Dockerfile

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# Modified from https://github.com/jupyter/docker-stacks/blob/master/base-notebook/Dockerfile
# Distributed under the terms of the Modified BSD License.
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FROM jupyter/scipy-notebook:c7fb6660d096

LABEL maintainer="Jedidiah Carlson <jed.e.carlson@gmail.com>"

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# install apt dependencies
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USER root
RUN apt-get update && \
    apt-get install -y --no-install-recommends \
    fonts-dejavu \
    tzdata \
    gfortran \
    gcc && apt-get clean && \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*

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# copy gh repo to home dir
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USER ${NB_USER}
COPY . ${HOME}

USER root
RUN chown -R ${NB_UID} ${HOME}

USER ${NB_USER}

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# install dependencies from config file
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RUN conda env update -n root -f env.yml && \
conda clean -tipsy

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# Install R packages
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RUN if [ -f install.r ]; then R --quiet -f install.r; fi