urchin_notebook.qmd

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title: "Biométrie des oursins violets"
author: "Arthur Peeters"
date: "`r Sys.Date()`"
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    code-tools: true
    toc: true
editor: visual
lang: fr
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<!--# Ce document est un carnet de notes. C'est l'équivalent d'un cahier de laboratoire pour vos analyses de données. Vous allez y consigner toutes les analyses que vous avez réalisées et leurs interprétations dans l'ordre de votre progression. Il se différencie des documents de présentation des résultats (rapport, présentation avec dias, article scientifique, ouvrage plus conséquent) par son style bref et informel. Dans les documents de présentation, les résultats les plus pertinents sont choisis alors que le carnet de notes reprend tout ce qui a été fait pour garder une trace du raisonnement complet qui a mené à l'analyse. Un carnet de notes commence toujours pour une brève introduction de quelques lignes qui présente le sujet étudié. -->

<!--% Remplacez author: "___" par votre nom dans l'entête YAML. Votre nom n'est pas votre login Github. -->

## Introduction et but

Deux populations de *Paracentrotus lividus* (Lamarck, 1816) sont comparées sur base de mesures biométriques. La première est pêchée en Bretagne et la seconde est élevée dans une ferme aquacole en Normandie. L'un des intérêts pour cette espèce d'échinoderme est gastronomique. En effet, les gonades des oursins sont consommées dans plusieurs pays, dont la France et le Japon.

Ce carnet de notes a pour but de visualiser les associations entre les différentes mesures réalisées.

## Matériel et méthodes

<!--# Dans un bloc-notes, la section matériel et méthodes peut être succincte et renvoyer, par exemple, à un cahier de laboratoire pour les détails, ou à un lien pour des données ouvertes (le DOI est un lien fiable, lorsqu'il existe). Précisez toujours les analyses statistiques et les logiciels utilisés, y compris leurs versions. Attention : RStudio n'est "que" l'éditeur, le logiciel qui fait les calculs est R ! -->

Les données sont rendues publiques sous licence GPL-2 via le package [{data.io}](https://www.sciviews.org/data.io/)**.** Les métadonnées (dont une description de chaque variable du jeu de données) sont disponibles dans la page d'aide du jeu de données `?urchin_bio`.

L'analyse est réalisée avec la [SciViews Box 2024](https://www.sciviews.org/software/svbox/) dans [Saturn Cloud](https://saturncloud.io) (Linux) avec le [logiciel R](https://www.r-project.org) (`r R.version.string`).

## Analyses

```{r setup, include=FALSE}
# Configuration de l'environnement
SciViews::R(lang = "fr")
```

<!--# Le chunk ci-dessous permet d'importer les données. La fonction `read()` importe le tableau `urchin_bio` depuis le package {data.io}. Ce tableau est ensuite assigné à `urchin`, ce qui signifie qu'il est désormais accessible sous ce nom.-->

```{r import}
# Importation des données
urchin <- read("urchin_bio", package = "data.io")
```

<!--% Réalisez un nuage de points de la hauteur en fonction de la masse des oursins. -->

```{r chart1, record='RNSTR', arg='mapping,labels'}
chart(data = ___, ___) +
  ___
```