04-uploadData.Rmd

# Import de données

## Version "Avec les boutons"
### Création d’un dossier intro_R pour vos résultats de ce TP

**Attention** Dans votre espace projet ou votre home.

![](images/createIntro.png)

### Déplacement dans le dossier “intro_R” 

![](images/moveIntro.png)

### Définissez votre dossier espace de travail (working directory)

1. Dans le menu “Session”, lancez “Choose Directory …”
2. Naviguez jusqu’à votre dossier intro_R
3. Double-cliquez dessus pour l’ouvrir
4. Cliquez Choose

![](images/setWd.png)

### Téléchargez les fichiers sur votre machine

A partir d’un navigateur Web, téléchargez et enregistrez sur votre ordi les fichiers de données
- [expression.txt](https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/expression.txt){target="_blank"}: données d’expressions pour 4 échantillons
- [annotation.csv](https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/annotation.csv){target="_blank"}: informations sur les gènes (id, name, chr, start, stop)

Attention: veillez à sauvegarder les fichiers 
- sous leur nom original, 
- avec les extensions .txt et .csv respectives (certains navigateurs omettent l’extension, ce qui poserait problème pour la suite du TP) 

### Téléversement (“upload”) des données

Au moyen du bouton “Upload”, téléversez les fichiers d’expression et d’annotation depuis votre ordinateur vers votre compte sur le serveur.  

![](images/uploadData.png)

### On efface tout et on recommence

1. Sélectionnez les deux fichiers
2. Effacez-les sans pitié 

![](images/delete.png)

(nous allons vous montrer deux autres façons de les téléverser)

## The “R geek” way (V2, directement depuis Rstudio)

Attention ! Dans votre espace projet !

### Creation de l'arborescence

Aller dans **votre** espace projet !

Dans tous les commandes ci-dessous, remplacer toujours `form_2022_32/EBAII_IntroR` par votre nom d'espace projet

Note : Pour les personnes ne travaillant pas sur le cluster mais par exemple en local, vous pouvez sans soucis remplacer l'adresse par une adresse sur votre ordinateur. 

```{r}
setwd("/shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR")
```

Définir une variable qui indique le chemin du dossier de travail (working directory).

```{r}
my_work_dir <- "/shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR/intro_R" 
```


S’il n’existe pas encore, créer le dossier de travail. (Commande Unix équivalente: `mkdir -p /shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR/intro_R`)

```{r}
dir.create(my_work_dir, recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)
```

Où suis-je ? (Commande Unix équivalente: `pwd`)

```{r}
getwd()
```

Aller dans ce dossier de travail (Commande Unix équivalente: `cd /shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR/intro_R`)

```{r}
setwd(my_work_dir)
```

Et maintenant, où suis-je ?

```{r}
getwd()
```

Qu'y a-t-il par ici ?  (Commande Unix équivalente: `ls`)

```{r}
list.files()
```

Un autre nom pour la même commande

```{r}
dir()
```


### Télécharger un fichier

Nous avons montré ci-dessus comment télécharger des fichiers en utilisant l’interface graphique de RStudio. 

Alternativement, on peut télécharger des fichiers au moyen de la commande R download.file. 

Les deux commandes suivantes permettent de télécharger les fichiers utilisés pour les exercices. 

```{r}
download.file(url = "https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/expression.txt", destfile = "expression.txt")
```

```{r}
download.file(url = "https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/annotation.csv", destfile = "annotation.csv")
```

Note : équivalent de la commande `wget` sous Unix.

Qu'y a-t-il par ici ?  (Commande Unix équivalente: `ls`)

```{r}
list.files()
```

### On efface tout et on recommence

1. Sélectionnez les deux fichiers
2. Effacez-les sans pitié 

![](images/delete.png)

Nous allons vous montrer une dernière façon de les téléverser.

## The “bash geek” way (V3, directement de votre home du cluster)

Objectif

Dans le terminal du cluster, téléchargez et enregistrez dans votre home les fichiers de données:
- expression.txt: données d’expressions pour 4 échantillons
- annotation.csv: informations sur les gènes (id, name, chr, start, stop)

Ouvrez un connection ssh
```bash
ssh [votre_login]@core.cluster.france-bioinformatique.fr
```

Où suis-je ?
```{bash}
pwd
```

Créez un répertoire “intro_R”  

```{bash}
mkdir -p /shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR/intro_R
```


Déplacez-vous dans votre dossier

```{bash}
cd /shared/ifbstor1/projects/form_2022_32/EBAII_IntroR/intro_R
```

Où suis-je maintenant ?

```{bash}
pwd
```


Téléchargez les données
```{bash}
wget https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/expression.txt --output-document=expression.txt
```

```{bash}
wget https://raw.githubusercontent.com/IFB-ElixirFr/EBAII/master/2022/ebaiin1/intro_R/annotation.csv -O annotation.csv
```

Qu’y a-t-il ici ?

```{bash}
ls -l
```

A quoi ressemblent ces fichiers ?

```{bash}
head expression.txt
```

```{bash}
head annotation.csv
```


## Actualisation du dossier

Dans certains cas, il faut actualiser le contenu du dossier pour pouvoir voir le nouveau sous-dossier.
Vérifiez ensuite si `intro_R` apparaît bien dans le contenu de votre dossier principal.

![](images/actualiser.png)