 Qual è la struttura di cattolicadown","text":"","code":".\n+-- index.Rmd\n+-- _bookdown.yml\n+-- 00-introduction.Rmd\n| ...\n+-- 07-conclusion.Rmd\n+-- front-and-back-matter\n| +-- _abstract.Rmd\n| +-- 98-appendices.Rmd\n| ...\n+-- bibliography\n| +-- references.bib\n| ...\n+-- figures\n| ...\n+-- docs\n| +-- _main.pdf\n| ...\n+-- scripts_and_filters\n| +-- knit-functions.R\n| ...\n+-- templates\n| +-- template.tex\n| ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"index.rmd-opzioni-di-metadata-e-layout","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.1 index.Rmd: opzioni di metadata e layout","text":"index.Rmd setti la configurazione della tesi e.g., titolo, nome dell’autoreIn più setta percorsi che puntano al tuo abtract, abbreviazioni e bibliografia (ne puoi mettere anche più di uno di file .bib):Infine, index.Rmd è anche il luogo cui puoi personalizzare le opzioni di layout.\nAd esempio, nell’output PDF cosa dovrebbe dire l’intestazione della sezione bibliografica?\nCome devono essere posizionati numeri di pagina?\nDevono essere visualizzati numeri di riga?\nNell’output HTML, quali file CSS dovrebbero essere utilizzati per lo stile?","code":"title: |\n `cattolicadown`: \\\n An UCSC Thesis \\\n Template based on R Markdown\nauthor: Tuo Nome\ncollege: YTua Scuolaabstract: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_abstract.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\nacknowledgements: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_acknowledgements.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\ndedication: For Yihui Xie\nabbreviations: |\n `r paste(readLines(\"front-and-back-matter/_abbreviations.Rmd\"), collapse = '\\n ')`\n\n#######################\n## bibliography path ##\n#######################\nbibliography: [bibliography/references.bib, bibliography/additional-references.bib]### citation and bibliography style ###\nbibliography-heading-in-pdf: Works Cited\n...\n\n### position of page numbers ###\nordinary-page-number-foot-or-head: foot #'foot' puts page number in footer, 'head' in header\nordinary-page-number-position: C\n...\n\nincludeline-num: false #show line numbering in PDF?\n...\n\n bookdown::bs4_book: \n css: \n - templates/bs4_style.css\n - templates/corrections.css # remove to stop highlighting corrections"},{"path":"come-si-usa.html","id":"altri-.rmd-files-nella-root-i-capitoli-della-tesi","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.2 altri .Rmd files nella root: i capitoli della tesi","text":"ogni capitolo della tua tesi dovrebbe avere il proprio file .Rmd nella directory principaleogni capitolo della tua tesi dovrebbe avere il proprio file .Rmd nella directory principalequando lavori maglia index.Rmd, questi capitoli vengono uniti ordine alfabetico, base ai nomi dei filequando lavori maglia index.Rmd, questi capitoli vengono uniti ordine alfabetico, base ai nomi dei file","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"front-and-back-matter","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.3 front-and-back-matter/","text":"questa cartella contiene il fronte e il retro della tua tesiquesta cartella contiene il fronte e il retro della tua tesiha file .Rmd per il tuo abstract, riconoscimenti, abbreviazioni e una nota di benvenuto che è inclusa nell’output HTML.\nNota come questi file iniziano con un trattino basso (ad es. _abstract.Rmd).\nCiò significa che non verranno automaticamente uniti alla tesi: sono esplicitamente inclusi index.Rmdha file .Rmd per il tuo abstract, riconoscimenti, abbreviazioni e una nota di benvenuto che è inclusa nell’output HTML.Nota come questi file iniziano con un trattino basso (ad es. _abstract.Rmd).\nCiò significa che non verranno automaticamente uniti alla tesi: sono esplicitamente inclusi index.Rmd98-appendices e 99-references.Rmd vengono automaticamente uniti nella tesi - quindi loro nomi di file iniziano con un numero alto (è una naming cinvention dei files comune R), modo che saranno inclusi alla fine (l’unione viene eseguita ordine alfabetico). Dubito tu abbia più di 99 capitoli per tesi, ma se tu ce l’avessi sentiti libero di mettere 99999999.98-appendices e 99-references.Rmd vengono automaticamente uniti nella tesi - quindi loro nomi di file iniziano con un numero alto (è una naming cinvention dei files comune R), modo che saranno inclusi alla fine (l’unione viene eseguita ordine alfabetico). Dubito tu abbia più di 99 capitoli per tesi, ma se tu ce l’avessi sentiti libero di mettere 99999999.99-references.Rmd: il suo unico scopo è impostare l’intestazione per la sezione dei riferimenti nell’output di HTML e Word.99-references.Rmd: il suo unico scopo è impostare l’intestazione per la sezione dei riferimenti nell’output di HTML e Word.","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"bookdown.yml-opzioni-di-build","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.4 _bookdown.yml: opzioni di build","text":"Imposta la directory di output per file della tua tesi (docs/ è l’impostazione predefinita, poiché semplifica la pubblicazione dell’output HTML sulle pagine GitHub)Imposta la directory di output per file della tua tesi (docs/ è l’impostazione predefinita, poiché semplifica la pubblicazione dell’output HTML sulle pagine GitHub)R Markdown dovrebbe unire automaticamente file .Rmd ordine alfabetico?\nalternativa, specificare esplicitamente quali file devono essere inclusi.R Markdown dovrebbe unire automaticamente file .Rmd ordine alfabetico?\nalternativa, specificare esplicitamente quali file devono essere inclusi.","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"scripts-and-filters","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.5 scripts-and-filters","text":"knit-function.R ha le funzioni che vengono utilizzate quando costruisci l’intera tesi facendo knit dell’ index.Rmdknit-function.R ha le funzioni che vengono utilizzate quando costruisci l’intera tesi facendo knit dell’ index.Rmdcreate_chunk_options.R ti consente di includere citazioni ’inizio di un capitolo nell’output PDFcreate_chunk_options.R ti consente di includere citazioni ’inizio di un capitolo nell’output PDFcolour_and_highlight.lua ti consente di colorare il testo o applicare il colore di sfondo al testocolour_and_highlight.lua ti consente di colorare il testo o applicare il colore di sfondo al testo","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"templates","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.1.6 templates","text":"template.tex è il modello LaTeX utilizzato per costruire l’intera tesi PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)template.tex è il modello LaTeX utilizzato per costruire l’intera tesi PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)brief-template.tex è il modello LaTeX utilizzato per creare un singolo capitolo PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)brief-template.tex è il modello LaTeX utilizzato per creare un singolo capitolo PDF nel layout OxThesis (si basa su ociamthesis.cls)beltcrest.pdf: il logo oxford utilizzato sulla prima pagina dell’output PDFbeltcrest.pdf: il logo oxford utilizzato sulla prima pagina dell’output PDF","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"build-dellintera-tesi","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2 Build dell’intera tesi","text":"Costruisci l’intera tesi aprendo index.Rmd e facendo clic sul pulsante ‘knit’.file di tesi generati vengono salvati nella cartella docs/Per scegliere formati di output, vai ’inizio dell’intestazione YAML di index.Rmd e modifica la riga thesis_formats <- \"pdf\"; nel formato desiderato (le opzioni sono “pdf”, “bs4”, “gitbook” e “word”)Puoi creare più formati contemporaneamente con, ad esempio, thesis_formats <- c(\"pdf\", \"bs4\", \"word\")Se vuoi personalizzare la funzione build, modifica scripts_and_filters/knit-functions.R","code":""},{"path":"come-si-usa.html","id":"pdf-output","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.1 PDF output","text":"Quando crei l’intera tesi PDF, Latex genera un intero gruppo di file ausiliari: questi vengono automaticamente rimossi al termine del processo di creazione dalla funzione di unione personalizzata che viene utilizzata quando lavori maglia index.Rmd.Per modificare il modo cui viene eseguita questa rimozione, modifica scripts_and_filters/knit-functions.R.\nLa riga file.remove(list.files(pattern = \"*\\\\.(log|mtc\\\\d*|maf|aux|bcf|lof|lot||toc)$\")) ’interno di ( \"pdf\" %% output_format){ è quello che rimuove file dopo la generazione dell’output PDF.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"pdf\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"bs4-book-output-html","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.2 BS4 book output (HTML)","text":"NOTA: l’output del libro bs4 richiede pacchetti R downlit e bslib (installali con install.packages)Nota anche che per distribuire un libro BS4 su GitHub Pages, ci deve essere un file .nojekyll nella cartella docs/, altrimenti GitHub fa della magia nera che fa sì che alcuni percorsi di file non funzionino. Questo file è generato automaticamente dfacendo knit cattolicadown.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"bs4\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"gitbook-output-html","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.3 Gitbook output (HTML)","text":"Nota anche che per distribuire un libro gitbook su GitHub Pages, ci deve essere un file .nojekyll nella cartella docs/, altrimenti GitHub fa della magia nera che fa sì che alcuni percorsi di file non funzionino. Questo file è generato automaticamente dfacendo knit cattolicadown.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"gitbook\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"word-output","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.2.0.4 Word output","text":"Nota che l’output di Word non ha modelli dietro e molte cose non funzionano (ad es. rotazione dell’immagine, correzioni di evidenziazione). Incoraggio le richieste pull che ottimizzano l’output di Word, ad es. utilizzando gli strumenti del pacchetto officer.","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"word\";\n ..."},{"path":"come-si-usa.html","id":"fare-build-di-un-singolo-capitolo","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.3 Fare build di un singolo capitolo","text":"Per fare knit di un singolo capitolo senza compilare l’intera tesi:aprire il file .Rmd di un capitoloaggiungi un’intestazione YAML specificando formati di output (ad es. bookdown::word_document2 per un documento Word per cui potresti voler caricare su Google Docs e ricevere il feedback de* correlator* /relator* /collaborator*)fare clic sul pulsante knit (il file di output viene quindi salvato nella cartella principale)Come mostrato nelle intestazioni YAML dei capitoli di esempio, per generare un singolo capitolo PDF, utilizzare:file templates/brief_template.tex formats chapter OxThesis style without including front matter (table contents, abstract, etc).","code":"output:\n bookdown::pdf_document2:\n template: templates/brief_template.tex\n citation_package: biblatex\ndocumentclass: book\nbibliography: references.bib"},{"path":"come-si-usa.html","id":"usare-_common.r","chapter":"1 Come si usa?","heading":"1.4 usare _common.R","text":"il file _common.R serve raccogliere gli script che desideri eseguire prima del knit di ciascun capitolo. Alcune scelte ricorrenti sono:il caricamento di librerie comuni tutti capitoliil tema ggplot2 ( ricorda di aggiungere anche il caricamento della dipendenza )il comportamento di default dei chunksil caricamento memoria di un dataset usato nei capitoliAttenzione questo ultimo caso, se il dataset è particolarmente pesante potrebbe rallentare la compilazione di ciascun .Rmd proporzionalmente al numero di capitoli della tua tesi.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"rmd-basics","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2 R Markdown basics","text":"Ecco una breve introduzione ’uso di R Markdown.\nMarkdown è una semplice sintassi di formattazione per la creazione di documenti HTML, PDF e MS Word e molto altro ancora.\nR Markdown offre la flessibilità di Markdown con l’implementazione di input e output R. Per maggiori dettagli sull’utilizzo di R Markdown, vedere http://rmarkdown.rstudio.com.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"sintassi-di-base-markdown","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1 Sintassi di base Markdown","text":"","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"whitespace","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.1 Whitespace","text":"Fai attenzione al distanziamento.\nSebbene lo spazio bianco sia gran parte ignorato, volte fornisce segnali su come procedere.\nCome abitudine, cerca di mantenere tutto allineato sinistra quando possibile, specialmente mentre compili un nuovo paragrafo.\naltre parole, non è necessario indentare il testo di base nel documento Rmd (effetti, se lo fai, il tuo testo potrebbe sclerare).","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"corsivo-e-grassetto","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.2 Corsivo e grassetto","text":"Corsivo si fa così ** o _this_Grassetti si fa così **** o __this__Grassetto e corsivo si fa così ******, ___this___, o (il più comprensibile) **_this_**","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-inline","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.3 Codice Inline","text":"Codice Inline si fa coi backticks, così `questo`","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"pedice-e-apice","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.4 Pedice e Apice","text":"pedice2 e apice2 sono fatti così ~2~ e ^2^","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"barrato","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.5 Barrato","text":"Barrato si fa così ~~ barrato ~~","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"escaping-aka-se-avessi-bisogno-di-un-aterisco","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.6 ‘Escaping’ (aka “se avessi bisogno di un aterisco?”)","text":"Per includere un asterisco *, _ \\, aggiungi un altro \\ prima del solito: \\*, \\_, \\\\","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"endash-emdash","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.7 Endash (–), emdash (—)","text":"– e — con -- e ---","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"blocco-citazione","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.8 Blocco citazione","text":"Fai così:Metti un > prima della linea di citazione.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"intestazioni","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.9 Intestazioni","text":"Le intestazioni delle sezioni vengono create con # di numero crescente, ad es.# Intestazione di primo livello## Intestazione di secondo livello### Etc.Nell’output PDF, un’intestazione di livello cinque si trasformerà un’intestazione di paragrafo, ad esempio \\paragraph{La mia intestazione di livello cinque}, che appare grassetto sulla stessa riga del paragrafo successivo.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"elenchi-puntati-e-numerati","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.10 Elenchi puntati e numerati","text":"Le liste senza ordine inziamo * o con -:Item 1Item 2Le liste ordinate invece iniziano con un numero.\nNota che puoi etichettare erroneamente numeri e Markdown eseguirà comunque l’ordine direttamente nell’output:Item 1Item 2Per creare una sottolista, indenta leggermente valori (almeno quattro spazi o una tabulazione):Item 1Item 2Item 3\nItem 3a\nItem 3b\nItem 3aItem 3b","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"interruzioni-linea","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.11 Interruzioni linea","text":"Il modo ufficiale Markdown per creare interruzioni di riga è terminare una riga con più di due spazi.Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Questo appare sulla stessa riga nell’output, perché non abbiamo aggiunto spazi dopo il rosso.Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Questo appare con un’interruzione di riga perché ho aggiunto spazi dopo il rosso.Trovo che questo sia fonte di confusione, quindi consiglio il modo alternativo: terminare una riga con una barra rovesciata creerà anche un’interruzione di riga:Le rose sono rosse.\nLe violette sono blu.Per creare un nuovo paragrafo, metti una riga vuota.Pertanto, questa riga inizia il proprio paragrafo.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"collegamenti-ipertestuali","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.12 Collegamenti ipertestuali","text":"Questo è un collegamento ipertestuale google creato scrivendo il testo che vuoi trasformare un collegamento cliccabile tra [parentesi quadre seguite da ](https://hyperlink--parentheses)","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"note-a-piè-di-pagina","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.13 Note a piè di pagina","text":"Vengono creati1 scrivendo ^[testo della mia nota piè di pagina] per fornire il contenuto della nota piè di pagina linea, o qualcosa come [^-random-footnote-label] e fornendo il testo altrove nel formato mostrato sotto [^test-note]:[^-random-footnote-label]: questo è un test casuale.","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"commenti","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.14 Commenti","text":"Per scrivere commenti ’interno del testo che non verranno effettivamente inclusi nell’output, utilizzare la stessa sintassi utilizzata per scrivere commenti HTML. Cioè, .","code":""},{"path":"rmd-basics.html","id":"matematica-e-formule-sintassi","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.15 Matematica e formule (sintassi)","text":"La sintassi per scrivere matematichese è stata rubata da LaTeX (il cui strumento di render è MathJax). Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata inline, racchiudila tra segni del dollaro.\n- Questo: $= \\pi*r^{2}$ Diventa: \\(= \\pi*r^{2}\\)Per scrivere un’espressione matematica che verrà mostrata un blocco, racchiudila tra due segni di dollaro.Questo: $$= \\pi*r^{2}$$Diventa:\\[= \\pi*r^{2}\\]Per creare equazioni numerate, mettile un ambiente ‘equazione’ e assegna loro un’etichetta con la sintassi (\\#eq:label), questo modo:Diventa:\n\\[\\begin{equation}\nf\\left(k\\right)=\\binom{n}{k}p^k\\left(1-p\\right)^{n-k}\n\\tag{2.1}\n\\end{equation}\\]Per ulteriori informazioni (ad esempio come teoremi), vedere ad es. la documentazione su bookdown.org\n## Blocchi di codice eseguibile {#code}\nLa magia di R Markdown è che possiamo aggiungere codice eseguibile ’interno del nostro documento per renderlo dinamico.Lo facciamo sia come blocchi di codice (generalmente utilizzati per caricare librerie e dati, eseguire calcoli e aggiungere immagini, grafici e tabelle) o codice linea (generalmente utilizzato per riportare dinamicamente risultati ’interno del nostro testo).La sintassi di un blocco di codice è mostrata nella figura 2.1.\nFigure 2.1: Code chunk syntax\nLe opzioni di blocco comuni includono (vedi ad esempio bookdown.org):echo: se visualizzare o meno il codice nell’output knittedeval: se o per eseguire il codice nel blocco durante il lavoro magliainclude: se includere qualcosa da un pezzo di codice nel documento di outputfig.cap: didascalia della figurafig.scap: didascalia con cifre brevi, che verrà utilizzata nell’“Elenco delle cifre” nella prima parte del PDFIMPORTANTE: non utilizzare trattini bassi nelle etichette dei blocchi - se lo fai, è probabile che venga visualizzato un errore nell’output PDF che dice qualcosa come “! Errore didascalia pacchetto: \\caption outside float”.","code":"\\begin{equation} \n f\\left(k\\right) = \\binom{n}{k} p^k\\left(1-p\\right)^{n-k}\n (\\#eq:binom)\n\\end{equation} "},{"path":"rmd-basics.html","id":"pezzi-di-configurazione-configurazione-immagini-grafici","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.16 Pezzi di configurazione: configurazione, immagini, grafici","text":"Un documento R Markdown di solito inizia con un pezzo che viene utilizzato per caricare le librerie e per impostare le opzioni di blocco predefinite con knitr::opts_chunk$set.Nella tua tesi, questo accadrà probabilmente index.Rmd e/o come parti di apertura ciascuno dei tuoi capitoli.","code":"```{r setup, include=FALSE}\n# don't show code unless we explicitly set echo = TRUE\nknitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)\n\nlibrary(tidyverse)\n```"},{"path":"rmd-basics.html","id":"comprese-le-immagini","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.17 Comprese le immagini","text":"blocchi di codice vengono utilizzati anche per includere immagini, con include_graphics dal pacchetto knitr, come Figura 2.2\nFigure 2.2: UCSC logo\nUtili opzioni di blocco per le figure includono:.width (usare con una percentuale) per impostare la dimensione dell’immaginese hai un’immagine che diventa mooolto grande nel tuo output, sarà vincolata alla larghezza della pagina impostando .width = \"100%\"","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/cattolica-logo.png\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"rotazione-figura","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"Rotazione figura","text":"Puoi usare l’opzione chunk .extra per ruotare le immagini.La sintassi è diversa per LaTeX e HTML, quindi per comodità potremmo iniziare assegnando la stringa giusta una variabile che dipende dal formato cui stai eseguendo l’output:Quindi puoi fare riferimento quella variabile come il valore di .extra per ruotare le immagini, come Figura 2.3.\nFigure 2.3: UCSC logo, rotated\n","code":"\nif (knitr::is_latex_output()){\n rotate180 <- \"angle=180\"\n} else {\n rotate180 <- \"style='transform:rotate(180deg);'\"\n}"},{"path":"rmd-basics.html","id":"mettere-i-grafici","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.18 Mettere i grafici","text":"Allo stesso modo, blocchi di codice vengono utilizzati per includere grafici generati dinamicamente.\nUsi il codice ordinario R o altri linguaggi - La figura 2.4 mostra un grafico del set di dati cars delle distanze di arresto per le auto varie velocità (questo set di dati è integrato R ).\nFigure 2.4: ggplot car stuff\nautomatico il grafico viene incluse nel tuo documento, così come le immagini. Questo succede tutte le volte che costruisci .e. buildi il libro (bookdown bookdown::serve_book()) o fai knit .e.knitr::knit un capitolo, plots vengono generati automaticamente partire dal tuo codice, poi salvati come immagini, quindi inclusi nel documento di output.","code":"\ncars %>% \n ggplot() +\n aes(x = speed, y = dist) +\n geom_point()"},{"path":"rmd-basics.html","id":"tabelle","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.19 Tabelle","text":"Le tabelle sono solitamente incluse con la funzione kable del pacchetto knitr.La tabella ?? mostra le prime righe dei dati del dataset mtcars.Gotchas: quando si utilizza kable, sottotitoli sono impostati ’interno della funzione kableIl pacchetto kable viene spesso utilizzato con il pacchetto kableExtra","code":"\ncars %>% \n head() %>% \n knitr::kable(caption = \"A knitr kable table\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"controllo-del-posizionamento","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.1.20 Controllo del posizionamento","text":"Una cosa che potrebbe essere fastidiosa è il modo cui R Markdown gestisce “fluttuanti” come tabelle e figure. Li chiamo fluttuanti perchè prendo prestito la notazione LaTeX che li chiama proprio così.\nNel tuo output PDF, LaTeX cercherà di trovare il posto migliore per mettere il tuo oggetto base al testo che lo circonda e finché non hai davvero finito di scrivere dovresti semplicemente lasciarlo dove si trova.generale, dovresti consentire LaTeX di farlo, ma se hai davvero veramente bisogno di una figura da posizionare dove inserisci nel documento, puoi fare modo che LaTeX tenti di farlo con l’opzione chunk fig.pos=\" H\", come Figura 2.5:\nFigure 2.5: UCSC logo LaTeX try place position text\nCome sa chiunque abbia provato giocare manualmente con il posizionamento di figure un documento di Word, questo può avere effetti collaterali tipo spaziatura extra su altre pagine, ecc.\nPertanto, generalmente non è una buona idea farlo - fallo solo quando hai davvero bisogno di assicurarti che un’immagine segua direttamente sotto il testo dove ti riferisci ad essa (questo documento, dovevo farlo per Figure @ref( fig:latex-font-sizing) nella sezione 4.1.4).\nPer maggiori dettagli, leggi la sezione pertinente del R Markdown Cookbook.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/cattolica-logo.png\")"},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-in-linea-eseguibile","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.2 Codice in linea eseguibile","text":"“Codice linea” significa semplicemente inclusione di codice ’interno del testo.\nLa sintassi per farlo è `r R_CODE`\nAd esempio, `r 4 + 4` produrrà 8 nel tuo testo.Di solito lo utilizzerai nelle parti della tua tesi cui riporti risultati: leggi dati o risultati un blocco di codice, archivia le cose che vuoi segnalare una variabile, quindi inserisci il valore di quella variabile nel tuo testo.\nAd esempio, potremmo assegnare il numero di righe nel dataset cars una variabile:Potremmo quindi scrivere:\n“Nel set di dati cars, abbiamo osservazioni `r num_car_observations`.”Che genererebbe:\n“Nel set di dati cars, abbiamo osservazioni 50.”","code":"\nnum_car_observations <- nrow(cars)"},{"path":"rmd-basics.html","id":"codice-eseguibile-in-linguaggi-diversi-da-r","chapter":"2 R Markdown basics","heading":"2.3 Codice eseguibile in linguaggi diversi da R","text":"Se desideri utilizzare linguaggi diversi da R, come Python, Julia C++ o SQL, consulta la sezione pertinente del R Markdown Cookbook.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"cites-and-refs","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","text":"","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"citazioni","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1 Citazioni","text":"Il modo per includere le citazioni un documento R Markdown è inserire riferimenti un file di testo normale con estensione .bib, formato BibTex.2\nQuindi fai riferimento al percorso di questo file nell’intestazione YAML di index.Rmd con bibliography: example.bib.La maggior parte dei gestori di referenze può creare automaticamente un file .bib con le tue referenze.\nTuttavia, il di gran lunga miglior gestore di riferimento da utilizzare con R Markdown è Zotero con il plug-Better BibTex, perché il plugin citr per RStudio (vedi sotto) può leggere riferimenti direttamente dalla tua libreria Zotero!\nAh, dimenticavo, Rmarkdown sistema da sola ordine alfabetico le referenze ogni volta che fai knit e ne fai riferimento nel testo. Puoi dare un’occhiata anche mybib, molto comodo e ti permette di esportare nel formato che più preferisci.Ecco un esempio di una voce un file .bib:questa sezione evidenziata, ‘Shea2014’ è l’identificativo di citazione.\nIl modo predefinito per citare una voce nel testo è con questa sintassi: [@citation-identifier].Quindi potrai citare alcune referenze così (Lottridge et al., 2012; Mill, 1965 [1843]; Shea et al., 2014).","code":"@article{Shea2014,\n author = {Shea, Nicholas and Boldt, Annika},\n journal = {Trends in Cognitive Sciences},\n pages = {186--193},\n title = {{Supra-personal cognitive control}},\n volume = {18},\n year = {2014},\n doi = {10.1016/j.tics.2014.01.006},\n}"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"citation-appearance","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1.1 Aspetto delle citazioni e della sezione dei riferimenti (pandoc)","text":"Per una impostazione predefinita, cattolicadown consente Pandoc di gestire il modo cui le citazioni vengono inserite nel testo e nella sezione dei riferimenti.\nPuoi modificare l’aspetto di citazioni e riferimenti specificando un file CSL (Citation Style Language) nel campo dei metadati csl di index.Rmd.\nPer impostazione predefinita, “cattolica” dell’American Psychological Association APA (7a edizione).Con questo stile, è utile conoscere una serie di variazioni sulla sintassi della citazione:Metti nomi degli autori fuori parentesi\nQuesto: @Shea2014 dice bla.\nDiventa: Shea et al. (2014) dice bla.\nQuesto: @Shea2014 dice bla.Diventa: Shea et al. (2014) dice bla.Includere solo l’anno di citazione (tra parentesi)\nQuesto: Shea et al. dice bla [-@Shea2014]\nDiventa: Shea et al. dice bla (2014)\nQuesto: Shea et al. dice bla [-@Shea2014]Diventa: Shea et al. dice bla (2014)Aggiungi testo e riferimenti pagine o capitoli alla citazione\nQuesto: [vedi @Shea2014, pp. 33-35; anche @Wu2016, cap. 1]\nDiventa: bla bla (vedi Shea et al., 2014, pp. 33–35; anche Wu, 2016, cap. 1).\nQuesto: [vedi @Shea2014, pp. 33-35; anche @Wu2016, cap. 1]Diventa: bla bla (vedi Shea et al., 2014, pp. 33–35; anche Wu, 2016, cap. 1).Se invece vuoi uno stile di citazione con numero, prova csl: bibliography/transactions--computer-human-interaction.csl o sfoglia semplicemente il Zotero Style Repository cercando uno che ti piace.\nPer comodità, puoi impostare l’interlinea e lo spazio tra le voci bibliografiche nella sezione di riferimento direttamente dall’intestazione YAML index.Rmd.Se preferisci usare bilatex o natbib per gestire riferimenti, vedi questo capitolo.\n","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"inserisci-facilmente-i-riferimenti-con-leditor-visivo-di-rstudio","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.1.2 Inserisci facilmente i riferimenti con l’editor visivo di RStudio","text":"Per inserire facilmente le citazioni, usa il [Visual Editor] di RStudio (https://rstudio.github.io/visual-markdown-editing/citations.html).\nAssicurati di avere l’ultima versione di RStudio: l’editor visivo originariamente era davvero buggato, specialmente relazione ai riferimenti, ma v2022.02.0 è fantastico!","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-incrociati","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2 Riferimenti incrociati","text":"Possiamo fare riferimenti incrociati sezioni ’interno del nostro documento, nonché figure (immagini e grafici) e tabelle.La sintassi generale per riferimenti incrociati è \\@ref(label)","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-alla-sezione","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.1 Riferimenti alla sezione","text":"Alle intestazioni viene assegnata automaticamente un’etichetta di riferimento, che è il testo maiuscolo separato da trattini. Ad esempio, # header viene assegnata automaticamente l’etichetta -header. Quindi # header può essere referenziato con \\@ref(-section)Ricordi cosa abbiamo scritto nella sezione ???Possiamo anche usare la sintassi del collegamento ipertestuale e aggiungere # prima dell’etichetta, anche se questo è garantito che funzioni correttamente solo nell’output HTML:Quindi se scriviamo Ricordi cosa abbiamo scritto nella [sezione precedente](#citations)?Diventa Ricorda cosa abbiamo scritto nella sezione precedente?","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"creazione-di-etichette-personalizzate","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.1.1 Creazione di etichette personalizzate","text":"È un’ottima idea creare etichette personalizzate per le nostre sezioni. Questo perché le etichette assegnate automaticamente cambieranno quando cambiamo titoli delle sezioni - per evitare ciò, possiamo creare noi stessi le etichette e lasciarle intatte se cambiamo titoli delle sezioni.Creiamo etichette personalizzate aggiungendo {#label} dopo un’intestazione, ad es. # La mia sezione {#-label}.\nVedi il titolo del nostro capitolo per un esempio. Quella era la sezione 3.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-a-figure-immagine-e-grafico.","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.2 Riferimenti a figure (immagine e grafico).","text":"Per fare riferimento figure (ovvero immagini e grafici) utilizzare la sintassi \\@ref(fig:label)NB: le figure e le tabelle devono avere didascalie se desideri fare un riferimento incrociato.Aggiungiamo un’immagine:\nFigure 3.1: marvel-lous meme\nCi riferiamo questa immagine con \\@ref(fig:capitano).\nQuindi la figura 3.1 è questa immagine.E nella figura 2.4 vediamo cars plot.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/captain.jpeg\")"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"riferimenti-a-tabelle","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.3 Riferimenti a tabelle","text":"Per fare riferimento alle tabelle, utilizzare la sintassi \\@ref(tab:label)Adesso includiamo la tabella:Ci riferiamo questa tabella con \\@ref(tab:cars-table2).\nQuindi la tabella ?? è questa tabella.E nella tabella ?? abbiamo visto più o meno la stessa tabella delle auto.","code":"\nknitr::kable(cars[1:5,],\n caption=\"Stopping cars\")"},{"path":"cites-and-refs.html","id":"numeri-di-pagina","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.4 Numeri di pagina","text":"Infine, nell’output PDF potremmo anche voler includere il numero di pagina di un riferimento, modo che sia facile trovarlo nell’output fisico stampato.\nLaTeX ha un comando per questo, che assomiglia questo: \\pageref{fig/tab:label} (nota: parentesi graffe, non parentesi)Quando eseguiamo l’output PDF, possiamo utilizzare LaTeX non elaborato direttamente nei nostri file .Rmd. Quindi se volessimo inserirenil grafico della auto alla pagina potremmo scrivere:Questo: Figura \\@ref(fig:cars-plot) nella pagina \\pageref(fig:cars-plot)Diventa: Figura 2.4 nella pagina ","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"numeri-di-pagina-solo-nelloutput-pdf","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.2.4.1 Numeri di pagina solo nell’output PDF","text":"Un problema qui è che comandi LaTeX non vengono visualizzati nell’output HTML, ma anche nell’output di gitbook, da cui osserveremo “Figure 2.4 page”.Un modo per aggirare questo problema è utilizzare il codice inline per inserire il testo e utilizzare un’istruzione ifelse per controllare il formato di output e quindi inserire il testo appropriato solo se conforme al formato desiderato.Quindi: `r ifelse(knitr::is_latex_output(), \"Figure \\\\@ref(fig:cars-plot) page \\\\pageref{fig:cars-plot}\", \"\")`Inserisci questo (verifica che sia solo PDF output):Si noti che è necessario eseguire l’escape della barra inversa con un’altra barra inversa qui per ottenere l’output corretto.","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"scrittura-collaborativa","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.3 Scrittura collaborativa","text":"Le migliori pratiche per la collaborazione e il rilevamento delle modifiche quando si utilizza R Markdown sono ancora una questione aperta.\nNel post del blog One year dissertate di Lucy D’Agostino, che consiglio vivamente, l’autrice unisce file .Rmd un documento di Word, quindi utilizza il pacchetto “googledrive” R per inviarlo Google Drive per commenti / revisioni dai coautori (quelli che saranno tuoi supervisor/s o correlatore/), quindi incorpora suggerimenti di Google Drive mano nella sorgente .Rmd File.\nPersonalmente lo trovo molto laborioso e ci sono discussioni corso tra gli sviluppatori di R Markdown su quale sia il modo migliore per gestire la scrittura collaborativa (vedi numero #1463 su GitHub, dove CriticMarkup è tra suggerimenti).Un’altra opzione è usare hypothes, cioè lo stesso strumento che sto utilizzando per ricevere feedbacks su questa documentazione. questa maniera potrai semplicemente inviare il link al tuo correlatore e quello appunterà direttamente sul browser quello che non gli piace. Da lì puoi tu rimettere mano ai files .Rmd sorgente e rigeneare documenti (sito + pdf di output).\nPer ora, questa è una domanda aperta nella comunità degli utenti di R Markdown.\nUn’altra soluzione è esportare un formato compatibile con Google Docs per commenti, quindi esamini le revisioni suggerite e le reinserisci manualmente nei file di origine .Rmd.Per gli articoli scientifici, volte carico una bozza quasi definitiva su Overleaf, quindi apporto modo collaborativo le modifiche finali al file LaTeX lì. La collaborazione è solo col Premium però.\nSospetto che qualche soluzione sarà sviluppata un futuro non troppo lontano, probabilmente dal team di Posit (Qaurto).","code":""},{"path":"cites-and-refs.html","id":"risorse-addizionali","chapter":"3 Citazioni, referenze incrociate, e collaborazione","heading":"3.4 Risorse addizionali","text":"R Markdown: Definitive Guide - https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/R Markdown: Definitive Guide - https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/R Data Science - https://r4ds..co.nzR Data Science - https://r4ds..co.nz","code":""},{"path":"tables.html","id":"tables","chapter":"4 Tabelle","heading":"4 Tabelle","text":"","code":""},{"path":"tables.html","id":"fare-in-modo-che-le-tabelle-latex-si-comportino-bene","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1 Fare in modo che le tabelle LaTeX si comportino bene","text":"Gestire le tabelle LaTeX può essere disgustoso.\nQuesta sezione spiega principali trucchi di cui hai bisogno per evitare di accumulare stress.(Nota: se stai guardando la versione ebook, non vedrai molte differenze questa sezione, poiché è rilevante solo per l’output PDF!)","code":""},{"path":"tables.html","id":"rendere-bella-la-tua-tabella","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.1 Rendere bella la tua tabella","text":"Quando usi kable per creare tabelle, quasi sicuramente vorrai impostare l’opzione booktabs = TRUE.\nQuesto già e sufficiente renderla presentabile:Dai un’occhiata q questa con lo stile predefinito, è orribile:","code":"\nlibrary(knitr)\nlibrary(tidyverse)\n\nhead(mtcars) %>% \n kable(booktabs = TRUE)\nhead(mtcars) %>% \n kable()"},{"path":"tables.html","id":"se-il-tuo-tavolo-è-troppo-largo","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.2 Se il tuo tavolo è troppo largo","text":"Potresti scoprire che la tua tabella si espande oltre margini della pagina, come le tabelle sopra.\nRisolvi questo problema con la funzione kable_styling dal pacchetto kableExtra:Questo ridimensiona la tabella per adattarsi alla larghezza della pagina.","code":"\nlibrary(kableExtra)\n\nhead(mtcars) %>% \n kable(booktabs = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"scale_down\")"},{"path":"tables.html","id":"se-la-tabella-è-troppo-lunga","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.3 Se la tabella è troppo lunga","text":"Se la tua tabella è troppo lunga per stare su una singola pagina, imposta longtable = TRUE nella funzione kable per dividere la tabella su più pagine.Quando lo fai, probabilmente vorrai fare modo che l’intestazione si ripeta su nuove pagine.\nFallo con la funzione kable_styling di kableExtra:Sfortunatamente, non possiamo usare l’opzione scale_down con una longtable.\nQuindi, se una longtable è troppo larga, puoi regolare manualmente la dimensione del carattere o mostrare la tabella formato orizzontale.\nPer regolare la dimensione del carattere, usa l’opzione font_size di kableExtra:Per mettere la tabella modalità orizzontale, usa la funzione “landscape” di kableExtra:","code":"\na_long_table <- rbind(mtcars, mtcars)\n\na_long_table %>% \n select(1:8) %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE)\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\")\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(font_size = 9, latex_options = \"repeat_header\")\na_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\") %>% \n landscape()"},{"path":"tables.html","id":"max-power","chapter":"4 Tabelle","heading":"4.1.4 Max power: regola manualmente l’output grezzo di LaTeX","text":"Per una flessibilità totale, puoi regolare l’output grezzo di LaTeX da kable/kableExtra che genera la tabella.\nConsideriamo il caso di regolazione della dimensione del carattere quando la tabella è troppo larga:\nLatex ha una serie di comandi standard che impostano una dimensione approssimativa del carattere, come mostrato di seguito nella Figura 4.1.\nFigure 4.1: Font sizes LaTeX\nPuoi usarli per regolare manualmente la dimensione del carattere nel tuo longtable due passaggi:Avvolgere l’ambiente longtable, ad esempio, un ambiente scriptsize, sostituendo una stringa nell’output di kable/kableExtraAggiungi gli attributi che fanno capire R Markdown che la tabella è una tabella (sembra che R li rilasci quando eseguiamo la sostituzione della stringa)","code":"\nour_adjusted_table <- a_long_table %>% \n kable(booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>% \n kable_styling(latex_options = \"repeat_header\") %>% \n # wrap the longtable in a tiny environment\n str_replace('\\\\\\\\begin\\\\{longtable\\\\}', \n '\\\\\\\\begin\\\\{scriptsize\\\\}\\n\\\\\\\\begin\\\\{longtable\\\\}') %>%\n str_replace('\\\\\\\\end\\\\{longtable\\\\}', \n '\\\\\\\\end\\\\{longtable\\\\}\\n\\\\\\\\end\\\\{scriptsize\\\\}')\n\n#add attributes to make R Markdown treat this as a kable LaTeX table again\nour_adjusted_table %>% \n structure(format = \"latex\", class = \"knitr_kable\")"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customizzazioni-ed-estensioni","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5 Customizzazioni ed estensioni","text":"Questo capitolo descrive una serie di suggerimenti e trucchi aggiuntivi, nonché possibili personalizzazioni alla tesi scritta con cattolicadown.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"cache-di-chunk-e-la-cartella-_bookdown_files","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.1 cache di chunk e la cartella _bookdown_files","text":"Se si imposta cache = true un blocco di codice si memorizzano risultati dell’output del chunk. Quindi se il calcolo richiede tempo è utile. Consulta la documentazione R Markdown. files memorizzati così finiscono una cache appunto nella cartella **_bookdown_files**.Se non usi la cache e desideri semplicemente eliminare la cartella _ bookdown_files dopo il completamento del processo di build, impostare allow_cache = false index.rmd .Cioè, questo punto il tuo yaml dovrebbe assomigliare questo:","code":"knit: (function(input, ...) {\n thesis_formats <- \"pdf\";\n \n source(\"scripts_and_filters/knit-functions.R\");\n knit_thesis(input, thesis_formats, allow_cache = FALSE, ...)\n })"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"fronte-pagina","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2 Fronte Pagina","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"accorcia-le-didascalie-mostrate-nellelenco-delle-figure-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2.1 Accorcia le didascalie mostrate nell’elenco delle figure (PDF)","text":"Potresti voler che il tuo elenco di cifre (che segue il contenuto del contenuto) abbia descrizioni di figure più brevi (o semplicemente diverse) rispetto alle didascalie alla figura effettiva.Fallo usando l’opzione chunk fig.scap (‘didascalia breve’), ad esempio{R Captain-Image, fig.cap = \"Una didascalia molto lunga e descrittiva (e potenzialmente noiosa) che non si adatta alla Elenco delle figure, ma aiuta il lettore capire cosa comunica la figura. \", fig.scap =\" Una descrizione concisa per l'elenco delle figure \"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"abbrevia-le-didascalie-visualizzate-nellelenco-delle-tabelle-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.2.2 abbrevia le didascalie visualizzate nell’elenco delle tabelle (PDF)","text":"È possibile che l’elenco delle tabelle (che segue l’elenco delle figure nel frontespizio della tesi) abbia descrizioni delle tabelle più brevi (o semplicemente diverse) rispetto alle didascalie delle tabelle stesse.Se stai usando knitr::kable per generare una tabella, puoi farlo con l’argomento caption.short, ad esempio:","code":"\nknitr::kable(mtcars,\n caption = \"Una didascalia molto lunga e descrittiva (e potenzialmente\n noioso) che non si adatta all'elenco delle figure,\n ma aiuta il lettore a capire cosa la figura\n comunica.\",\n caption.short = \"Una descrizione concisa per l'elenco delle tabelle\")"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"accorciare-lintestazione-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.3 Accorciare l’intestazione (PDF)","text":"Potresti voler l’intestazione nel mezzo di un capitolo (ovvero l’intestazione che mostra il titolo ’interno dell’attuale capitolo nella parte superiore della pagina) è più breve (o semplicemente diversa) rispetto al titolo del capitolo effettivo.Fallo aggiungendo il comando latex \\ capitolo {la mia versione più corta} dopo il titolo del capitolo.Ad esempio, il capitolo (ref?) (cittadini e refs) è semplicemente “cita e cross-refs”, perché inizia così:","code":"# Citations, cross-references, and collaboration {#cites-and-refs} \n\\chaptermark{Cites and cross-refs}"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"capitoli-non-numerati","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.4 Capitoli non numerati","text":"Per rendere capitoli non numerati (normalmente lo fai per l’introduzione e/o la conclusione), far seguire l’intestazione del capitolo {-}, ad es. così: # Introduzione {-}.Quando lo fai, ricordati che devi anche mettere questi due comandi LaTeX:Altrimenti il mini-sommario del capitolo e l’intestazione mostreranno il capitolo precedente.","code":"\\adjustmtc\n\\markboth{The Name of Your Unnumbered Chapter}{}"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"capitoli-iniziali-con-citazioni-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.5 Capitoli iniziali con citazioni (PDF)","text":"Il modello di LaTeX di Oxthesis ti consente di includere anche un blocco di tipo savequote ’inizio dei capitoli.\nPer farlo, usa la sintassi {block type = 'savequote'} ``.3Aggiungi la referenza della citazione con l’opzione chunk quote_author =\" il mio nome autore \".\nTi consiglio anche di aggiungere l’opzione chunk include = knitr::is_latex_output() modo che le citazioni siano incluse solo nell’output PDF.Non è possibile utilizzare la sintassi di Markdown ’interno delle opzioni di chunk, quindi se si desidera ad es. corsivo un nome del libro usa ‘Testo Reference’: crea un pezzo di testo chiamato con ‘(rif: etichetta) il mio testo’, quindi indica questo nell’opzione chunk con quote_author = '(rif: etichetta)'.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"evidenziazione-delle-correzioni-html-e-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6 Evidenziazione delle correzioni (HTML e PDF)","text":"Quando arriva il momento di fare correzioni, potresti voler evidenziare le modifiche apportate corretta agli esaminatori modo che possano verificare rapidamente di le cose cambiate\nPuoi farlo così:","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"correzioni-in-linea-brevi","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.1 correzioni in linea brevi","text":"Evidenzia correzioni brevi e inline facendo [come questo] {.correction} — Il testo tra le parentesi quadrate verrà quindi evidenziato blu nell’output.Si noti che Pandoc potrebbe essere confuso da citazioni e riferimenti incrociati ’interno delle correzioni linea.\nparticolare, potrebbe essere confuso da \" [cosa ha detto @shea2014] {.correction} \" che diventa (cosa ha detto shea2014?) {. Correzione}\ntali casi, è possibile utilizzare direttamente la sintassi lattice.\nL’evidenziazione della correzione usa il pacchetto [Soul] (https://ctan.org/pkg/soul), quindi puoi fare così:Se si utilizza BiBLATEX per riferimenti, usa ` hl { textCite {Shea2014} detto}}Se si utilizza Natbib per riferimenti, usa ` hl {cosa cite {shea2014} detto}}L’uso di LaTeX grezzo ha lo svantaggio delle correzioni, quindi non viene visualizzata nell’output HTML, ma potresti comunque preoccuparti dell’evidenziazione della correzione nel PDF per gli esaminatori!","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"blocchi-di-materiale-aggiunto-o-modificato","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.2 blocchi di materiale aggiunto o modificato","text":"`.]\nCosì:\nPer blocchi più grandi, come questo paragrafo o addirittura intere\nfigure, è possibile utilizzare il tipo di blocco “Correction”. Questo\nambiente mette evidenza blocchi di dimensioni del paragrafo e\npiù grandi con lo stesso colore blu.\nSi noti che blocchi di correzione non possono essere inclusi nell’output delle parole.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"che-interrompe-le-correzioni-da-essere-evidenziate","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.6.3 che interrompe le correzioni da essere evidenziate","text":"Per disattivare l’evidenziazione della correzione, vai ’intestazione YAML di index.Rmd , quindi:Output PDF: Imposta corrections: falseoutput HTML: rimuovi o commenta - modelli/corrections.css","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"applicare-il-colore-del-carattere-personalizzato-ed-evidenziazione-a-testo-html-e-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.7 Applicare il colore del carattere personalizzato ed evidenziazione a testo (HTML e PDF)","text":"Il filtro LUA che aggiunge la funzionalità di evidenziare le correzioni aggiunge altri due trucchi:\nPuoi applicare la tua scelta di colore per evidenziare il testo o cambiare il colore del carattere.\nLa sintassi è la seguente:Ecco [qualche testo da evidenziare] {highlight = \"pink\" }\nDiventa: ecco [alcuni testi evidenza rosa] {highlight = “pink”}.[Ecco un po 'di testo con font blu] {color = \"blue\" }\nDiventa: [Ecco un po ’di testo con font blu] {color = “blue”}Finalmente — Mai e poi mai realtà questo-[Ecco un po 'di testo con evidenziazione nera e carattere giallo] {highlight = \"black\", color = \"yellow\"}\nDiventa: [Ecco un po ’di testo da evidenziaziare nero e con colore del carattere giallo] {highlight = “black” color = “yellow”}Il file Scripts_and_filters/Colour_and_highlight.lua serve proprio questo. Funziona sia con output PDF che HTML. Divertiti modificarlo o ad aggiungerne altri!","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"aggiunta-di-un-secondo-estratto-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.8 Aggiunta di un secondo estratto (PDF)","text":"Potresti aver bisogno di due abstract nella tua tesi, se ad es. hai bisogno sia di un astratto inglese che un’altra lingua.Puoi aggiungere un secondo abstract index.rmd come: così:","code":"abstract-second-heading: \"Resumé\"\nabstract-second: \"This is the second abstract, for example in beautiful French.\" "},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"embed-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.9 incluso un altro documento nella tesi - Incorporare un documento PDF","text":"Potresti voler incorporare documenti PDF esistenti nella tesi, ad esempio se il tuo dipartimento consente una tesi stile “portfolio” (cioè una raccolta di articoli) e devi includere una o più pubblicazioni.Nell’output di GitBook, puoi semplicemente usare knitr::include_graphics e dovrebbe includere un PDF scorrevole (e scaricabile).\nProbabilmente vorrai impostare le opzioni di chunk .width = '100%' e .height = '1000px':Nell’output LaTeX, tuttavia, questo approccio può causare comportamenti strani.\nPertanto, quando si crea la tesi su PDF, dividere il PDF una sequenza alfanumericamente ordinata di file pdf pagina singola, puoi farlo automaticamente con il pacchetto pdftools). È quindi possibile utilizzare il comando LaTeX appropriato per inserirli, come mostrato di seguito (per brevità, nel contenuto di esempio di cattolicadown PDF stiamo includendo solo due pagine).\nSi noti che l’opzione chunk risultati = 'asis' deve essere impostata.\nÈ inoltre possibile rimuovere margini dai file PDF, che puoi fare con Adobe Acrobat (versione pagamento) e probabilmente altri software open source online.","code":"\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/Lyngs2020_FB.pdf\")\n# install.packages(pdftools)\n# split PDF into pages stored in figures/sample-content/pdf_embed_example/split/\n# pdftools::pdf_split(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/Lyngs2020_FB.pdf\",\n# output = \"figures/sample-content/pdf_embed_example/split/\")\n\n# grab the pages\npages <- list.files(\"figures/sample-content/pdf_embed_example/split\", full.names = TRUE)\n\n# set how wide you want the inserted PDFs to be: \n# 1.0 is 100 per cent of the oxforddown PDF page width;\n# you may want to make it a bit bigger\npdf_width <- 1.2\n\n# for each PDF page, insert it nicely and\n# end with a page break\ncat(stringr::str_c(\"\\\\newpage \\\\begin{center} \\\\makebox[\\\\linewidth][c]{\\\\includegraphics[width=\", pdf_width, \"\\\\linewidth]{\", pages, \"}} \\\\end{center}\"))"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"embed-rmd","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10 includere un altro documento nella tesi - documento Rmd dentro Rmd (child markdown)","text":"volte vuoi poter includere un altro documento che stai attualmente scrivendo come capitolo della tua tesi.\nSopra 5.9, abbiamo descritto il modo più semplice per farlo: includere l’altro documento come PDF nel PDF.\nTuttavia, alcuni casi invece si desidera includere la sorgente R markdown, quindi ancora un altro ducumento .Rmd questo documento e farlo compilare ’interno della tesi.\nQuesto è un po ’più complicato, perché è necessario tenere traccia attenta dei percorsi dei file, ma è possibile tramite l’inclusiome del child document.\nSono quattro passaggi principali:Includi il documento Markdown come childRendi percorsi di file compatibili col knitRendi corretti livelli di intestazione (armonizza le impostazioni di formattazione per scrittura)Rendi corretti le larghezze della figura (armonizza le impostazioni di formattazione per figure)","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"un-documento-di-esempio-in-unaltra-cartella","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.1 Un documento di esempio in un’altra cartella","text":"Prendi questo esempio (file per questo sono questo repository github):Come suggerisce il grafico, hai un’altra cartella, paper_to_include/ che sta nella stessa cartella contenente la tesi.\nNella cartella paper_to_include , il file my_paper.Rmd è quello da includere.\nmy_paper.Rmd , hai letto un file CSV che si trova nella sottocartella data/cats.csv e anche un’immagine della sottocartella figures/cat.jpg .","code":"|--paper_to_include\n| |--my_paper.Rmd\n| |--data\n| | |--cat_salt.csv\n| |--figures\n| | |--cat.jpg\n|\n|--thesis"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-1-includere-il-documento-come-child","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.2 PASSAGGIO 1: includere il documento come child","text":"Nella cartella di tesi, crea un file .Rmd per il capitolo cui si desidera includere un altro documento.\nAggiungi uno o più blocchi di codice che includono file di .Rmd da quel documento come documenti figlio:","code":"# Including an external chapter \n\n```{r child = \"../paper_to_include/my_paper.Rmd\"}\n```"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-2-rendi-compatibili-i-percorsi-dei-files","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.3 Passaggio 2: Rendi compatibili i percorsi dei files","text":"Utilizzare Parametri per regolare il percorso del file delle immagini base ai valori impostati nell’intestazione YAML di un file di markdown R.\nmy_paper.rmd , crea un parametro chiamato other_path e impostalo su una stringa vuota:my_paper.rmd , mettilo ’inizio di FilePath quando leggi dati o includi immagini:Infine, nel file index.rmd della cartella tesi, crea anche il parametro other_path.\nMa qui, impostalo su dove la cartella paper_to_include/ è relativa alla cartella di tesi:","code":"---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\n---\nlibrary(tidyverse)\nlibrary(knitr)\n\ncat_data <- read_csv(str_c(params$other_path, \"data/cats.csv\"))\ninclude_graphics(str_c(params$other_path, \"figures/cat.jpg\"))params:\n other_path: \"../paper_to_include/\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"nota-sulloutput-html","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.4 NOTA sull’output HTML","text":"Nota che se si desidera ospitare una versione HTML della tesi online, dovrai mettere contenuti figli offline (cioè una cartella lcoale) pubblicati online (tipo un Drive) - Internet ovviamente non sarà grado di vedere filepath che si riferiscono cose un’altra cartella il tuo computer!","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-3-assicurarsi-che-i-livelli-di-intestazione-siano-corretti","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.5 Passaggio 3: assicurarsi che i livelli di intestazione siano corretti","text":"meno che il documento che desideri includere non sia scritto come un libro, probabilmente livelli di intestazione saranno fuori dalle righe.\nCioè, le intestazioni di livello 1 (# alcune intestazioni) che usi per le sezioni principali nell’altra carta si trasformano titoli di accompagnatore se incluse nella tesi.Per evitare questo, prima increment tutti livelli di intestazione di uno paper_to_include/my_paper.rmd (# qualche intestazione -> # # Qualche intestazione).\nQuindi paper_to_include/ Crea un [filtro Lua] (https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/lua-fiterters.html#lua-filters) che riduce livelli di intestazione di uno: creare un file di testo , salvalo come ** ridotto_header_level.lua ** e dargli il contenuto di seguito.Nell’intestazione Yaml di paper_to_include/my_paper.rmd , usa questo filtro:Ora, livelli di intestazione saranno corretti sia quando si lavora da sola e quando è incluso nella tesi.Nota: potrebbe non essere necessario utilizzare un filtro LUA per spostare l’intestazione-Sembra che potresti semplicemente usare Pandoc_args: [\"-Shift-Heading-level-= -1 \"] (vedi https: // pandoc. org/manual.html#lettore-opzioni)","code":"function Header(el)\n if (el.level <= 1) then\n error(\"I don't know how to decrease the level of h1\")\n end\n el.level = el.level - 1\n return el\nend---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\noutput:\n pdf_document: \n pandoc_args: [\"--lua-filter=reduce_header_level.lua\"]\n---"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"passaggio-4.-assicurarsi-che-le-larghezze-della-figura-siano-corrette","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.10.6 Passaggio 4. Assicurarsi che le larghezze della figura siano corrette","text":"Potrebbe essere che le larghezze della tua figura quando si lavorano maglia da sola e, quando lo includi nella tesi, debbano essere diversi.\nÈ possibile utilizzare nuovamente parametri per impostare le larghezze delle figure.Immagina di volere che la larghezza della figura sia l’80% della larghezza della pagina quando si lavora da sola, ma al 100% nella tesi.\npaper_to_include/my_paper.rmd , prima aggiungi un parametro che potremmo chiamare out_width e impostarlo sulla stringa” 80%“:Quindi, assicurati di utilizzare quel parametro per impostare la larghezza dell’uscita quando si includono le figure paper_to_include/my_paper.rmd :Infine, stabilisci il parametro out_width per tua tesi ’index.rmd File:Ora, la larghezza di output della tuo documento child sarà dell’80%.","code":"---\ntitle: \"A fabulous article in a different folder\"\nparams:\n other_path: \"\"\n out_width: \"80%\"\noutput:\n pdf_document: \n pandoc_args: [\"--lua-filter=reduce_header_level.lua\"]\n---```{r, out.width=params$out_width, fig.cap=\"A very funny cat\"}\ninclude_graphics(str_c(params$other_path, \"figures/cat.jpg\"))\n```params:\n other_path: \"../paper_to_include/\"\n out_width: \"80%\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customising-citations","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11 Personalizzazione di citazioni e riferimenti","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"utilizzo-di-un-file-.csl-con-pandoc","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.1 Utilizzo di un file .csl con pandoc","text":"Vedere la sezione 3.1.1.L’unico svantaggio di lasciare che pandoc gestisca le citazioni è che () non supporta le bibliografie dei capitoli, (ii) se sei un veterano di LaTeX, potresti essere più tuo agio con bilatex o natbib.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"bilatex-custom","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.2 Utilizzo di bilatex","text":"Per utilizzare biblatex per gestire le citazioni, prima decommenta questo index.Rmd, YAML header:Quindi dì R Markdown di usare biblatex quando inserisci le citazioni, impostando citation_package: biblatex:Per personalizzare l’aspetto delle citazioni, cambia bib-latex-options. Ad esempio, per ottenere citazioni numeriche, con riferimenti ordine di apparizione nel testo, impostarlo su","code":"use-biblatex: true\nbib-latex-options: \"style=authoryear, sorting=nyt, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\"output:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: biblatexbib-latex-options: \"style=numeric-comp, sorting=none, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"aggiunta-di-bibliografie-di-capitoli","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.2.1 Aggiunta di bibliografie di capitoli","text":"Se desideri bibliografie di capitoli, prima aggiungi “refsection=chapter” alle opzioni biblatex, ad esempio questo modo:secondo luogo, imposta il parametro insertHeadingInPDF: false index.Rmd, per eliminare l’inclusione di un’intestazione ‘Riferimenti’ alla fine della tesi.Infine inserisci questa riga alla fine di ogni capitolo, per stamparvi le bibliografie:","code":"bib-latex-options: \"refsection=chapter, style=authoryear, sorting=nyt, backend=biber, maxcitenames=2, useprefix, doi=true, isbn=false, uniquename=false\"params:\n insertHeadingInPDF: false\\printbibliography[segment=\\therefsection,heading=subbibliography]"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"natbib-custom","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.11.3 Utilizzo di natbib","text":"Per utilizzare natbib per gestire le citazioni, prima decommenta questo index.Rmd, YAML header:Quindi dì R Markdown di usare natbib quando inserisci le citazioni, impostando citation_package: natbib:Per personalizzare l’aspetto delle citazioni, cambia il file .bst cui punti natbib-bibliography-style.","code":"use-natbib: true\nnatbib-citation-style: authoryear #for science, you might want numbers,square\nnatbib-bibliography-style: templates/ACM-Reference-Format.bst #e.g. \"plainnat\", unsrtnat, or path to a .bst fileoutput:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: natbib"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"customizing-the-page-headers-and-footers-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.12 Customizing the page headers and footers (PDF)","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"personalizzazione-delle-intestazioni-e-dei-piè-di-pagina-di-pagina-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.13 Personalizzazione delle intestazioni e dei piè di pagina di pagina (PDF)","text":"Questo può ora essere fatto direttamente nell’intestazione YAML di index.rmd .\nSe sei un esperto di lattice e hai bisogno di ulteriore personalizzazione che ciò che è attualmente fornito, è possibile modificare le sezioni pertinenti di models/template.tex - Il codice pertinente è sotto la linea che inizia \\usepackage{FancyHdr}.","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"immergersi-nel-modello-di-lattice-di-oxthesis-pdf","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.14 immergersi nel modello di lattice di Oxthesis (PDF)","text":"Per le persone di mentalità lattice, puoi leggere models/template.tex Per vedere quali opzioni di personalizzazione aggiuntive sono disponibili e models/ociamthesis.cls che fornisce la classe base.\nAd esempio, template.tex fornisce un’opzione per le comunicazioni di laurea Master, che modifica le informazioni identificative al numero del candidato e include un conteggio delle parole.\nAl momento della stesura, è necessario impostarlo direttamente template.tex anziché dall’intestazione Yaml index.rmd .","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"personalizzazione-in-unaltra-università","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15 personalizzazione in un’altra università","text":"","code":""},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"il-percorso-minimo","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15.1 il percorso minimo","text":"Se la questione anteriore nel modello di LaTeX di Oxthesis è adatta alla tua università, personalizzare cattolicadown alle tue esigenze potrebbe essere semplice come mettere il nome della tua istituzione e il percorso per il logo della tua università index.rmd :","code":"university: University of the street\nuniversity-logo: figures/your-logo-here.pdf"},{"path":"customizzazioni-ed-estensioni.html","id":"sostituzione-dellintera-pagina-del-titolo-con-il-contenuto-richiesto","chapter":"5 Customizzazioni ed estensioni","heading":"5.15.2 Sostituzione dell’intera pagina del titolo con il contenuto richiesto","text":"Se hai un file .tex con una questione frontale richiesta dalla tua università che si desidera sostituire del tutto la pagina del titolo del modello di oxthesis, puoi fornire un filepath questo file index.rmd .\nIl contenuto di esempio di `cattolicadown include ed esempio di questo — Se usi lo yaml di seguito, la questione anteriore sarà così:\n","code":"alternative-title-page: front-and-back-matter/alt-title-page-example.tex"},{"path":"risoluzione-dei-problemi.html","id":"risoluzione-dei-problemi","chapter":"6 Risoluzione dei problemi","heading":"6 Risoluzione dei problemi","text":"Questo capitolo descrive gli errori comuni che potresti incontrare e come risolverli.","code":""},{"path":"risoluzione-dei-problemi.html","id":"errore-impossibile-creare-la-bibliografia-tramite-biber","chapter":"6 Risoluzione dei problemi","heading":"6.1 Errore: impossibile creare la bibliografia tramite biber","text":"Questo può accadere se hai avuto una build non riuscita, forse relazione ’arresto improvviso di RStudio.Prova fare questo:digita make clean-knits nella scheda del terminale (o esegui file.remove(list.files(pattern = \"*.(log|mtc|maf|aux|bbl|blg|xml)\")) la console R) per ripulire file generati da LaTeX durante una buildriavvia il computerSe ciò non risolve il problema, prova utilizzare il pacchetto LaTeX natbib invece di biblatex per la gestione dei riferimenti.\nPer fare ciò, vai su index.Rmd eimposta use-bilatex: false e use-natbib: trueimposta citation_package: natbib sotto","code":"output:\n bookdown::pdf_book:\n citation_package: natbib"},{"path":"risoluzione-dei-problemi.html","id":"error-package-or-namespace-load-failed-for-kableextra","chapter":"6 Risoluzione dei problemi","heading":"6.2 Error: package or namespace load failed for ‘kableExtra’:","text":"prova reinstallare il pacchetto kableExtra con questo:","code":"devtools::install_github(\"kupietz/kableExtra\")"},{"path":"conclusioni.html","id":"conclusioni","chapter":"Conclusioni","heading":"Conclusioni","text":"Se non vogliamo che “Conclusioni” abbia un numero di capitolo accanto, possiamo aggiungere l’attributo {-}.","code":""},{"path":"conclusioni.html","id":"ulteriori-informazioni","chapter":"Conclusioni","heading":"Ulteriori informazioni","text":"Ed ecco alcune altre informazioni casuali:\nil primo paragrafo dopo il titolo di un capitolo o l’intestazione di una sezione non dovrebbe essere rientrato, perché rientri devono dire al lettore che stai iniziando un nuovo paragrafo.Questo paragrafo, al contrario, sarà rientrato come dovrebbe perché non è il primo dopo il titolo “Maggiori informazioni”.\nCiao LaTeX. (Se stai leggendo la versione HTML, non vedrai alcun rientro - dai un’occhiata alla versione PDF per capire di cosa diavolo sta parlando questa sezione).","code":""},{"path":"prima-appendice.html","id":"prima-appendice","chapter":"A Prima Appendice","heading":"A Prima Appendice","text":"Questa prima appendice include un pezzo R nascosto nel documento (usando l’opzione chunk echo = FALSE) per facilitare la leggibilità:02-rmd-basics-code.RmdAnd ’s another one chapter, .e. Chapter ??:","code":"\nlibrary(tidyverse)\nknitr::include_graphics(\"figures/sample-content/chunk-parts.png\")"},{"path":"la-seconda-appendice-per-ischerzo.html","id":"la-seconda-appendice-per-ischerzo","chapter":"B la Seconda Appendice, per ischerzo","heading":"B la Seconda Appendice, per ischerzo","text":"","code":""},{"path":"references.html","id":"references","chapter":"References","heading":"References","text":"","code":""}]