main.tex

% -*- Mode:TeX -*-

%% IMPORTANT: The official thesis specifications are available at:
%%            http://libraries.mit.edu/archives/thesis-specs/
%%
%%            Please verify your thesis' formatting and copyright
%%            assignment before submission.  If you notice any
%%            discrepancies between these templates and the 
%%            MIT Libraries' specs, please let us know
%%            by e-mailing thesis@mit.edu

%% The documentclass options along with the pagestyle can be used to generate
%% a technical report, a draft copy, or a regular thesis.  You may need to
%% re-specify the pagestyle after you \include  cover.tex.  For more
%% information, see the first few lines of mitthesis.cls. 

%\documentclass[12pt,vi,twoside]{mitthesis}
%%
%%  If you want your thesis copyright to you instead of MIT, use the
%%  ``vi'' option, as above.
%%
%\documentclass[12pt,twoside,leftblank]{mitthesis}
%%
%% If you want blank pages before new chapters to be labelled ``This
%% Page Intentionally Left Blank'', use the ``leftblank'' option, as
%% above. 


%adding uc3m style guides...from plantilla_tfm

% The code below works...but using only the output.xmpdata file might work as well
% fix from https://osl.ugr.es/CTAN/macros/latex/contrib/pdfx/pdfx.pdf
% \begin{filecontents*}{\jobname.xmpdata}
% \Title{Silicon Photomultipliers for Gamma Radiation Detectors in Nuclear Medicine Applications}
% \Author{Rigoberto Chil Pérez}
% \Copyright{\copyright The author. Some rights reserved. This document is under terms of Creative Commons license Attribution - Non Commercial - Non Derivatives.}
% \CopyrightURL{http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/}
% \Keywords{\nuclear medicine \SiPM \PET \radiation detector \preclinical imaging}
% \Subject{Tesis Doctoral Universidad Carlos III de Madrid. Departamento de Bioingeniería e Ingeniería Aeroespacial}
% \end{filecontents*}

%\documentclass[12pt,twoside]{mitthesis}
\documentclass[12pt]{report} %fuente a 12pt

% MÁRGENES: 2,5 cm sup. e inf.; 3 cm izdo. y dcho.
\usepackage[
a4paper,
vmargin=2.5cm,
hmargin=3cm
]{geometry}

% INTERLINEADO: Estrecho (6 ptos./interlineado 1,15) o Moderado (6 ptos./interlineado 1,5)
\renewcommand{\baselinestretch}{1.15}
\parskip=6pt

% DEFINICIÓN DE COLORES para portada y listados de código
\usepackage[table]{xcolor}
\definecolor{azulUC3M}{RGB}{0,0,102}
\definecolor{gray97}{gray}{.97}
\definecolor{gray75}{gray}{.75}
\definecolor{gray45}{gray}{.45}

% Soporte para GENERAR PDF/A --es importante de cara a su inclusión en e-Archivo porque es el formato óptimo de preservación y a la generación de metadatos, tal y como se describe en http://uc3m.libguides.com/ld.php?content_id=31389625. En la carpeta incluímos el archivo plantilla_tfg_2017.xmpdata en el que puedes incluir los metadatos que se incorporarán al archivo PDF cuando lo compiles. Ese archivo debe llamarse igual que tu archivo .tex. Puedes ver un ejemplo en esta misma carpeta.
\usepackage[a-1b]{pdfx}

% ENLACES
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{colorlinks=true,
	linkcolor=black, % enlaces a partes del documento (p.e. índice) en color negro
	urlcolor=blue,% enlaces a recursos fuera del documento en azul
	citecolor=black, %enlaces de las referencias en negro tambien 
} 

% EXPRESIONES MATEMATICAS
\usepackage{amsmath,amssymb,amsfonts,amsthm}

\usepackage{txfonts} 
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}

\usepackage[english]{babel} 
\usepackage[babel, english=american]{csquotes}
\AtBeginEnvironment{quote}{\small}

% diseño de PIE DE PÁGINA
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\rfoot{\thepage}
\fancypagestyle{plain}{\pagestyle{fancy}}

% DISEÑO DE LOS TÍTULOS de las partes del trabajo (capítulos y epígrafes o subcapítulos)
\usepackage{titlesec}
\usepackage{titletoc}
\titleformat{\chapter}[block]
{\large\bfseries\filcenter}
{\thechapter.}
{5pt}
{\MakeUppercase}
{}
\titlespacing{\chapter}{0pt}{0pt}{*3}
\titlecontents{chapter}
[0pt]                                               
{}
{\contentsmargin{0pt}\thecontentslabel.\enspace\uppercase}
{\contentsmargin{0pt}\uppercase}                        
{\titlerule*[.7pc]{.}\contentspage}                 

\titleformat{\section}
{\bfseries}
{\thesection.}
{5pt}
{}
\titlecontents{section}
[5pt]                                               
{}
{\contentsmargin{0pt}\thecontentslabel.\enspace}
{\contentsmargin{0pt}}
{\titlerule*[.7pc]{.}\contentspage}

\titleformat{\subsection}
{\normalsize\bfseries}
{\thesubsection.}
{5pt}
{}
\titlecontents{subsection}
[10pt]                                               
{}
{\contentsmargin{0pt}                          
	\thecontentslabel.\enspace}
{\contentsmargin{0pt}}                        
{\titlerule*[.7pc]{.}\contentspage}  


% DISEÑO DE TABLAS. Puedes elegir entre el estilo para ingeniería o para ciencias sociales y humanidades. Por defecto, está activado el estilo de ingeniería. Si deseas utilizar el otro, comenta las líneas del diseño de ingeniería y descomenta las del diseño de ciencias sociales y humanidades
\usepackage{multirow} %permite combinar celdas 
\usepackage{caption} %para personalizar el título de tablas y figuras
\usepackage{floatrow} %utilizamos este paquete y sus macros \ttabbox y \ffigbox para alinear los nombres de tablas y figuras de acuerdo con el estilo definido. Para su uso ver archivo de ejemplo 
\usepackage{array} % con este paquete podemos definir en la siguiente línea un nuevo tipo de columna para tablas: ancho personalizado y contenido centrado
\newcolumntype{P}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}}
\DeclareCaptionFormat{upper}{#1#2\uppercase{#3}\par}

% Diseño de tabla para ingeniería
\captionsetup[table]{
	%format=upper,
	justification=centering,
	labelsep=period,
	width=.75\linewidth,
	labelfont=small,
	font=small,
}

%Diseño de tabla para ciencias sociales y humanidades
%\captionsetup[table]{
%	justification=raggedright,
%	labelsep=period,
%	labelfont=small,
%	singlelinecheck=false,
%	font={small,bf}
%}


% DISEÑO DE FIGURAS. Puedes elegir entre el estilo para ingeniería o para ciencias sociales y humanidades. Por defecto, está activado el estilo de ingeniería. Si deseas utilizar el otro, comenta las líneas del diseño de ingeniería y descomenta las del diseño de ciencias sociales y humanidades
\usepackage{graphicx}
%\graphicspath{{imagenes/}} %ruta a la carpeta de imágenes

% Diseño de figuras para ingeniería
\captionsetup[figure]{
	format=hang,
	%added by me
	justification=centering,
	%end of the added things
	name=Fig.,
	singlelinecheck=off,
	labelsep=period,
	labelfont=small,
	font=small		
}

% Diseño de figuras para ciencias sociales y humanidades
%\captionsetup[figure]{
%	format=hang,
%	name=Figure,
%	singlelinecheck=off,
%	labelsep=period,
%	labelfont=small,
%	font=small		
%}


% NOTAS A PIE DE PÁGINA
\usepackage{chngcntr} %para numeración contínua de las notas al pie
\counterwithout{footnote}{chapter}

% LISTADOS DE CÓDIGO
% soporte y estilo para listados de código. Más información en https://es.wikibooks.org/wiki/Manual_de_LaTeX/Listados_de_código/Listados_con_listings
\usepackage{listings}

% definimos un estilo de listings
\lstdefinestyle{estilo}{ frame=Ltb,
	framerule=0pt,
	aboveskip=0.5cm,
	framextopmargin=3pt,
	framexbottommargin=3pt,
	framexleftmargin=0.4cm,
	framesep=0pt,
	rulesep=.4pt,
	backgroundcolor=\color{gray97},
	rulesepcolor=\color{black},
	%
	basicstyle=\ttfamily\footnotesize,
	keywordstyle=\bfseries,
	stringstyle=\ttfamily,
	showstringspaces = false,
	commentstyle=\color{gray45},     
	%
	numbers=left,
	numbersep=15pt,
	numberstyle=\tiny,
	numberfirstline = false,
	breaklines=true,
	xleftmargin=\parindent
}

\captionsetup[lstlisting]{font=small, labelsep=period}
% fijamos el estilo a utilizar 
\lstset{style=estilo}
\renewcommand{\lstlistingname}{\uppercase{Código}}


%BIBLIOGRAFÍA - PUEDES ELEGIR ENTRE ESTILO IEEE O APA. POR DEFECTO ESTÁ CONFIGURADO IEEE. SI DESEAS USAR APA, COMENTA LAS LÍNEA DE IEEE Y DESCOMENTA LAS DE APA. Si haces cambios en la configuración de la bibliografía y no obtienes los resultados esperados, es recomendable limpiar los archivos auxiliares y volver a compilar en este orden: COMPILAR-BIBLIOGRAFIA-COMPILAR
% Tienes más información sobre cómo generar bibliografía en http://tex.stackexchange.com/questions/154751/biblatex-with-biber-configuring-my-editor-to-avoid-undefined-citations , https://es.sharelatex.com/learn/Bibliography_management_in_LaTeX y en http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/exptl/biblatex-contrib
% También te recomendamos consultar la guía temática de la Biblioteca sobre citas bibliográficas: http://uc3m.libguides.com/guias_tematicas/citas_bibliograficas/inicio

% CONFIGURACIÓN PARA LA BIBLIOGRAFÍA IEEE
%\usepackage[backend=biber, style=ieee, isbn=false,sortcites, maxbibnames=5, minbibnames=1]{biblatex} 
%\usepackage[backend=bibtex,,refsection=chapter,defernumbers=true, style=ieee, isbn=false, sortcites, maxbibnames=5, minbibnames=1]{biblatex} 
\usepackage[backend=bibtex, style=ieee, isbn=false, sortcites, maxbibnames=5, minbibnames=1]{biblatex} 


% Configuración para el estilo de citas de IEEE, recomendado para el área de ingeniería. "maxbibnames" indica que a partir de 5 autores trunque la lista el primero (minbibnames) y añada "et al." tal y como se utiliza en el estilo IEEE.

%CONFIGURACIÓN PARA LA BIBLIOGRAFÍA APA
%\usepackage[style=apa, backend=biber, natbib=true, hyperref=true, uniquelist=false, sortcites]{biblatex}
%\DeclareLanguageMapping{spanish}{spanish-apa}

\addbibresource{Thesis_refs.bib}
%\addbibresource{05_chap0_nuc_med_refs.bib}
%\addbibresource{06_chap1_electro_dosimeter_refs.bib}
%\addbibresource{07_chap2_SiPM_refs.bib}
%\addbibresource{08_chap3_icoPET_refs.bib}
%end of the uc3m stuff


%comentado al meter lo de la uc3m
%\documentclass[12pt,twoside]{mitthesis}
%\usepackage{graphicx}
%\usepackage{caption}
%\usepackage{lgrind}
%\usepackage[T1]{fontenc}
%color package for the tables and stuff
%\usepackage[table]{xcolor}

%% These have been added at the request of the MIT Libraries, because
%% some PDF conversions mess up the ligatures.  -LB, 1/22/2014
%\usepackage{cmap}
%\pagestyle{plain}



%fix problems with figures
\usepackage{float}
%add combined figures to the document
\usepackage{subcaption}
%for units
\usepackage{siunitx}
%for tables
\usepackage{tabularx}
%para meter el pdf de la portada y lo del principio
\usepackage{pdfpages}





%beginning of document 
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%Paper debug stuff

\usepackage{xcolor}
\definecolor{ref}{rgb}{0.2, 0.8, 0.2}
\newcommand{\sideref}[1]{\marginpar{\scriptsize\textcolor{ref}{[#1]}}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


\graphicspath{{figures_opt_opaque_samples/}} %Setting the graphicspath
\graphicspath{{figures_near_infrared_theory/}} %Setting the graphicspath


\begin{document}
\pagenumbering{roman}  %use roman number for the first part
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% HERE  INCLUDE DOCS
\includepdf[pages=-]{plantilla_portada_tesis_amarcos.pdf}

%\include{00_cover}

% \include{signature}
\pagestyle{plain}
%\include{01_abstract}
%\include{02_acknowledgments}
%\tableofcontents
%\include{03_contents}

% the actual content start here
\clearpage
\pagenumbering{arabic} % arabic numbers for the rest of the work
\pagestyle{plain}

%motivation, objectives and outline
%\include{04_chap00_intro_motivation}

%Near infrared light chapter
\include{near_infrared_theory}

%OPT opaque samples
\include{OPT_opaque_samples}

% electronic dosimeter
%\include{06_chap1_electro_dosimeter}

% sipm based pet ring for small animals
%\include{07_chap2_SiPM_based_PET}

% hex pet
%\include{08_chap3_icoPET_hex}

% conclusions
%\include{09_chap4_conclussion}

\clearpage
\printbibliography



%\appendix
%\include{appa}
%\include{appb}
%\include{biblio}
\end{document}