prez_R.Rpres

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author: ALeksandra Dąbrowska, Alicja Gosiewska
date:
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css: custom.css

Grupa MI^2 i MI^2 DataLab
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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("img/MI2a.PNG")

```
NCN Opus grant 2016/21/B/ST6/02176
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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("prezentacje_biala_fioletowa/Slajd8.PNG")
```

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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("prezentacje_biala_fioletowa/Slajd9.PNG")
```

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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("prezentacje_biala_fioletowa/Slajd10.PNG")
```

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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("prezentacje_biala_fioletowa/Slajd11.PNG")
```

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```{r, echo=FALSE}
knitr::include_graphics("prezentacje_biala_fioletowa/Slajd12.PNG")
```

Podstawowe  pojęcia
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- Gen
- Sonda CpG
- Ekspresja genu
- Metylacja DNA
```{r, echo = FALSE}
knitr::include_graphics("img/DNA3.PNG")
```

Ekspresja
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```{r, echo = FALSE}
library(MLExpResso)
library(MLExpRessoData)
```

```{r, echo=FALSE}
head(BRCA_exp)[1:5,1:5]
```

```{r, echo=FALSE}
condition_exp <- ifelse(BRCA_exp$SUBTYPE == "LumA", "LumA", "other")
res_exp <- calculate_test(
  data = BRCA_exp[,!(colnames(BRCA_exp) == "SUBTYPE")], 
  condition = condition_exp, 
  test = "lrt"
)
head(res_exp)
```