Explications globales 1. Initialisation et imports Le script commence par importer toutes les bibliothèques nécessaires et définit le device (GPU ou CPU) pour accélérer les calculs via PyTorch. 2. Fonctions de calcul des forces La fonction force_field_inbox calcule, pour chaque cellule, la somme des forces d’adhésion (pour des distances intermédiaires) et de répulsion (pour des distances très proches). 3. Fonctions de tracé Plusieurs fonctions permettent de visualiser le champ de cAMP, l’environnement (cellules et cAMP) et même de tracer la dépendance des forces en fonction de la distance. 4. Fonction autovel Cette fonction met à jour la direction des cellules en combinant leur déplacement, leur direction précédente et un bruit aléatoire. 5. Fonction compute_local_gradient Calcule le gradient local du cAMP en utilisant des différences centrales sur la grille du champ de signal. 6. Classes • CellAgent définit les propriétés et la dynamique d’une cellule (position, vitesse, état interne A et R, etc.). • Population gère l’initialisation d’un groupe de cellules en veillant à respecter une distance minimale entre elles. • Surface (non utilisée ici) pourrait moduler le mouvement des cellules via une friction locale. • cAMP gère le champ de cAMP (diffusion, dégradation et production par les cellules). 7. Paramètres de simulation Divers paramètres sont définis (taille de l’espace, durée, pas de temps calculé selon le critère CFL, paramètres cellulaires et de diffusion, etc.). 8. Conditions initiales Plusieurs fonctions permettent de définir différentes conditions initiales pour le champ de cAMP (champ constant, gradient vertical, radial, etc.). 9. Boucle de simulation La boucle principale met à jour, à chaque itération, l’état des cellules (en fonction du signal de cAMP) et le champ de cAMP lui-même, calcule les forces d’interaction, met à jour les positions et directions, et sauvegarde périodiquement des images et des données. 10. Sauvegarde finale À la fin de la simulation, les données (positions, directions, etc.) sont exportées au format CSV pour une analyse ultérieure.

Ce code détaillé et annoté devrait vous permettre de comprendre et de modifier aisément chaque partie de la simulation. N’hésitez pas à poser des questions ou à demander des précisions supplémentaires sur certains points.